PDB-5m66: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m66

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii in complex with adenosine

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / SAHase / SAH / SAM-dependent methylation / nitrogen fixation / symbiotic bacteria / NAD / conformational transition / molecular gate / adenosine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium elkanii (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Manszewski, T. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2017
タイトル: Crystallographic and SAXS studies of S-adenosyl-l-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii.
著者: Manszewski, T. / Szpotkowski, K. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2016年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月31日	Group: Database references
改定 1.2	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m66.cif.gz	747.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m66.ent.gz	617.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m66_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m66_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	5m66_validation.xml.gz	81.2 KB	表示
CIF形式データ	5m66_validation.cif.gz	112.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m5kC 5m65C 5m67C 4lvcS 1a7a 1v8b 3ce6 3ond 3one 3onf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6exi-d 5v96-d 2zj0-d 3n58-d 3glq-1 2ziz-d 3onf-1 5m5k-d 3dhy-d 3one-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/repod.8491539 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

215 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.437, 173.622, 97.425
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase 分子量: 52737.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium elkanii (根粒菌) / 遺伝子: ahcY, BeSAHase / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087WNH6, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 5種, 913分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.3 sodium acetate, 16% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→46.9 Å / Num. obs: 130113 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13.01
反射シェル	解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 3.67 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / CC_1/2: 0.729 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LVC

4lvc

解像度: 1.951→46.9 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.41
詳細: Riding H atoms were added. TLS parameters were included.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2108	1009	0.78 %	Random
R_work	0.1694	-	-	-
obs	0.1698	130052	98.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.951→46.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14397	0	291	896	15584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	15122
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.539	20482
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.406	9067
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	2288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2608

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9513-2.0542	0.2811	138	0.2447	17654	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0542-2.1829	0.326	144	0.2182	18369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1829-2.3514	0.2474	143	0.206	18389	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3514-2.5881	0.2135	144	0.1811	18497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5881-2.9625	0.2397	146	0.1747	18563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9625-3.7322	0.21	146	0.1542	18614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7322-46.915	0.1574	148	0.1419	18957	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1151	0.7537	-0.3017	1.8569	-0.4578	0.7786	0.0458	-0.1165	-0.0437	-0.0579	-0.0686	0.0973	0.0757	-0.031	0.0214	0.2212	0.0345	0.0062	0.1679	0.0437	0.2405	25.6012	0.5307	37.5076
2	0.4125	0.0401	-0.096	0.7583	0.0436	0.4894	0.003	-0.0829	-0.0274	0.0271	-0.0347	0.0657	0.0773	-0.059	0.0202	0.1824	-0.003	0.022	0.1697	0.0091	0.173	19.1691	20.8167	33.9036
3	1.7344	0.2292	0.2293	0.9958	-0.04	0.7895	0.0331	-0.2673	-0.0012	0.1512	-0.0775	-0.0455	-0.0968	0.0667	0.0546	0.2074	-0.0046	0.0027	0.2585	-0.089	0.2341	21.5662	58.0234	59.3169
4	1.8414	1.4901	2.7451	2.8649	2.8256	7.2617	0.1642	0.0349	-0.36	0.181	0.1122	-0.5032	0.1876	0.3576	-0.2091	0.1884	-0.0081	-0.0007	0.2821	-0.0235	0.3033	25.3555	41.6271	56.8573
5	0.7557	0.003	0.0709	2.2979	-0.4161	0.8936	0.0234	-0.1117	0.1539	0.0271	-0.0343	-0.1285	-0.1158	0.1078	0.0063	0.1457	-0.0157	-0.0027	0.1935	-0.0414	0.1896	37.1956	49.3092	35.1717
6	0.4222	0.3566	-0.3222	1.1689	-0.1663	0.686	-0.0083	-0.1658	-0.0076	0.1267	-0.0441	0.0597	0.0028	-0.0168	0.0656	0.1658	0.0142	0.0117	0.2328	-0.0362	0.2132	14.8132	38.2842	48.7132
7	1.7432	0.0452	-0.9899	1.0696	0.3222	1.8213	-0.0765	0.4055	-0.0451	-0.3576	-0.0028	-0.0849	0.0061	-0.177	0.0768	0.4051	-0.0299	0.0223	0.3072	-0.0206	0.1806	20.5322	19.3299	-11.2962
8	0.4308	0.0467	0.0482	1.2228	-0.0959	0.7472	0.0103	0.1366	0.0101	-0.1796	-0.01	-0.1672	0.0527	0.0804	0.0118	0.2228	0.008	0.0663	0.1703	0.0136	0.1672	34.182	28.1245	8.7485
9	0.933	-0.2716	0.2436	1.5797	0.3008	0.7196	-0.0055	0.2781	0.1483	-0.4514	-0.0911	0.1599	-0.1066	-0.0522	0.0865	0.3285	0.028	-0.0719	0.2685	0.0432	0.1914	8.2699	41.5339	-1.5712
10	1.6326	-0.1107	0.7047	2.2831	-0.1485	1.3766	-0.1412	0.1514	0.4913	-0.3674	-0.0078	0.5181	-0.4541	-0.241	0.0939	0.5133	0.0331	-0.0722	0.2968	0.0846	0.6352	21.2759	74.2777	9.1262
11	0.6545	-0.0823	-0.2285	0.7779	0.2948	0.7186	0.0187	0.0764	0.1778	-0.2225	-0.0421	0.0154	-0.1843	-0.0966	0.0101	0.2378	0.0391	-0.0428	0.1682	0.0343	0.2022	16.718	54.3165	15.2857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 210 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 211 through 473 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 6 through 190 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 191 through 233 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 234 through 373 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 374 through 473 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 6 through 210 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 211 through 393 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 394 through 473 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 6 through 230 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 231 through 473 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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