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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m8m | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human tyrosinase related protein 1 in complex with kojic acid | |||||||||
![]() | 5,6-dihydroxyindole-2-carboxylic acid oxidase | |||||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / human tyrosinase related protein 1 / melanin biosynthesis / tyrosinase / oxidoreductase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他分子を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / acetoacetic acid metabolic process / Melanin biosynthesis / positive regulation of melanin biosynthetic process / tyrosinase activity / melanocyte differentiation / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / intracellular vesicle ...酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他分子を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / acetoacetic acid metabolic process / Melanin biosynthesis / positive regulation of melanin biosynthetic process / tyrosinase activity / melanocyte differentiation / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / intracellular vesicle / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / melanosome / oxidoreductase activity / endosome membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lai, X. / Soler-Lopez, M. / Wichers, H.J. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Human Tyrosinase Related Protein 1 Reveals a Binuclear Zinc Active Site Important for Melanogenesis. 著者: Lai, X. / Wichers, H.J. / Soler-Lopez, M. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 367.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 307 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 5.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 50619.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P17643, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P17643, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他分子を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む |
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-糖 , 7種, 21分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 3種, 56分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/KOJ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/KOJ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: 化合物 | ChemComp-ZN / #9: 化合物 | ChemComp-KOJ / #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris (pH 7.0), 0.2 M NaCl and 30% (w/v) PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→49 Å / Num. obs: 71959 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.16 Å2 / Biso mean: 39.6045 Å2 / Biso min: 15.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→49 Å
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