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- PDB-5m3x: Crystal structure of human angiotensin I-deleted angiotensinogen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3x
タイトルCrystal structure of human angiotensin I-deleted angiotensinogen
要素Angiotensinogen
キーワードSerine protease inhibitor / spent angiotensinogen / angiotensin I-deleted angiotensinogen
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / : / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger ...regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / : / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / renal system process / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of CoA-transferase activity / vasoconstriction / low-density lipoprotein particle remodeling / type 1 angiotensin receptor binding / response to angiotensin / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of gap junction assembly / blood vessel remodeling / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of endothelial cell migration / Peptide ligand-binding receptors / kidney development / positive regulation of cytokine production / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / PPARA activates gene expression / hormone activity / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of fibroblast proliferation / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / regulation of apoptotic process / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Yan, Y. / Read, R.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
British Heart FoundationPG/12/41/29679 英国
Wellcome Trust082961/Z/07/Z 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the specificity of renin-mediated angiotensinogen cleavage.
著者: Yan, Y. / Zhou, A. / Carrell, R.W. / Read, R.J.
履歴
登録2016年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensinogen
B: Angiotensinogen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7322
ポリマ－98,7322
非ポリマー00
水1267
1
A: Angiotensinogen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3661
ポリマ－49,3661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Angiotensinogen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3661
ポリマ－49,3661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.300, 41.040, 129.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.82, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Angiotensinogen / Serpin A8


分子量: 49366.176 Da / 分子数: 2 / 変異: N137Q, N271Q, N295Q, C232S, C308S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGT, SERPINA8 / プラスミド: pCEP4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01019
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.7M Ammonium Sulfate, 0.1M Citric Acid, pH3.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→43.44 Å / Num. obs: 26239 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.63→2.7 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.534 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WXW

2wxw


解像度: 2.63→43.44 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.74
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2823 1262 4.81 %random selection
Rwork0.242 ---
obs0.2439 26229 99.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→43.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5916 0 0 7 5923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5598224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6353585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039987
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6301-2.73540.37141420.30742774X-RAY DIFFRACTION99
2.7354-2.85980.34661390.29342711X-RAY DIFFRACTION100
2.8598-3.01060.29441330.28562770X-RAY DIFFRACTION100
3.0106-3.19910.32371290.27972776X-RAY DIFFRACTION100
3.1991-3.44610.31511500.25592747X-RAY DIFFRACTION100
3.4461-3.79270.32811340.27082669X-RAY DIFFRACTION96
3.7927-4.3410.25141380.21532786X-RAY DIFFRACTION100
4.341-5.46750.22711420.18772820X-RAY DIFFRACTION100
5.4675-43.44640.2541550.22632914X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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