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- PDB-5m5p: S. cerevisiae spliceosomal helicase Brr2 (271-end) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m5p
タイトルS. cerevisiae spliceosomal helicase Brr2 (271-end) in complex with the Jab/MPN domain of S. cerevisiae Prp8
要素
  • Pre-mRNA-splicing factor 8
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
キーワードHYDROLASE / splicing / helicase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding ...spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / : / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / PROCT domain ...Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / : / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / C2 domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Becke, C. / Absmeier, E. / Wollenhaupt, J. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 740 ドイツ
Bundesministerium fuer Bildung und Forschung05K10KEC ドイツ
Einstein Foundation BerlinA-2012-140 ドイツ
Freie Universitaet BerlinDahlem International Network PostDoc Fellowship ドイツ
引用ジャーナル: Cell Cycle / 年: 2017
タイトル: Interplay of cis- and trans-regulatory mechanisms in the spliceosomal RNA helicase Brr2.
著者: Absmeier, E. / Becke, C. / Wollenhaupt, J. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.
履歴
登録2016年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / Refinement description
カテゴリ: diffrn / diffrn_detector ...diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / software
Item: _diffrn.ambient_temp / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42017年10月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 1.52018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.62019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.72024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
B: Pre-mRNA-splicing factor 8
C: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
D: Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,6154
ポリマ－492,6154
非ポリマー00
水00
1
A: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
B: Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,3072
ポリマ－246,3072
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area94760 Å2
手法PISA
2
C: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
D: Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,3072
ポリマ－246,3072
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area96290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.970, 196.870, 191.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLYSLYSchain AAA271 - 21635 - 1897
21SERSERLYSLYSchain CCC275 - 21639 - 1897
12SERSERPHEPHEchain BBB2148 - 23955 - 252
22SERSERPHEPHEchain DDD2148 - 23955 - 252

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246


分子量: 215817.031 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 271-2163 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: BRR2, RSS1, SNU246, YER172C, SYGP-ORF66 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase
#2: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 30490.338 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2147-2413 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.35 % / 解説: needles
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 9.2% (w/v) PEG 4000 0.4 M MgCl2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.210.9184
シンクロトロンBESSY 14.120.9184
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→95.5 Å / Num. obs: 51802 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.315 / Net I/σ(I): 8.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bgd

4bgd


解像度: 4.2→95.5 Å / SU ML: 0.74 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3349 2666 5.15 %
Rwork0.307 --
obs0.3085 51754 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 184.21 Å2 / Biso mean: 157.9082 Å2 / Biso min: 136.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.2→95.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33653 0 0 0 33653
残基数----4196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00334379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75746599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1212777
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A21660X-RAY DIFFRACTION6.572TORSIONAL
12C21660X-RAY DIFFRACTION6.572TORSIONAL
21B2896X-RAY DIFFRACTION6.572TORSIONAL
22D2896X-RAY DIFFRACTION6.572TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.2-4.27640.43351400.380625352675100
4.2764-4.35860.38181330.386525812714100
4.3586-4.44760.40031460.376725372683100
4.4476-4.54430.39031350.358125372672100
4.5443-4.650.38961170.360825652682100
4.65-4.76630.39411540.354125632717100
4.7663-4.89510.40071510.35725412692100
4.8951-5.03920.36271450.349725662711100
5.0392-5.20180.3811250.349225672692100
5.2018-5.38770.37441440.357125532697100
5.3877-5.60340.35391280.347525972725100
5.6034-5.85840.34861390.343725712710100
5.8584-6.16720.40731300.344926132743100
6.1672-6.55350.37861480.337625562704100
6.5535-7.05940.35671460.312126042750100
7.0594-7.76950.28671270.296526222749100
7.7695-8.8930.2881440.254226312775100
8.893-11.20150.22571640.215526192783100
11.2015-95.53970.31821500.25732730288098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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