PDB-5m67: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m67

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii in complex with adenine and 2'-deoxyadenosine

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / SAHase / SAH / SAM-dependent methylation / nitrogen fixation / symbiotic bacteria / NAD / conformational transition / molecular gate / adenine / 2`-deoxyadenosine

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium elkanii (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Manszewski, T. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2017
タイトル: Crystallographic and SAXS studies of S-adenosyl-l-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii.
著者: Manszewski, T. / Szpotkowski, K. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2016年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月31日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_high / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m67.cif.gz	774.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m67.ent.gz	635.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m67_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m67_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	5m67_validation.xml.gz	90.7 KB	表示
CIF形式データ	5m67_validation.cif.gz	136.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m5kC 5m65C 5m66C 4lvcS 1a7a 1v8b 3ce6 3ond 3one 3onf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3glq-1 6exi-d 6uk3-d 3n58-d 2ziz-d 3dhy-d 5v96-d 5m66-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/repod.3824734 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

215 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.484, 174.532, 96.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-1096- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase 分子量: 52737.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium elkanii (根粒菌) / 遺伝子: ahcY, BeSAHase / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087WNH6, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 2174分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-3D1 / (2R,3S,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-tetrahydro-2-(hydroxymethyl)furan-3-ol / 2'-DEOXYADENOSINE / 2′-デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.3 M sodium acetate, 14% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.969 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→43.633 Å / Num. obs: 268793 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.59 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 15.41
反射シェル	解像度: 1.54→1.63 Å / 冗長度: 9.08 % / R_merge(I) obs: 1.021 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / CC_1/2: 0.693 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LVC

4lvc

解像度: 1.54→43.633 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1757	1009	0.38 %	Random
R_work	0.1446	-	-	-
obs	0.1447	268768	99.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→43.633 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14444	0	266	2156	16866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	15264
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.506	20691
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.277	9160
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	2273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2641

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5354-1.6163	0.3006	140	0.2473	37244	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6163-1.7176	0.2376	144	0.1932	38123	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7176-1.8502	0.2153	143	0.1634	38105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8502-2.0364	0.1705	145	0.1444	38229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0364-2.3311	0.1857	144	0.1405	38317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3311-2.9368	0.1897	145	0.1428	38494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9368-43.6506	0.1355	148	0.1228	39247	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5045	0.3841	-0.1591	1.2798	-0.3525	0.4272	0.0098	-0.0556	0.0065	0.0501	-0.0112	0.0788	0.0329	-0.0284	0.0046	0.1674	0.0027	-0.0275	0.1215	0.0139	0.171	25.7645	1.5665	37.8486
2	0.3675	-0.0203	0.0573	0.4593	-0.037	0.3796	0.0185	-0.0654	-0.0458	0.0762	0.0224	-0.0039	0.0569	-0.0651	-0.047	0.1083	-0.0064	-0.0058	0.0949	0.0218	0.0995	19.1929	21.1834	32.5048
3	1.1121	0.2545	-0.056	0.4845	-0.0075	0.4299	0.0323	-0.1367	0.0586	0.0366	-0.0473	0.0254	-0.0743	-0.0425	0.0161	0.1359	0.0121	-0.0105	0.1252	-0.0272	0.0815	16.4965	58.7696	55.2338
4	2.3986	1.5331	0.7874	2.8696	0.537	1.9923	0.0468	-0.3507	-0.1037	0.1684	-0.0988	-0.2636	-0.0484	0.0869	0.0433	0.1342	0.0069	-0.029	0.2209	0.0102	0.132	34.145	55.0441	67.5121
5	0.21	0.2513	-0.5088	0.9505	-0.5822	2.87	-0.0209	-0.0924	-0.0461	0.089	-0.0689	-0.0478	0.1813	0.1563	0.1093	0.1157	0.0296	-0.0162	0.1525	-0.0068	0.1437	26.3807	43.8464	49.4799
6	0.8169	-0.2708	0.0247	1.3515	0.0735	0.5945	0.0025	-0.0395	0.0867	0.0385	0.0032	-0.1537	-0.0431	0.0777	-0.0052	0.1005	-0.0013	-0.0204	0.1192	-0.009	0.1144	37.9005	49.7109	35.3472
7	0.2298	0.4506	0.4498	2.1241	0.9065	0.855	0.0571	-0.134	-0.0029	0.2567	-0.0807	0.0263	0.1433	-0.1469	0.0081	0.1438	-0.0056	0.0318	0.1892	0.0235	0.1065	11.2541	33.4835	50.2996
8	1.2385	0.0676	-0.4063	0.7013	0.0963	1.2624	-0.0483	0.2864	-0.0663	-0.2427	0.0607	0.0024	0.0551	-0.0155	-0.0181	0.2309	-0.0495	-0.0181	0.1876	-0.0111	0.1147	18.2838	17.8153	-9.4682
9	3.303	-2.0362	-0.4991	2.617	0.8568	3.1725	0.0384	0.4029	-0.1781	-0.4532	-0.018	-0.0328	0.0161	0.1099	-0.0128	0.3531	-0.1336	0.055	0.302	-0.0132	0.1541	28.766	20.295	-20.5208
10	0.9221	-0.9193	-0.8616	1.1469	0.2465	7.8346	0.0114	0.129	0.1631	-0.4241	0.0063	-0.1757	-0.2203	0.4088	-0.0759	0.2789	-0.0628	0.0333	0.2091	0.0313	0.196	24.0535	35.764	-9.9532
11	0.5302	-0.0464	0.0389	1.6618	-0.1533	0.5522	0.0158	0.0643	-0.0168	-0.0564	0.0052	-0.1746	0.0468	0.0455	-0.022	0.1014	0.0023	0.0177	0.1129	-0.0029	0.117	36.1782	27.0412	10.4829
12	2.3138	-0.0241	-0.1976	1.3753	0.3638	0.2483	0.0211	0.3972	0.1838	-0.4633	0.0011	0.0369	-0.1156	-0.0933	-0.0328	0.2473	-0.0028	-0.0276	0.2035	0.0424	0.1267	11.1343	35.0284	-8.6281
13	2.5307	-1.0764	0.0336	2.3271	-0.0391	0.8725	0.0367	0.2407	0.1824	-0.1567	-0.0163	0.1056	-0.0753	-0.0716	-0.0272	0.1311	0.0049	-0.0327	0.1428	0.0034	0.0789	5.2165	48.55	4.0884
14	1.0583	-0.3785	0.2115	0.836	-0.1868	0.6963	-0.0206	0.1459	0.2478	-0.0424	-0.0285	-0.0355	-0.1627	-0.0505	0.036	0.2029	0.0031	0.0021	0.142	0.0584	0.2499	21.5528	74.3314	9.1725
15	0.5054	-0.1024	-0.0158	0.371	0.1179	0.3102	-0.0035	0.0596	0.0813	-0.0556	-0.0036	-0.0425	-0.0642	-0.0549	-0.0002	0.1199	0.0133	-0.0074	0.108	0.0243	0.107	17.059	54.3124	15.1016

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 230 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 231 through 473 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 6 through 137 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 138 through 198 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 199 through 248 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 249 through 393 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 394 through 473 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 6 through 162 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 163 through 198 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 199 through 230 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 231 through 393 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 394 through 439 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 440 through 473 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 4 through 230 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 231 through 473 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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