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万見
- PDB-5m19: Crystal structure of PBP2a from MRSA in the presence of Oxacillin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m19
タイトルCrystal structure of PBP2a from MRSA in the presence of Oxacillin ligand
要素Penicillin-binding protein 2
キーワードPenicillin binding protein / Staphylococcus aureus
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / glycosyltransferase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily ...Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / beta-muramic acid / PBP2a family beta-lactam-resistant peptidoglycan transpeptidase MecA / MecA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Molina, R. / Batuecas, M.T. / Hermoso, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health1R01AI116548 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Conformational Dynamics in Penicillin-Binding Protein 2a of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus, Allosteric Communication Network and Enablement of Catalysis.
著者: Mahasenan, K.V. / Molina, R. / Bouley, R. / Batuecas, M.T. / Fisher, J.F. / Hermoso, J.A. / Chang, M. / Mobashery, S.
履歴
登録2016年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 2.02018年1月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22021年6月16日Group: Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_refine_tls_group ...chem_comp / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 2.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 2
B: Penicillin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,75010
ポリマ－146,5732
非ポリマー1,1778
水11,746652
1
A: Penicillin-binding protein 2
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 74 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9886
ポリマ－73,2871
非ポリマー7015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Penicillin-binding protein 2
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 73.8 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7634
ポリマ－73,2871
非ポリマー4763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.499, 102.190, 185.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 2 / Penicillin-binding protein 2 prime


分子量: 73286.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mecA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2D9B8
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 糖 ChemComp-MUR / beta-muramic acid / muramic acid


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 251.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO7
識別子タイププログラム
b-D-GlcpN3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
MurSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (vol/vol) PEG 550 monomethyl ether, 880 mM NaCl, 100mMHepes (pH 7.0 buffer), and 16mMCdCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.07 Å / Num. obs: 197867 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.94 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2420: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VQQ

1vqq


解像度: 2→46.42 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 28.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 3819 1.93 %
Rwork0.1904 --
obs0.1914 197867 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10216 0 40 652 10908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91414091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5116429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051817
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02530.33891380.26717207X-RAY DIFFRACTION100
2.0253-2.0520.3161440.25657169X-RAY DIFFRACTION99
2.052-2.08010.31291420.26247219X-RAY DIFFRACTION99
2.0801-2.10980.30931430.24517194X-RAY DIFFRACTION99
2.1098-2.14130.28151390.23487240X-RAY DIFFRACTION99
2.1413-2.17480.28451410.23917236X-RAY DIFFRACTION99
2.1748-2.21040.34511410.21847163X-RAY DIFFRACTION99
2.2104-2.24850.2661420.26267067X-RAY DIFFRACTION97
2.2485-2.28940.34371400.22837056X-RAY DIFFRACTION98
2.2894-2.33340.27581390.21387192X-RAY DIFFRACTION99
2.3334-2.38110.24941440.20617193X-RAY DIFFRACTION98
2.3811-2.43280.27891460.20417161X-RAY DIFFRACTION99
2.4328-2.48940.28881400.2057251X-RAY DIFFRACTION100
2.4894-2.55170.28921380.20497249X-RAY DIFFRACTION100
2.5517-2.62070.28241450.20037223X-RAY DIFFRACTION100
2.6207-2.69780.311450.20247220X-RAY DIFFRACTION100
2.6978-2.78480.30011410.21137174X-RAY DIFFRACTION99
2.7848-2.88440.30641470.2147254X-RAY DIFFRACTION100
2.8844-2.99980.27711430.20617175X-RAY DIFFRACTION99
2.9998-3.13630.26321420.20197104X-RAY DIFFRACTION98
3.1363-3.30160.25231410.19857223X-RAY DIFFRACTION99
3.3016-3.50840.2061430.18527242X-RAY DIFFRACTION99
3.5084-3.77920.20981430.16297165X-RAY DIFFRACTION99
3.7792-4.15930.23221340.15777087X-RAY DIFFRACTION98
4.1593-4.76060.17681380.14067190X-RAY DIFFRACTION99
4.7606-5.99590.21561420.17037228X-RAY DIFFRACTION99
5.9959-46.4330.20141380.17667166X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.4539 Å / Origin y: -13.3062 Å / Origin z: 45.2802 Å
111213212223313233
T0.2293 Å20.0264 Å2-0.0179 Å2-0.2157 Å2-0.0195 Å2--0.2498 Å2
L0.3549 °20.0419 °2-0.1398 °2-0.2779 °2-0.1083 °2--1.1829 °2
S-0.0037 Å °0.0099 Å °-0.0504 Å °-0.0099 Å °0.0172 Å °-0.0362 Å °0.1114 Å °0.0661 Å °-0.0156 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 27:668 OR RESID 701:705 OR RESID 801:1148 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 701:702 OR RESID 27:668 OR RESID 801:1104 OR RESID 703:703 ) )A27 - 668
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 27:668 OR RESID 701:705 OR RESID 801:1148 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 701:702 OR RESID 27:668 OR RESID 801:1104 OR RESID 703:703 ) )A701 - 705
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 27:668 OR RESID 701:705 OR RESID 801:1148 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 701:702 OR RESID 27:668 OR RESID 801:1104 OR RESID 703:703 ) )A801 - 1148
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 27:668 OR RESID 701:705 OR RESID 801:1148 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 701:702 OR RESID 27:668 OR RESID 801:1104 OR RESID 703:703 ) )B701 - 702
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 27:668 OR RESID 701:705 OR RESID 801:1148 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 701:702 OR RESID 27:668 OR RESID 801:1104 OR RESID 703:703 ) )B27 - 668
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 27:668 OR RESID 701:705 OR RESID 801:1148 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 701:702 OR RESID 27:668 OR RESID 801:1104 OR RESID 703:703 ) )B801 - 1104
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 27:668 OR RESID 701:705 OR RESID 801:1148 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 701:702 OR RESID 27:668 OR RESID 801:1104 OR RESID 703:703 ) )B703

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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