+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5med | ||||||
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Title | Cyanothece lipoxygenase 2 (CspLOX2) | ||||||
Components | Arachidonate 15-lipoxygenaseALOX15 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Linoleate 11-lipoxygenase | ||||||
Function / homology | Function and homology information arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / lipid oxidation / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cyanothece sp. | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Newie, J. / Neumann, P. / Werner, M. / Mata, R.A. / Ficner, R. / Feussner, I. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Lipoxygenase 2 from Cyanothece sp. controls dioxygen insertion by steric shielding and substrate fixation. Authors: Newie, J. / Neumann, P. / Werner, M. / Mata, R.A. / Ficner, R. / Feussner, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5med.cif.gz | 266 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5med.ent.gz | 210.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5med.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5med ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5med | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5meeC 5mefC 5megC 3o8yS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 64557.562 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1-569 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cyanothece sp. (strain PCC 8801) (bacteria) Gene: PCC8801_3106 / Plasmid: pET28a / Details (production host): N-terminal His6-tag / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B7JX99, arachidonate 15-lipoxygenase |
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-Non-polymers , 9 types, 1065 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PGR / #4: Chemical | ChemComp-BU1 / #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Chemical | ChemComp-HEZ / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-1BO / | #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 10% PEG 4000, 20% glycerol, 0.1 M MES/imidazole, 0.02 M of each alcohol (1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 22, 2012 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE, / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→45 Å / Num. obs: 134076 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.48 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3o8y Resolution: 1.8→41.553 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.23
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.1 Å / VDW probe radii: 1.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.29 Å2 / Biso mean: 30.3083 Å2 / Biso min: 11.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→41.553 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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