PDB-5m0t: Alpha-ketoglutarate-dependent non-heme iron oxygenase EasH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m0t

タイトル

Alpha-ketoglutarate-dependent non-heme iron oxygenase EasH

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent non-heme iron oxygenase EasH

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cycloclavine biosynthesis / EasH / Alpha-ketoglutarate-dependent non-heme iron oxygenase / ergot alkaloids

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus japonicus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Jakubczyk, D. / Caputi, L. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / O'Connor, S.E.

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of EasH (Aspergillus japonicus) - an oxidase involved in cycloclavine biosynthesis.
著者: Jakubczyk, D. / Caputi, L. / Stevenson, C.E. / Lawson, D.M. / O'Connor, S.E.

履歴

登録	2016年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m0t.cif.gz	238 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m0t.ent.gz	192.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m0t_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m0t_full_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示
XML形式データ	5m0t_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	5m0t_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/5m0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/5m0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4naoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zrs-d 1tpu-d 1oab-d 6nxq-1 4y9a-2 7bi7-d 6nxr-1 5zg5-d 1qwj-2 3w9b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent non-heme iron oxygenase EasH

B: Alpha-ketoglutarate-dependent non-heme iron oxygenase EasH

ヘテロ分子

66 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.250, 100.170, 148.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 286 / Label seq-ID: 10 - 287

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent non-heme iron oxygenase EasH 分子量: 32587.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence is not currently in any publically accessible database 由来: (組換発現) Aspergillus japonicus (カビ) / プラスミド: pOPIN-J / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): SOLUBL21 / 参照: UniProt: A0A1L1QK38*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.58 % / 解説: NULL
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→47.47 Å / Num. obs: 31397 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.6 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.26	5.7	1.413	1.3	0.539	1	99.5
9.84-47.47	4.8	0.035		0.999	1	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.7	データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NAO

4nao

解像度: 2.2→47.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 17.557 / SU ML: 0.208 / SU R Cruickshank DPI: 0.3046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.213
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2443	1521	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2178	-	-	-
obs	0.2191	29876	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.17 Å² / B_iso mean: 50.114 Å² / B_iso min: 10.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→47.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4383	0	36	110	4529
B_iso mean	-	-	51.98	40.96	-
残基数	-	-	-	-	566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4566
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.378	1.965	6166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.942	3	9781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.218	5	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.595	24.07	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.794	15	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.102	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.567	1.447	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.565	1.447	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.396	2.164	2848

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18106 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	124	-
R_work	0.357	2173	-
all	-	2297	-
obs	-	-	99.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6842	-0.2809	-1.9408	3.5086	0.5073	4.1613	0.2846	-0.3885	0.4248	0.2112	0.2097	-0.086	-0.0668	0.3936	-0.4943	0.0437	-0.0378	-0.0004	0.3596	-0.1243	0.3472	50.303	2.9286	196.4416
2	0.4132	2.0139	0.0545	10.0485	0.2691	0.0235	-0.1253	0.0181	-0.0535	-0.7816	0.2682	-0.4209	0.0053	-0.003	-0.1429	0.4834	0.0313	0.0425	0.7689	-0.0511	0.9247	28.5484	10.015	185.3577
3	1.7073	0.4228	-2.1804	0.7455	-0.4246	4.779	0.3808	-0.0468	0.7779	0.0903	0.2856	-0.0092	-0.3692	0.1547	-0.6664	0.1284	-0.0317	0.0998	0.2796	-0.1247	0.6969	46.5441	10.125	186.6846
4	1.3041	0.1889	-1.2667	1.4847	-0.3853	3.377	0.207	-0.0453	0.5213	-0.0542	0.2358	0.1403	-0.0444	-0.037	-0.4428	0.061	-0.0009	0.0101	0.228	-0.0705	0.5295	44.0017	5.2991	184.6416
5	4.7124	0.0591	-1.0523	3.721	-1.1261	3.9159	0.2918	0.5286	0.16	-0.3389	-0.0705	-0.0301	0.0231	-0.5672	-0.2212	0.0501	0.0343	0.0021	0.5491	0.1367	0.3105	35.4615	-1.0453	144.5189
6	0.2512	0.2704	0.4981	0.3947	1.2057	5.4608	0.4046	0.1782	0.1407	0.221	0.2994	0.0532	-0.5373	0.9415	-0.704	1.0406	0.014	0.4039	0.5942	0.1678	1.0454	54.3886	14.026	152.5027
7	2.5942	-1.2302	1.3342	1.5576	0.1548	4.5973	0.285	0.3094	0.6306	-0.365	0.1091	-0.2823	-0.4607	0.0712	-0.3941	0.2683	0.0524	0.1792	0.4307	0.2118	0.7246	46.2999	13.4682	153.0848
8	1.4904	-0.258	-1.3828	0.8624	0.8003	3.7291	0.2132	0.2399	0.4698	0.0084	0.1052	-0.2303	-0.0609	-0.2442	-0.3184	0.0524	0.0154	0.0068	0.3119	0.1593	0.4599	43.6088	3.524	156.2398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	74 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	126 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	9 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	46 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	67 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	95 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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