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- PDB-6zl1: Crystal structure of human serum albumin in complex with the MCL-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zl1
タイトルCrystal structure of human serum albumin in complex with the MCL-1 neutralizing Alphabody CMPX-383B
要素
  • Albumin
  • CMPX-383B
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo protein design / 3 helical antiparallel coiled coil / cell penetrating Alphabody MCL-1 neutralizing Alphabody
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.272 Å
データ登録者Pannecoucke, E. / Savvides, S.N. / Desmet, J. / Lasters, I.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cell-penetrating Alphabody protein scaffolds for intracellular drug targeting.
著者: Pannecoucke, E. / Van Trimpont, M. / Desmet, J. / Pieters, T. / Reunes, L. / Demoen, L. / Vuylsteke, M. / Loverix, S. / Vandenbroucke, K. / Alard, P. / Henderikx, P. / Deroo, S. / Baatz, F. / ...著者: Pannecoucke, E. / Van Trimpont, M. / Desmet, J. / Pieters, T. / Reunes, L. / Demoen, L. / Vuylsteke, M. / Loverix, S. / Vandenbroucke, K. / Alard, P. / Henderikx, P. / Deroo, S. / Baatz, F. / Lorent, E. / Thiolloy, S. / Somers, K. / McGrath, Y. / Van Vlierberghe, P. / Lasters, I. / Savvides, S.N.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
B: Albumin
C: CMPX-383B
D: CMPX-383B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,6434
ポリマ－168,6434
非ポリマー00
水00
1
A: Albumin
C: CMPX-383B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3222
ポリマ－84,3222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area33290 Å2
手法PISA
2
B: Albumin
D: CMPX-383B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3222
ポリマ－84,3222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area32900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.688, 231.346, 240.191
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 69383.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: タンパク質 CMPX-383B


分子量: 14938.014 Da / 分子数: 2 / Mutation: I92T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % / 解説: Plate-like
結晶化温度: 310.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.1 M BIS-Tris pH 6.8, 0.2 M ammonium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.272→115.673 Å / Num. obs: 24556 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 88.79 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.272→3.389 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 1168 / CC1/2: 0.182 / CC star: 0.555 / % possible all: 44.11

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.9 beta 2モデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MK8

3mk8


解像度: 3.272→115.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.556
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2809 1271 -RANDOM
Rwork0.2393 ---
obs0.2415 24556 91.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 96.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1284 Å20 Å20 Å2
2---1.9367 Å20 Å2
3----2.1918 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.272→115.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8855 0 0 0 8855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099006HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0212361HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2630SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1599HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9006HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1398SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7733SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.32
LS精密化 シェル解像度: 3.272→3.34 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2883 20 -
Rwork0.2119 --
obs--32.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.16590.83912.20460.67950.67631.88390.38790.24550.25920.2455-0.4162-0.80490.2592-0.80490.02830.0987-0.25780.19390.1211-0.1555-0.1454-6.2188-16.092323.8182
21.46380.2134-1.0690.9428-1.44021.62650.31410.0827-0.40810.0827-0.42580.8574-0.40810.85740.11160.1269-0.2796-0.11580.20090.0916-0.17967.181448.03329.2984
31.50481.56515.2886.12874.79948.08590.09660.06840.20760.06840.28710.2030.20760.203-0.38370.0198-0.17090.0449-0.142-0.05820.153724.25515.907840.9178
42.76140.7304-4.01430.9047-1.65327.75560.0148-0.14020.0869-0.14020.2349-0.09160.0869-0.0916-0.2497-0.1255-0.0862-0.0954-0.15480.01140.2436-22.216629.491849.1603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|29 - A|608 }A29 - 608
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|29 - B|607 }B29 - 607
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|3 - C|144 }C3 - 144
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|144 }D2 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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