PDB-5mfb: Designed armadillo repeat protein YIII(Dq)4CqI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mfb

タイトル

Designed armadillo repeat protein YIII(Dq)4CqI

要素

YIII(Dq)4CqI

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding

機能・相同性

Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hansen, S. / Ernst, P. / Reichen, C. / Ewald, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Curvature of designed armadillo repeat proteins allows modular peptide binding.
著者: Hansen, S. / Ernst, P. / Konig, S.L.B. / Reichen, C. / Ewald, C. / Nettels, D. / Mittl, P.R.E. / Schuler, B. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mfb.cif.gz	186 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mfb.ent.gz	152.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mfb_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mfb_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	5mfb_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	5mfb_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mfeC 5mffC 5mfgC 5mfhC 5mfiC 5mfjC 5mfkC 5mflC 5mfmC 5mfnC 5mfoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d4e-1 5mfk-1 4hxt-d 2iel-d 4rzp-1 4d4e-2 3f43-1 4rn3-1 3o3x-d 3fer-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YIII(Dq)4CqI

B: YIII(Dq)4CqI

50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YIII(Dq)4CqI

登録者が定義した集合体
25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YIII(Dq)4CqI

登録者が定義した集合体
25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.230, 46.560, 90.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 128.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-307- HOH

#1: タンパク質	YIII(Dq)4CqI 分子量: 25204.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3 M Na-Acetate, 0.1 M Na-Cacodylate pH 6.5, 25 % PEG 2K MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→42.81 Å / Num. obs: 20111 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 57.99 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 10.31
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 1.85 / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / CC_1/2: 0.298 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→42.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.319 / SU R_free Blow DPI: 0.229 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.235

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	975	4.85 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.187	20111	97.9 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.8611 Å²	0 Å²	6.5212 Å²
2-	-	-4.7727 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.9117 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→42.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3486	0	0	69	3555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3500	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.29	4746	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1280	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		152	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		477	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3500	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.4
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.55
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		498	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4244	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.42 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	133	4.6 %
R_work	0.228	2761	-
all	0.229	2894	-
obs	-	-	97.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8591	-1.5817	-1.398	1.8888	-0.0491	3.9954	-0.3698	-0.2252	0.2013	0.0313	-0.0416	-0.0203	-0.2202	0.3245	0.4115	-0.1209	0.0687	-0.0798	-0.2072	-0.0616	-0.2793	-52.7972	12.0702	83.5144
2	2.3801	0.221	-0.2927	3.7681	-1.9148	4.4948	0.3297	0.2647	-0.4359	0.3532	-0.4031	-0.5246	0.175	-0.2059	0.0735	-0.2655	-0.047	-0.0356	-0.1713	0.0583	-0.1895	-28.7416	30.4641	98.3572

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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