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- PDB-5m0y: Crystal Structure of the CohScaA-XDocCipB type II complex from Cl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m0y
タイトルCrystal Structure of the CohScaA-XDocCipB type II complex from Clostridium thermocellum at 1.5Angstrom resolution
要素
  • Cellulosome anchoring protein cohesin region
  • Ig domain protein group 2 domain protein
キーワードCELL ADHESION / cellulosome / plant cell wall degradation / protein-protein interaction / cohesin-dockerin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / : / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. ...Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / : / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Cellulosome anchoring protein cohesin region / Ig domain protein group 2 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pinheiro, B.A. / Bras, J.L. / Carvalho, A.L. / Fontes, C.M.G.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Diverse specificity of cellulosome attachment to the bacterial cell surface.
著者: Bras, J.L. / Pinheiro, B.A. / Cameron, K. / Cuskin, F. / Viegas, A. / Najmudin, S. / Bule, P. / Pires, V.M. / Romao, M.J. / Bayer, E.A. / Spencer, H.L. / Smith, S. / Gilbert, H.J. / Alves, V. ...著者: Bras, J.L. / Pinheiro, B.A. / Cameron, K. / Cuskin, F. / Viegas, A. / Najmudin, S. / Bule, P. / Pires, V.M. / Romao, M.J. / Bayer, E.A. / Spencer, H.L. / Smith, S. / Gilbert, H.J. / Alves, V.D. / Carvalho, A.L. / Fontes, C.M.
履歴
登録2016年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ig domain protein group 2 domain protein
A: Cellulosome anchoring protein cohesin region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,82614
ポリマ－38,7532
非ポリマー1,07312
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.408, 63.741, 141.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Ig domain protein group 2 domain protein


分子量: 18245.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FIRST 6 RESIDUES ARE NOT OBSERVED IN ELECTRON DENSITY
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: Cthe_1806 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DGE8
#2: タンパク質 Cellulosome anchoring protein cohesin region


分子量: 20507.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 6 residues from the N-terminal and 6 from the C-terminal are not observed in the electron density
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: Cthe_1307 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DF10

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非ポリマー , 7種, 195分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M REMARK 280 ACETATE PH4.5 30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→70.6 Å / Num. obs: 278906 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bm3

2bm3


解像度: 1.5→47.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.307 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20323 3188 5 %RANDOM
Rwork0.19054 ---
obs0.19117 63360 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2569 0 66 183 2818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022711
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9853652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84836072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8935341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39225.462119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.21115470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.321511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9392.1971340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9382.1961339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5963.291677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5963.291678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1932.4631371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1932.4631371
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9993.5611972
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.5926.0172904
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.58926.0352905
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 241 -
Rwork0.267 4365 -
obs--99.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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