PDB-5mfc: Designed armadillo repeat protein YIIIM5AII in complex with (KR)4-GFP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mfc

タイトル

Designed armadillo repeat protein YIIIM5AII in complex with (KR)4-GFP

要素

(KR)4-Green fluorescent protein,Green fluorescent protein
YIIIM5AII

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hansen, S. / Kiefer, J. / Madhurantakam, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Structures of designed armadillo repeat proteins binding to peptides fused to globular domains.
著者: Hansen, S. / Kiefer, J.D. / Madhurantakam, C. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mfc.cif.gz	420.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mfc.ent.gz	349.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mfc_validation.pdf.gz	479.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mfc_full_validation.pdf.gz	498.2 KB	表示
XML形式データ	5mfc_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	5mfc_validation.cif.gz	52 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mfdC 1gflS 5aeiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jmc-1 5jmc-3 4jra-2 3tg1-d 5jlv-1 5jmc-2 5ajx-d 5jmc-4 6kr1-4 2w68-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: YIIIM5AII

B: (KR)4-Green fluorescent protein,Green fluorescent protein

C: YIIIM5AII

D: (KR)4-Green fluorescent protein,Green fluorescent protein

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YIIIM5AII

B: (KR)4-Green fluorescent protein,Green fluorescent protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: YIIIM5AII

D: (KR)4-Green fluorescent protein,Green fluorescent protein

ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.110, 124.240, 245.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	YIIIM5AII 分子量: 30027.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: タンパク質	(KR)4-Green fluorescent protein,Green fluorescent protein 分子量: 28912.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 8% w/v PEG 4000, 0.1M Na acetate trihydrate pH 4.6,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40.56 Å / Num. obs: 47804 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 72.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 15.17
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 4.59 / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / CC_1/2: 0.174 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5aei, 1gfl

5aei

1gfl

解像度: 2.4→40.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU R Cruickshank DPI: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.368 / SU R_free Blow DPI: 0.233 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.239

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	2364	4.95 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.219	47802	97.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.0904 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.7678 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.8581 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→40.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7993	0	48	78	8119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	8257	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.25	11194	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2910	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		286	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1153	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8211	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.73
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.79
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1072	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		9339	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	167	4.8 %
R_work	0.193	3315	-
all	0.195	3482	-
obs	-	-	98.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.973	-0.3741	-1.2779	2.2645	-0.8606	1.9668	-0.0991	0.2349	-0.931	0.1393	-0.1329	0.3455	-0.0883	-0.1319	0.232	-0.3674	0.0355	0.0009	-0.3328	-0.2737	-0.3052	18.8117	16.8561	-42.7403
2	4.3598	-0.7035	0.1003	2.5441	-0.0265	1.1039	0.032	-0.1125	0.0565	0.2301	-0.1834	-0.278	-0.1049	0.1429	0.1514	-0.0489	-0.0561	-0.093	0.0129	0.0168	-0.5129	50.8784	16.9911	-43.5735
3	3.3179	-0.4986	2.2993	3.3583	1.0388	4.217	-0.2108	-0.0255	0.2372	1.1177	0.0998	0.3574	0.3182	0.0287	0.111	0.1139	0.0982	0.1786	-0.4555	-0.1476	-0.5792	6.7	36.476	-25.0242
4	2.5023	-0.434	1.6624	7.7253	0.644	2.6617	-0.4744	0.0295	0.3001	1.6408	0.2792	-0.1113	-0.1937	0.3232	0.1952	0.686	0.0476	-0.0178	-0.2084	-0.0877	-0.7647	12.6203	64.9615	-17.2901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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