PDB-5m08: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis PknI kinase domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m08

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis PknI kinase domain, C20A_R136A double mutant

要素

Serine/threonine-protein kinase PknI

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Tuberculosis / kinase / signalling

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of growth rate / peptidyl-threonine phosphorylation / manganese ion binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.03 Å

データ登録者

Lisa, M.N. / Wagner, T. / Alexandre, M. / Barilone, N. / Raynal, B. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of PknI from Mycobacterium tuberculosis shows an inactive, pseudokinase-like conformation.
著者: Lisa, M.N. / Wagner, T. / Alexandre, M. / Barilone, N. / Raynal, B. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.

履歴

登録	2016年10月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m08.cif.gz	201.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m08.ent.gz	162.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m08_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m08_full_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示
XML形式データ	5m08_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	5m08_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/5m08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/5m08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m06C 5m07SC 5m09C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oez-1 6eu7-6 4rfm-d 2yv2-d 4y95-2 6vre-1 2ypy-5 5m09-1 4egj-4 4foo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PknI

B: Serine/threonine-protein kinase PknI

59.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase PknI

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase PknI

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.310, 109.310, 184.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PknI 分子量: 29552.297 Da / 分子数: 2 / 変異: C20A,R136A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknI, Rv2914c, MTCY338.02c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WI69, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein kinase PknI

分子量: 29552.297 Da / 分子数: 2 / 変異: C20A,R136A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknI, Rv2914c, MTCY338.02c / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WI69, non-specific serine/threonine protein kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NaCl 4.3 M, 0.1 M Hepes-Na pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.03→48.88 Å / Num. obs: 22374 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 96.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 3.03→3.21 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.905 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5M07

5m07

解像度: 3.03→48.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9356 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9189 / SU R Cruickshank DPI: 0.394 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.394 / SU R_free Blow DPI: 0.255 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.258

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2085	1132	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1837	-	-	-
obs	0.1849	22374	99.85 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.4345 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-10.4345 Å²	0 Å²
3-	-	-	20.8691 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.374 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.03→48.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3710	0	0	22	3732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3798	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	5181	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1677	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		77	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		584	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3798	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.61
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.69
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		491	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4225	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.03→3.18 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2713	144	4.96 %
R_work	0.2712	2760	-
all	0.2712	2904	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4568	2.0718	-2.0927	4.7679	-0.5532	3.4101	-0.2042	0.3574	0.7253	-0.1255	0.1662	0.5703	-0.6201	-0.0927	0.038	-0.0004	-0.1448	-0.0218	-0.057	-0.0251	-0.1185	-50.4682	11.7377	-14.8123
2	3.8208	-0.9517	-2.3	4.5654	1.4074	4.8764	-0.2504	0.0475	-0.5091	0.1318	-0.1618	0.5678	0.5054	-0.0239	0.4122	-0.1802	-0.106	0.1871	-0.1823	-0.0548	-0.0829	-50.6272	-12.7611	-16.7938
3	2.3906	3.4469	-0.6601	5.9147	-3.3281	6.0358	-0.2325	0.2149	-0.5499	-0.3912	-0.2032	-0.8137	0.5955	0.5911	0.4357	-0.0993	-0.0893	0.0547	-0.1298	-0.0358	-0.1226	-19.1433	25.0971	-13.1122
4	4.2767	2.2546	1.1879	3.9782	1.8678	5.1363	0.0559	-0.4944	-0.0082	0.3882	-0.1797	0.1022	0.7374	-0.359	0.1238	-0.0004	-0.1539	0.029	-0.1381	-0.0418	-0.1866	-26.7415	25.2902	9.7175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|94 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|95 - A\|256 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|1 - B\|94 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|95 - B\|256 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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