PDB-5mc6: Cryo-EM structure of a native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mc6

タイトル

Cryo-EM structure of a native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex from S. cerevisiae

要素

(40S ribosomal protein ...) x 31
(60S ribosomal protein ...) x 40
18S ribosomal RNA
25S ribosomal RNA
5.8S ribosomal RNA
5S ribosomal RNA
A-site tRNA
Antiviral helicase SKI2
Antiviral protein SKI8
Eukaryotic translation initiation factor 5A-1
Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
P-site tRNA
Superkiller protein 3
Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
mRNA
uL1

キーワード

RIBOSOME / cryo-EM / RNA / helicase

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / cytoplasmic translational elongation / Ski complex / positive regulation of translational termination ...cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / cytoplasmic translational elongation / Ski complex / positive regulation of translational termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / cytoplasmic translational termination / positive regulation of translational elongation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / reciprocal meiotic recombination / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of polysaccharide biosynthetic process / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / transporter complex / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / nuclear chromosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / lipopolysaccharide transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / mRNA catabolic process / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of translational frameshifting / Formation of a pool of free 40S subunits / positive regulation of protein kinase activity / preribosome, large subunit precursor / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / positive regulation of translational initiation / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / Ub-specific processing proteases / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translational termination / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / translation initiation factor activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / small-subunit processome / translational initiation / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / maintenance of translational fidelity / cell outer membrane / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / protein-containing complex assembly / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / defense response to virus
類似検索 - 分子機能

Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / : / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. ...Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / : / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Mtr4-like, beta-barrel domain / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Tetratricopeptide repeat / : / Ribosomal protein L13e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / : / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / TPR repeat region circular profile. / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性

: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Small ribosomal subunit protein eS28B / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Putative major capsid protein p72 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS17B / Large ribosomal subunit protein eL8A / Superkiller protein 3 / Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Antiviral helicase SKI2 / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS26A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Antiviral protein SKI8 / Small ribosomal subunit protein eS10A / LPS-assembly protein LptD / Small ribosomal subunit protein eS25A
類似検索 - 構成要素

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Schmidt, C. / Kowalinski, E. / Shanmuganathan, V. / Defenouillere, Q. / Braunger, K. / Heuer, A. / Pech, M. / Namane, A. / Berninghausen, O. / Fromont-Racine, M. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The cryo-EM structure of a ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 helicase complex.
著者: Christian Schmidt / Eva Kowalinski / Vivekanandan Shanmuganathan / Quentin Defenouillère / Katharina Braunger / André Heuer / Markus Pech / Abdelkader Namane / Otto Berninghausen / ...
要旨: Ski2-Ski3-Ski8 (Ski) is a helicase complex functioning with the RNA-degrading exosome to mediate the 3'-5' messenger RNA (mRNA) decay in turnover and quality-control pathways. We report that the Ski ...

履歴

登録	2016年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2017年1月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2017年1月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2017年1月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2017年1月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2017年1月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2017年1月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2017年1月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2017年1月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2017年1月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_software / struct_conn / Item: _em_software.name
改定 1.2	2018年11月21日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _cell.Z_PDB
改定 1.4	2025年7月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / em_entity_assembly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_name
改定 1.1	2025年7月9日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata Group: Database references / Experimental summary / Source and taxonomy Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata カテゴリ: database_2 / em_admin ...database_2 / em_admin / em_entity_assembly / struct_ref Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _struct_ref.db_name

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-3461 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mc6.cif.gz	5.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mc6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mc6_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mc6_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5mc6_validation.xml.gz	431.5 KB	表示
CIF形式データ	5mc6_validation.cif.gz	733.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/5mc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/5mc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3461MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	10176 5fl8-d 3847 6sgb-d 11034 10180 11038 6zqa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (313) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (78) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (79) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (3) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (8) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (3) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (103) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (3) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (12) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (313)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (78)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (79)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (3)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (8)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (3)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (3)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (103)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (4)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (3)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (3)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (12)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (5)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (4)

登録構造単位

2: 18S ribosomal RNA

A: 40S ribosomal protein S3

B: 40S ribosomal protein S5

C: 40S ribosomal protein S10-A

D: 40S ribosomal protein S12

E: 40S ribosomal protein S15

F: 40S ribosomal protein S16-A

G: 40S ribosomal protein S17-B

H: 40S ribosomal protein S18-A

I: 40S ribosomal protein S19-A

J: 40S ribosomal protein S20

K: 40S ribosomal protein S25-A

L: 40S ribosomal protein S28-B

M: 40S ribosomal protein S29-A

N: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

O: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein

P: 40S ribosomal protein S0-A

Q: 40S ribosomal protein S1-A

R: 40S ribosomal protein S2

S: 40S ribosomal protein S4-A

T: 40S ribosomal protein S6-A

U: 40S ribosomal protein S7-A

V: 40S ribosomal protein S8-A

W: 40S ribosomal protein S9-A

X: 40S ribosomal protein S11-A

Y: 40S ribosomal protein S13

Z: 40S ribosomal protein S14-A

a: 40S ribosomal protein S21-A

b: 40S ribosomal protein S22-A

c: 40S ribosomal protein S23-A

d: 40S ribosomal protein S24-A

e: 40S ribosomal protein S26-A

f: 40S ribosomal protein S27-A

g: 40S ribosomal protein S30-A

l: mRNA

m: A-site tRNA

n: P-site tRNA

h: Antiviral helicase SKI2

i: Superkiller protein 3

j: Antiviral protein SKI8

k: Antiviral protein SKI8

AA: 60S ribosomal protein L8-A

AB: 60S ribosomal protein L23-A

AC: 60S ribosomal protein L36-A

AD: 60S ribosomal protein L9-A

AE: 60S ribosomal protein L24-A

AF: 60S ribosomal protein L37-A

AG: 60S ribosomal protein L11-A

AH: 60S ribosomal protein L25

AI: 60S ribosomal protein L38

AJ: 60S ribosomal protein L13-A

AK: 60S ribosomal protein L26-A

AL: 60S ribosomal protein L39

AM: 60S ribosomal protein L14-A

AN: 60S ribosomal protein L27-A

AO: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

AP: 60S ribosomal protein L42-A

AQ: 60S ribosomal protein L15-A

AR: 60S ribosomal protein L28

AS: 60S ribosomal protein L41-A

AT: 60S ribosomal protein L43-A

AU: 60S ribosomal protein L16-A

AV: 60S ribosomal protein L29

AW: 60S ribosomal protein L2-A

AX: 60S ribosomal protein L17-A

AY: 60S ribosomal protein L30

AZ: uL1

BA: 60S ribosomal protein L3

BB: 60S ribosomal protein L18-A

BC: 60S ribosomal protein L31-A

BD: 60S ribosomal protein L10

BE: 60S ribosomal protein L4-A

BF: 60S ribosomal protein L19-A

BG: 60S ribosomal protein L32

BH: 60S ribosomal protein L20-A

BI: 60S ribosomal protein L5

BJ: 60S ribosomal protein L21-A

BK: 60S ribosomal protein L33-A

BL: 60S ribosomal protein L22-A

BM: 60S ribosomal protein L6-A

BN: 60S ribosomal protein L34-A

BO: 60S ribosomal protein L7-A

BP: 60S ribosomal protein L35-A

BQ: 25S ribosomal RNA

BR: 5S ribosomal RNA

BS: 5.8S ribosomal RNA

BT: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1

3.6 MDa, 87 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 2lmnBQBRBS

#1: RNA鎖	18S ribosomal RNA 分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GENBANK: 831416132
#35: RNA鎖	mRNA 分子量: 10494.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
#36: RNA鎖	A-site tRNA 分子量: 24378.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
#37: RNA鎖	P-site tRNA 分子量: 24815.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
#83: RNA鎖	25S ribosomal RNA 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 831416132
#84: RNA鎖	5S ribosomal RNA 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 1039024045
#85: RNA鎖	5.8S ribosomal RNA 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 1102645687

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ABCDEFGHIJKLMPQRSTUVWXYZabcdefg

#2: タンパク質	40S ribosomal protein S3 / RP13 / YS3 分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05750
#3: タンパク質	40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / YS8 分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P26783
#4: タンパク質	40S ribosomal protein S10-A 分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q08745
#5: タンパク質	40S ribosomal protein S12 分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P48589
#6: タンパク質	40S ribosomal protein S15 / RIG protein / RP52 / S21 / YS21 分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q01855
#7: タンパク質	40S ribosomal protein S16-A / RP61R 分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX51
#8: タンパク質	40S ribosomal protein S17-B / RP51B 分子量: 15835.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P14127
#9: タンパク質	40S ribosomal protein S18-A 分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX55
#10: タンパク質	40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / YP45 / YS16A 分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P07280
#11: タンパク質	40S ribosomal protein S20 分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P38701
#12: タンパク質	40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / YS23 分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q3E792
#13: タンパク質	40S ribosomal protein S28-B / S33 / YS27 分子量: 7578.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0C0X0
#14: タンパク質	40S ribosomal protein S29-A / S36 / YS29 分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P41057
#17: タンパク質	40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A 分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P32905
#18: タンパク質	40S ribosomal protein S1-A / RP10A 分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P33442
#19: タンパク質	40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / YS5 分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P25443
#20: タンパク質	40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / YS6 分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX35
#21: タンパク質	40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / YS4 分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX37
#22: タンパク質	40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P26786
#23: タンパク質	40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / YS9 分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX39
#24: タンパク質	40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / YP28 / YS11 分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: O13516
#25: タンパク質	40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / YS12 分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX47
#26: タンパク質	40S ribosomal protein S13 / S27a / YS15 分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05756
#27: タンパク質	40S ribosomal protein S14-A / RP59A 分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P06367
#28: タンパク質	40S ribosomal protein S21-A / S26 / YS25 分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0C0V8
#29: タンパク質	40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / YP58 / YS22 分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0C0W1
#30: タンパク質	40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / YS14 分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX29
#31: タンパク質	40S ribosomal protein S24-A / RP50 分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX31
#32: タンパク質	40S ribosomal protein S26-A 分子量: 13538.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P39938
#33: タンパク質	40S ribosomal protein S27-A / RP61 / YS20 分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P35997
#34: タンパク質	40S ribosomal protein S30-A 分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX33

-
タンパク質 , 8種, 9分子 NOhijkAOAZBT

#15: タンパク質	Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 分子量: 17254.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05759
#16: タンパク質	Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P38011
#38: タンパク質	Antiviral helicase SKI2 / Superkiller protein 2 分子量: 146259.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P35207, RNA helicase
#39: タンパク質	Superkiller protein 3 分子量: 163922.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P17883
#40: タンパク質	Antiviral protein SKI8 / Superkiller protein 8 分子量: 44283.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q02793
#55: タンパク質	Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CH08
#66: タンパク質	uL1 分子量: 17889.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: Due to resolution, this protein was only built as a poly-ala model. The actual uL1 sequence can be obtained from Uniprot-ID P0CX43. We had the same situation with a previous deposition of our group (PDB-ID 5GAK). 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
#86: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / eIF-5A-1 / Hypusine-containing protein HP2 / eIF-4D 分子量: 17222.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P23301

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAPAQARASATAUAVAWAXAYBABBBCBDBEBF...

#41: タンパク質	60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5 分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P17076
#42: タンパク質	60S ribosomal protein L23-A / L17a / YL32 分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX41
#43: タンパク質	60S ribosomal protein L36-A / L39 / YL39 分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05745
#44: タンパク質	60S ribosomal protein L9-A / L8 / RP24 / YL11 分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05738
#45: タンパク質	60S ribosomal protein L24-A / L30 / RP29 / YL21 分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P04449
#46: タンパク質	60S ribosomal protein L37-A / L43 / YL35 / YP55 分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P49166
#47: タンパク質	60S ribosomal protein L11-A / L16 / RP39 / YL22 分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0C0W9
#48: タンパク質	60S ribosomal protein L25 / RP16L / YL25 / YP42' 分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P04456
#49: タンパク質	60S ribosomal protein L38 分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P49167
#50: タンパク質	60S ribosomal protein L13-A 分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q12690
#51: タンパク質	60S ribosomal protein L26-A / L33 / YL33 分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05743
#52: タンパク質	60S ribosomal protein L39 / L46 / YL40 分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P04650
#53: タンパク質	60S ribosomal protein L14-A 分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P36105
#54: タンパク質	60S ribosomal protein L27-A 分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0C2H6
#56: タンパク質	60S ribosomal protein L42-A / L41 / YL27 / YP44 分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX27
#57: タンパク質	60S ribosomal protein L15-A / L13 / RP15R / YL10 / YP18 分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05748
#58: タンパク質	60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24 分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P02406
#59: タンパク質・ペプチド	60S ribosomal protein L41-A / L47 / YL41 分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX86
#60: タンパク質	60S ribosomal protein L43-A / L37a / YL35 分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX25
#61: タンパク質	60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / RP22 / YL15 分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P26784
#62: タンパク質	60S ribosomal protein L29 / YL43 分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05747
#63: タンパク質	60S ribosomal protein L2-A / L5 / RP8 / YL6 分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX45
#64: タンパク質	60S ribosomal protein L17-A / L20A / YL17 分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05740
#65: タンパク質	60S ribosomal protein L30 / L32 / RP73 / YL38 分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P14120
#67: タンパク質	60S ribosomal protein L3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1 分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P14126
#68: タンパク質	60S ribosomal protein L18-A / RP28 分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX49
#69: タンパク質	60S ribosomal protein L31-A / L34 / YL28 分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0C2H8
#70: タンパク質	60S ribosomal protein L10 / L9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein 分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P41805
#71: タンパク質	60S ribosomal protein L4-A / L2 / RP2 / YL2 分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P10664
#72: タンパク質	60S ribosomal protein L19-A / L23 / RP15L / RP33 / YL14 分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX82
#73: タンパク質	60S ribosomal protein L32 分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P38061
#74: タンパク質	60S ribosomal protein L20-A / L18a 分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX23
#75: タンパク質	60S ribosomal protein L5 / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3 分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P26321
#76: タンパク質	60S ribosomal protein L21-A 分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q02753
#77: タンパク質	60S ribosomal protein L33-A / L37 / RP47 / YL37 分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05744
#78: タンパク質	60S ribosomal protein L22-A / L1c / RP4 / YL31 分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05749
#79: タンパク質	60S ribosomal protein L6-A / L17 / RP18 / YL16 分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q02326
#80: タンパク質	60S ribosomal protein L34-A 分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P87262
#81: タンパク質	60S ribosomal protein L7-A / L6 / RP11 / YL8 分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P05737
#82: タンパク質	60S ribosomal protein L35-A 分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX84

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex from S. cerevisiae
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL

分子量

値: 3.6 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

緩衝液

pH: 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	HEPES	C₈H₁₈N₂O₄S	1
2	100 mM	Potassium acetate	KOAc	1
3	10 mM	Magnesium chloride	MgCl₂	1
4	1 mM	DTT	C₄H₁₀O₂S₂	1
5	0.5 mM	PMSF	C₇H₇FO₂S	1
6	10 ug/ml	Cycloheximide	C₁₅H₂₃NO₄	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER/PALLADIUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 2.8 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2
画像スキャン	利用したフレーム数/画像: 1-10

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	Gautomatch	0.53	粒子像選択	For details, see http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/
2	EM-Tools		画像取得
4	CTFFIND	4	CTF補正
7	UCSF Chimera		モデルフィッティング
8	Coot		モデルフィッティング
10	RELION	1.4	初期オイラー角割当
12	FREALIGN	9.11	分類
13	FREALIGN	9.11	３次元再構成
14	PHENIX	1.1	モデル精密化	Real-space refinement
15	REFMAC	5.8	モデル精密化	Reciprocal space refinement

CTF補正

タイプ: NONE

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31503 / 対称性のタイプ: POINT

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 2lmnBQBRBS

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ABCDEFGHIJKLMPQRSTUVWXYZabcdefg

-
タンパク質 , 8種, 9分子 NOhijkAOAZBT

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAPAQARASATAUAVAWAXAYBABBBCBDBEBF...

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-RNA鎖 , 7種, 7分子 2lmnBQBRBS

+40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ABCDEFGHIJKLMPQRSTUVWXYZabcdefg

-タンパク質 , 8種, 9分子 NOhijkAOAZBT

+60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAPAQARASATAUAVAWAXAYBABBBCBDBEBF...

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 2lmnBQBRBS

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ABCDEFGHIJKLMPQRSTUVWXYZabcdefg

-
タンパク質 , 8種, 9分子 NOhijkAOAZBT

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAPAQARASATAUAVAWAXAYBABBBCBDBEBF...

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)