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万見
- PDB-5m7p: Crystal structure of NtrX from Brucella abortus in complex with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m7p
タイトルCrystal structure of NtrX from Brucella abortus in complex with ADP processed with the CrystalDirect automated mounting and cryo-cooling technology
要素Nitrogen assimilation regulatory protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / CRYSTALDIRECT / BRUCELLOSIS / TWO-COMPONENT SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 ...Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Homeodomain-like / CheY-like superfamily / Response regulator / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Nitrogen assimilation regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus str. 2308 A (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Cornaciu, I. / Fernandez, I. / Hoffmann, G. / Carrica, M.C. / Goldbaum, F.A. / Marquez, J.A.
資金援助 アルゼンチン, フランス, 3件
組織認可番号国
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y TecnologicaPICT-2013-1629 アルゼンチン
BioStruct-X283570 フランス
iNEXT653706 フランス
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Three-Dimensional Structure of Full-Length NtrX, an Unusual Member of the NtrC Family of Response Regulators.
著者: Fernandez, I. / Cornaciu, I. / Carrica, M.D. / Uchikawa, E. / Hoffmann, G. / Sieira, R. / Marquez, J.A. / Goldbaum, F.A.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Data collection
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogen assimilation regulatory protein
B: Nitrogen assimilation regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4646
ポリマ－100,5612
非ポリマー9034
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area36760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.979, 190.840, 111.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Nitrogen assimilation regulatory protein


分子量: 50280.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The missing residues could not be modeled in the partial electron density.
由来: (組換発現) Brucella abortus str. 2308 A (ウシ流産菌)
遺伝子: BAAA_2000042 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4IRH0
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.36 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→29.87 Å / Num. obs: 51562 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 53.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.36→2.49 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.712 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.36→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Blow DPI: 0.198 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2517 4.88 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 51541 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9667 Å20 Å20 Å2
2--9.3091 Å20 Å2
3----13.2758 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.36→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6693 0 56 293 7042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096841HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.079271HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2447SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes171HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1030HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6841HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion935SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8117SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 178 4.8 %
Rwork0.249 3530 -
all0.251 3708 -
obs--98.61 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
139.528130.583116.0408
228.430124.38157.6516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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