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- PDB-5b1s: Crystal structure of Trypanosoma cruzi spermidine synthase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b1s
タイトルCrystal structure of Trypanosoma cruzi spermidine synthase in complex with 2-(2-fluorophenyl)ethanamine
要素Spermidine synthase, putative
キーワードTRANSFERASE / polyamine synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain ...Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-fluorophenyl)ethanamine / Chem-S4M / Spermidine synthase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Amano, Y. / Tateishi, Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: In silico, in vitro, X-ray crystallography, and integrated strategies for discovering spermidine synthase inhibitors for Chagas disease
著者: Yoshino, R. / Yasuo, N. / Hagiwara, Y. / Ishida, T. / Inaoka, D.K. / Amano, Y. / Tateishi, Y. / Ohno, K. / Namatame, I. / Niimi, T. / Orita, M. / Kita, K. / Akiyama, Y. / Sekijima, M.
履歴
登録2015年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine synthase, putative
B: Spermidine synthase, putative
C: Spermidine synthase, putative
D: Spermidine synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,39712
ポリマ－136,4154
非ポリマー1,9828
水10,503583
1
A: Spermidine synthase, putative
B: Spermidine synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1996
ポリマ－68,2072
非ポリマー9914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
2
C: Spermidine synthase, putative
D: Spermidine synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1996
ポリマ－68,2072
非ポリマー9914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.484, 68.163, 94.458
Angle α, β, γ (deg.)87.91, 87.18, 80.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Spermidine synthase, putative


分子量: 34103.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510339.50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4DA73, spermidine synthase
#2: 化合物
ChemComp-S4M / 5'-[(S)-(3-AMINOPROPYL)(METHYL)-LAMBDA~4~-SULFANYL]-5'-DEOXYADENOSINE


分子量: 356.444 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N6O3S
#3: 化合物
ChemComp-BSX / 2-(2-fluorophenyl)ethanamine / 2-(2-フルオロフェニル)エタンアミン


分子量: 139.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10FN
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, ammonium sulfate, tris / PH範囲: 7.0 - 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 115798 / % possible obs: 81.5 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YUW

4yuw


解像度: 1.58→25.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 1.414 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23174 6148 5 %RANDOM
Rwork0.18537 ---
obs0.18766 115798 81.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.871 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20.01 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.58→25.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9224 0 136 583 9943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0199600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4031.97813024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.97251172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85223.889432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.303151576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8841560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1940.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0217464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4981.3434704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0452.0115868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2161.6524896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.28712.34215557
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 554 -
Rwork0.173 9619 -
obs--92.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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