[日本語] English
万見
- PDB-5meg: Manganese-substituted Cyanothece lipoxygenase 2 (Mn-CspLOX2) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5meg
タイトルManganese-substituted Cyanothece lipoxygenase 2 (Mn-CspLOX2)
要素Arachidonate 15-lipoxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Linoleate 11-lipoxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / lipoxygenase pathway / arachidonic acid metabolic process / lipid oxidation / hepoxilin biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / : / Arachidonate 15-lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Newie, J. / Neumann, P. / Werner, M. / Mata, R.A. / Ficner, R. / Feussner, I.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Lipoxygenase 2 from Cyanothece sp. controls dioxygen insertion by steric shielding and substrate fixation.
著者: Newie, J. / Neumann, P. / Werner, M. / Mata, R.A. / Ficner, R. / Feussner, I.
履歴
登録2016年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Arachidonate 15-lipoxygenase
B: Arachidonate 15-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,53711
ポリマ－129,1152
非ポリマー4229
水18,8981049
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area44970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.420, 165.590, 167.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Arachidonate 15-lipoxygenase


分子量: 64557.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 8801) (バクテリア)
遺伝子: PCC8801_3106 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7JX99, arachidonate 15-lipoxygenase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 12.5% PEG 4000, 8% glycerol, 600 mM NaCl, 0.1 M MES/imidazole pH 6.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.263 Å / Num. obs: 102444 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 32.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.96
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2-2.10.7911.740.721199.2
2.1-2.20.5412.680.851199.5
2.2-2.40.354.060.928199.3
2.4-3.260.11611.20.993199.4
3.26-3.690.04129.150.998199.4
3.69-4.120.02939.790.999199.4
4.12-4.550.02643.880.999199.1
4.55-140.0251.41199.1
14-170.01571.810.9991100
17-500.01455.31197.1
501

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5MED

5med


解像度: 2→46.263 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.72
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2051 5122 5 %Random selection
Rwork0.1818 ---
obs0.1829 102398 99.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.72 Å2 / Biso mean: 39.3554 Å2 / Biso min: 17.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.263 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9054 0 24 1049 10127
Biso mean--48.95 44.53 -
残基数----1132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5912726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1835704
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02270.34131690.31783203337299
2.0227-2.04650.29981670.29683161332899
2.0465-2.07150.29661690.283196336599
2.0715-2.09770.32071700.27193224339499
2.0977-2.12530.32681680.262731913359100
2.1253-2.15440.28641670.24933191335899
2.1544-2.18520.27931700.24223223339399
2.1852-2.21780.26141680.237531893357100
2.2178-2.25250.28821710.23213242341399
2.2525-2.28940.2741700.233932273397100
2.2894-2.32890.26621660.22083155332198
2.3289-2.37120.2551710.214132483419100
2.3712-2.41680.24171680.20983198336699
2.4168-2.46620.25071700.21553235340599
2.4662-2.51980.28691670.21053175334299
2.5198-2.57840.23871700.19553246341699
2.5784-2.64290.23971700.193832143384100
2.6429-2.71430.21721720.191432823454100
2.7143-2.79420.2151700.195132213391100
2.7942-2.88440.22971730.193532783451100
2.8844-2.98740.21111700.190232403410100
2.9874-3.1070.20741680.17413198336698
3.107-3.24840.21811720.17893262343499
3.2484-3.41960.20571720.17763274344699
3.4196-3.63380.18161720.16653266343899
3.6338-3.91420.1491730.1493277345099
3.9142-4.30790.15691730.13733283345699
4.3079-4.93060.14091740.13243313348799
4.9306-6.20970.1611770.1593356353399
6.2097-46.2750.17731850.16643508369399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3149-0.27470.28070.82780.0180.8912-0.01130.02450.00070.019-0.05170.0169-0.00480.0466-0.00280.1726-0.0030.00530.23260.01880.254111.982816.389528.9634
20.00110.02240.1130.16920.00040.181-0.04290.0302-0.0402-0.0587-0.06490.1066-0.1528-0.0265-0.00020.23020.0267-0.03190.19150.01790.26658.490834.651829.693
30.5006-0.21180.19440.93670.29721.09780.07370.16870.0298-0.1083-0.07120.00690.02320.07260.00140.16050.04860.010.24180.03660.205116.258510.810319.3858
40.3724-0.25320.02550.3023-0.52760.95290.19080.18040.1501-0.5642-0.04990.0440.1386-0.04090.20720.33630.0149-0.07860.2101-0.02360.140725.5521-18.134933.506
50.10080.0170.42610.1629-0.34530.94140.0254-0.14540.00160.12560.04880.09880.0157-0.070500.23320.03770.03650.30970.03160.250528.9592-11.347472.4884
60.3356-0.30890.07430.52880.05470.298-0.0497-0.08140.01590.094-0.0039-0.1112-0.0157-0.025500.20210.0085-0.01890.26360.01720.204835.4329-6.512271.6317
70.0014-0.09410.07960.1680.05790.56790.03010.0203-0.0105-0.15380.029-0.02230.11950.10570.01070.280.0133-0.03630.20920.01040.24132.0224-19.330147.0062
80.8083-0.1482-0.07570.5945-0.02621.03780.1485-0.0654-0.172-0.04240.08820.1060.67260.00090.18970.4856-0.0488-0.09640.18670.05070.318327.2769-34.730650.2889
90.5451-0.18550.23050.4855-0.46090.86040.0129-0.14650.00760.02130.06710.20750.0549-0.29010.04920.1619-0.0284-0.00870.25690.05530.220720.0289-15.748756.14
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 199 )A1 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 200 through 254 )A200 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 255 through 569 )A255 - 569
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 70 )B1 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 71 through 172 )B71 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 173 through 254 )B173 - 254
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 255 through 348 )B255 - 348
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 349 through 430 )B349 - 430
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 431 through 569 )B431 - 569

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る