PDB-5m45: Structure of Acetone Carboxylase purified from Xanthobacter autot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m45

タイトル

Structure of Acetone Carboxylase purified from Xanthobacter autotrophicus

要素

(Acetone carboxylase ...) x 3

キーワード

LIGASE / carboxylation

機能・相同性

機能・相同性情報

acetone carboxylase / acetone carboxylase activity / cellular detoxification of acetone / 5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing) activity / glutathione metabolic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthobacter autotrophicus Py2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Wells, J.N. / Nwaobi, B.C. / Eilers, B.J. / Peters, J.W. / Murray, J.W.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation.
著者: Mus, F. / Eilers, B.J. / Alleman, A.B. / Kabasakal, B.V. / Wells, J.N. / Murray, J.W. / Nocek, B.P. / DuBois, J.L. / Peters, J.W.

履歴

登録	2016年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m45.cif.gz	2.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m45.ent.gz	2.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5svbC 5svcSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5svc-d 6mus-d 6231 6o5b-d 6o7i-d 5avm-d 6yej-d 3ith-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetone carboxylase alpha subunit

B: Acetone carboxylase beta subunit

C: Acetone carboxylase gamma subunit

D: Acetone carboxylase alpha subunit

E: Acetone carboxylase beta subunit

F: Acetone carboxylase gamma subunit

G: Acetone carboxylase alpha subunit

H: Acetone carboxylase beta subunit

I: Acetone carboxylase gamma subunit

J: Acetone carboxylase alpha subunit

K: Acetone carboxylase beta subunit

L: Acetone carboxylase gamma subunit

ヘテロ分子

744 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetone carboxylase alpha subunit

B: Acetone carboxylase beta subunit

C: Acetone carboxylase gamma subunit

D: Acetone carboxylase alpha subunit

E: Acetone carboxylase beta subunit

F: Acetone carboxylase gamma subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
372 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Acetone carboxylase alpha subunit

H: Acetone carboxylase beta subunit

I: Acetone carboxylase gamma subunit

J: Acetone carboxylase alpha subunit

K: Acetone carboxylase beta subunit

L: Acetone carboxylase gamma subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
372 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.915, 139.733, 165.827
Angle α, β, γ (deg.)	65.89, 86.54, 88.69
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	15 - 776	15 - 776
2	1	ARG	ARG	GLU	GLU	D	D	15 - 776	15 - 776
1	2	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	15 - 776	15 - 776
2	2	ARG	ARG	GLU	GLU	G	G	15 - 776	15 - 776
1	3	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	15 - 776	15 - 776
2	3	ARG	ARG	GLU	GLU	J	J	15 - 776	15 - 776
1	4	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	9 - 717	9 - 717
2	4	ARG	ARG	VAL	VAL	E	E	9 - 717	9 - 717
1	5	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	9 - 717	9 - 717
2	5	ARG	ARG	VAL	VAL	H	H	9 - 717	9 - 717
1	6	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	9 - 717	9 - 717
2	6	ARG	ARG	VAL	VAL	K	K	9 - 717	9 - 717
1	7	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	2 - 166	2 - 166
2	7	ALA	ALA	ALA	ALA	F	F	2 - 166	2 - 166
1	8	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	2 - 166	2 - 166
2	8	ALA	ALA	ALA	ALA	I	I	2 - 166	2 - 166
1	9	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	2 - 166	2 - 166
2	9	ALA	ALA	ALA	ALA	L	L	2 - 166	2 - 166
1	10	ARG	ARG	GLU	GLU	D	D	15 - 776	15 - 776
2	10	ARG	ARG	GLU	GLU	G	G	15 - 776	15 - 776
1	11	ARG	ARG	GLU	GLU	D	D	15 - 776	15 - 776
2	11	ARG	ARG	GLU	GLU	J	J	15 - 776	15 - 776
1	12	ARG	ARG	VAL	VAL	E	E	9 - 717	9 - 717
2	12	ARG	ARG	VAL	VAL	H	H	9 - 717	9 - 717
1	13	ARG	ARG	VAL	VAL	E	E	9 - 717	9 - 717
2	13	ARG	ARG	VAL	VAL	K	K	9 - 717	9 - 717
1	14	ALA	ALA	ALA	ALA	F	F	2 - 166	2 - 166
2	14	ALA	ALA	ALA	ALA	I	I	2 - 166	2 - 166
1	15	ALA	ALA	ALA	ALA	F	F	2 - 166	2 - 166
2	15	ALA	ALA	ALA	ALA	L	L	2 - 166	2 - 166
1	16	ARG	ARG	GLU	GLU	G	G	15 - 776	15 - 776
2	16	ARG	ARG	GLU	GLU	J	J	15 - 776	15 - 776
1	17	ARG	ARG	VAL	VAL	H	H	9 - 717	9 - 717
2	17	ARG	ARG	VAL	VAL	K	K	9 - 717	9 - 717
1	18	ALA	ALA	ALA	ALA	I	I	2 - 166	2 - 166
2	18	ALA	ALA	ALA	ALA	L	L	2 - 166	2 - 166

NCSアンサンブル:

-
Acetone carboxylase ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質	Acetone carboxylase alpha subunit 分子量: 86512.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Xanthobacter autotrophicus Py2 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8RM03, acetone carboxylase
#2: タンパク質	Acetone carboxylase beta subunit 分子量: 78589.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Xanthobacter autotrophicus Py2 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8RM04, acetone carboxylase
#3: タンパク質	Acetone carboxylase gamma subunit 分子量: 19849.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Xanthobacter autotrophicus Py2 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8RM02, acetone carboxylase

-
非ポリマー , 7種, 4563分子

#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-AE4 / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECAN-1-OL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘプタデカン-1-オ-ル分子量: 266.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#7: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#9: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 300 mM Calcium acetate, 30% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92821 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92821 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→126.06 Å / Num. obs: 1990913 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/av σ(I): 4.4 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC_1/2: 0.528 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5SVC

5svc

解像度: 1.87→126.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 7.704 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21694	27977	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19169	-	-	-
obs	0.19291	544134	97.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0.08 Å²	0.17 Å²
2-	-	-0.2 Å²	-0.29 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.87→126.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	51312	0	244	4511	56067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	52780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	49176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.588	1.949	71560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.01	3	113096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.144	5	6532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.589	23.43	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.768	15	8588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.554	15	412
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	7608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	60128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	12392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.61	1.132	26176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.61	1.132	26175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.027	1.694	32684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.027	1.694	32685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.992	1.256	26604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.992	1.256	26605
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.622	1.834	38877
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.951	13.804	58007
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.947	13.79	57982
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	50422	0.04
1	2	D	50422	0.04
2	1	A	50518	0.04
2	2	G	50518	0.04
3	1	A	50648	0.03
3	2	J	50648	0.03
4	1	B	44472	0.05
4	2	E	44472	0.05
5	1	B	44214	0.06
5	2	H	44214	0.06
6	1	B	44418	0.05
6	2	K	44418	0.05
7	1	C	10544	0.04
7	2	F	10544	0.04
8	1	C	10496	0.06
8	2	I	10496	0.06
9	1	C	10546	0.04
9	2	L	10546	0.04
10	1	D	50564	0.04
10	2	G	50564	0.04
11	1	D	50532	0.04
11	2	J	50532	0.04
12	1	E	44384	0.05
12	2	H	44384	0.05
13	1	E	44374	0.05
13	2	K	44374	0.05
14	1	F	10484	0.05
14	2	I	10484	0.05
15	1	F	10500	0.05
15	2	L	10500	0.05
16	1	G	50526	0.04
16	2	J	50526	0.04
17	1	H	44194	0.06
17	2	K	44194	0.06
18	1	I	10504	0.05
18	2	L	10504	0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	2084	-
R_work	0.339	39628	-
obs	-	-	95.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0497	0.9341	-0.2018	2.0836	-0.1311	0.6571	-0.0227	-0.0324	-0.0986	0.0763	-0.0138	-0.3462	0.049	0.1777	0.0365	0.0613	0.0393	-0.0408	0.1014	0.0033	0.0778	-19.883	-78.871	63.552
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57	X-RAY DIFFRACTION	57	I	31 - 44
58	X-RAY DIFFRACTION	58	I	45 - 82
59	X-RAY DIFFRACTION	59	I	83 - 118
60	X-RAY DIFFRACTION	60	I	119 - 149
61	X-RAY DIFFRACTION	61	I	150 - 166
62	X-RAY DIFFRACTION	62	J	15 - 53
63	X-RAY DIFFRACTION	63	J	54 - 282
64	X-RAY DIFFRACTION	64	J	283 - 621
65	X-RAY DIFFRACTION	65	J	622 - 724
66	X-RAY DIFFRACTION	66	J	725 - 776
67	X-RAY DIFFRACTION	67	K	9 - 254
68	X-RAY DIFFRACTION	68	K	255 - 300
69	X-RAY DIFFRACTION	69	K	301 - 413
70	X-RAY DIFFRACTION	70	K	414 - 459
71	X-RAY DIFFRACTION	71	K	460 - 642
72	X-RAY DIFFRACTION	72	K	643 - 717
73	X-RAY DIFFRACTION	73	L	2 - 17
74	X-RAY DIFFRACTION	74	L	18 - 63
75	X-RAY DIFFRACTION	75	L	64 - 74
76	X-RAY DIFFRACTION	76	L	75 - 91
77	X-RAY DIFFRACTION	77	L	92 - 118
78	X-RAY DIFFRACTION	78	L	119 - 149
79	X-RAY DIFFRACTION	79	L	150 - 166

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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