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万見
- PDB-5me5: Crystal Structure of eiF4E from C. melo bound to a eIF4G peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5me5
タイトルCrystal Structure of eiF4E from C. melo bound to a eIF4G peptide
要素
  • Eukaryotic transcription initiation factor 4E
  • eIF4G
キーワードTRANSLATION / translation initiation eIF4F complex
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 4F complex / RNA 7-methylguanosine cap binding / translational initiation / translation initiation factor activity / defense response to virus / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain ...: / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
eukaryotic translation initiation factor 4G-like isoform X1 / Eukaryotic translation initiation factor 4E-1
類似検索 - 構成要素
生物種Cucumis melo (マスクメロン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Querol-Audi, J. / Silva, C. / Miras, M. / Truniger, V. / Aranda-Regules, M. / Verdaguer, N.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2017
タイトル: Structure of eIF4E in Complex with an eIF4G Peptide Supports a Universal Bipartite Binding Mode for Protein Translation.
著者: Miras, M. / Truniger, V. / Silva, C. / Verdaguer, N. / Aranda, M.A. / Querol-Audi, J.
履歴
登録2016年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic transcription initiation factor 4E
B: eIF4G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7274
ポリマ－36,5352
非ポリマー1922
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.094, 70.352, 42.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic transcription initiation factor 4E / Eukaryotic translation initiation factor 4E


分子量: 26744.484 Da / 分子数: 1 / 断片: eIF4e / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cucumis melo (マスクメロン) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q00LS8
#2: タンパク質 eIF4G


分子量: 9790.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cucumis melo (マスクメロン) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A1S3C4H6*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5 / 詳細: ammonium sulphate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月16日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.981
反射解像度: 1.9→42.713 Å / Num. obs: 17809 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.079 / Net I/av σ(I): 8.688 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-23.30.6081.3199.7
2-2.123.90.4171.81100
2.12-2.273.80.2912.6199.9
2.27-2.453.80.1993.8199.8
2.45-2.693.80.145.4199.8
2.69-33.80.098.2199.9
3-3.473.80.05513.11100
3.47-4.253.90.03618.6199.9
4.25-6.013.80.03417.91100
6.01-29.3323.70.03119.8199.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.332 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 872 4.9 %
Rwork0.1864 --
obs0.1877 17788 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1539 0 10 61 1610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7572168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.11914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.0190.30031450.23772790X-RAY DIFFRACTION100
2.019-2.17490.24151490.20452795X-RAY DIFFRACTION100
2.1749-2.39360.22821610.19292815X-RAY DIFFRACTION100
2.3936-2.73980.2271390.17742813X-RAY DIFFRACTION100
2.7398-3.4510.21271380.17582838X-RAY DIFFRACTION100
3.451-29.33530.18431400.18142865X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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