PDB-5lyj: Tubulin-Combretastatin A4 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lyj

タイトル

Tubulin-Combretastatin A4 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE- INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.397 Å

データ登録者

Gaspari, R. / Prota, A.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Chem / 年: 2017
タイトル: Structural basis of cis- and trans-combretastatin binding to tubulin
著者: Gaspari, R. / Prota, A.E. / Bargsten, K. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2016年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lyj.cif.gz	906.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lyj.ent.gz	745.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lyj_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lyj_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	5lyj_validation.xml.gz	78.5 KB	表示
CIF形式データ	5lyj_validation.cif.gz	104.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/5lyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/5lyj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4i4tS 4o2b S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5osk-d 5m8d-d 4tv8-d 5xi5-d 5xkg-d 4i4t-d 6agk-d 6o5n-d 5yz3-d 6k9v-d 5yls-d 4yj2-d 6brf-d 5jvd-d 6lsm-d 5kx5-d 5xi7-d 5ylj-d 6pc4-d 5xkf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (27) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (27)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.592, 157.170, 180.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 165分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-7BA / Combretastatin A4 / コンブレタスタチンA-4 分子量: 316.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀O₅
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 6% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.397→49.432 Å / Num. obs: 224177 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.397→2.56 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 2.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC_1/2: 0.456 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.397→49.432 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 25.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	11205	5 %
R_work	0.1911	-	-
obs	0.1924	224177	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.397→49.432 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17282	0	224	147	17653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	17898
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	24262
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.544	10703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	2640
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3971-2.4243	0.3825	334	0.3701	6430	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4243-2.4528	0.3738	373	0.3431	7046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4528-2.4828	0.3311	379	0.3432	7156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4828-2.5142	0.3748	375	0.337	7104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5142-2.5473	0.3481	372	0.3334	7108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5473-2.5822	0.3271	379	0.3146	7112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5822-2.619	0.368	375	0.312	7143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.619-2.6581	0.3449	372	0.3135	7108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6581-2.6997	0.3206	370	0.3088	7108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6997-2.7439	0.3021	375	0.2841	7135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7439-2.7912	0.3264	373	0.2869	7078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7912-2.842	0.2936	374	0.278	7149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.842-2.8966	0.3014	375	0.2617	7143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8966-2.9558	0.2627	375	0.2496	7076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9558-3.02	0.2516	369	0.2256	7143	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.0903	0.2416	380	0.2219	7146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0903-3.1675	0.2628	378	0.2234	7119	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1675-3.2532	0.2615	379	0.2221	7155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2532-3.3489	0.2224	368	0.2026	7138	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3489-3.4569	0.2327	369	0.1938	7094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4569-3.5804	0.2068	379	0.1877	7145	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5804-3.7238	0.2051	380	0.1784	7141	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7238-3.8932	0.2159	379	0.1691	7096	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8932-4.0983	0.1976	376	0.1583	7118	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0983-4.355	0.1755	368	0.1503	7182	X-RAY DIFFRACTION	100
4.355-4.691	0.16	376	0.1328	7084	X-RAY DIFFRACTION	100
4.691-5.1626	0.1675	369	0.1418	7137	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1626-5.9086	0.2028	369	0.1657	7136	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9086-7.4401	0.1801	383	0.1717	7143	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4401-49.4428	0.1564	382	0.1469	7099	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4653	-0.4687	-0.2957	4.276	1.1598	2.7383	-0.0851	0.2196	0.1446	-0.5254	0.4399	-0.6358	-0.637	0.562	-0.3282	0.6557	-0.1531	0.1175	0.6736	-0.218	0.6129	31.7885	87.8634	51.9208
2	1.2714	-0.0422	-0.2964	4.0619	1.2532	3.8138	0.0717	-0.0131	0.0603	0.495	0.0709	0.2212	-0.1452	-0.0193	-0.143	0.4887	0.0275	0.0612	0.4781	-0.1249	0.5375	19.2879	81.9296	65.9667
3	1.0198	-0.4666	-0.0542	4.0432	1.6108	2.6943	-0.0599	-0.2781	0.098	0.9436	0.1358	0.2702	0.0102	0.0688	-0.057	0.6948	0.0072	0.1219	0.5896	-0.1372	0.5497	19.0812	82.7485	73.5023
4	1.1747	0.6608	0.1511	2.8122	1.7546	4.8297	-0.042	-0.1376	-0.2143	0.6981	0.4607	-0.533	0.5981	1.1082	-0.4094	0.5737	0.1885	-0.1276	0.6432	-0.2107	0.6242	32.8055	61.3901	60.579
5	2.3046	-0.1611	-0.3725	2.483	-0.1929	2.3571	0.1107	-0.0813	-0.3274	0.4893	-0.0712	0.1314	0.4611	-0.0677	-0.2256	0.6425	-0.0526	0.0777	0.5998	-0.1404	0.5997	22.2923	74.4691	62.7635
6	3.9322	-1.5898	-0.6746	3.822	-0.0286	3.8132	0.2678	0.2768	0.8252	-0.4617	-0.2186	0.0769	-1.0089	-0.316	-0.0637	0.6791	0.0674	0.0494	0.4811	-0.0067	0.6722	16.0727	69.6324	19.1718
7	2.2905	-0.9235	-0.6361	3.3351	-0.033	2.0358	0.2747	0.3811	0.1754	-0.4489	-0.1034	-0.2855	-0.4518	0.2309	-0.1549	0.4996	-0.0311	0.0702	0.5656	-0.0798	0.4945	29.1795	56.0157	14.5878
8	2.1197	0.1819	-0.5321	3.1683	1.0426	2.9354	0.0875	-0.2419	0.2908	0.0209	0.0384	-0.1995	-0.2538	0.2178	-0.1028	0.3393	0.0248	0.0254	0.4456	-0.1228	0.4739	24.4326	52.8747	26.0748
9	5.3527	0.0191	-0.4505	3.0233	-0.9462	3.0273	0.0142	-0.7144	-0.0518	0.0302	-0.099	0.7737	0.2688	-1.099	0.1331	0.4703	0.0153	0.0493	0.742	-0.2295	0.6524	5.4283	50.4497	28.2537
10	1.6281	-0.4645	-0.9871	1.4389	1.1268	3.9067	0.1062	-0.1354	0.481	0.0154	-0.0854	0.1948	-0.2895	-0.3581	-0.0362	0.4503	0.0214	0.039	0.4367	-0.1359	0.6075	10.2007	61.614	35.6304
11	2.6641	-0.4542	0.6773	1.6798	-0.2432	2.7936	-0.0336	-0.1958	0.2249	0.3227	-0.005	0.328	-0.1653	-0.6272	-0.0108	0.5152	0.0658	0.1286	0.6925	-0.1729	0.6762	6.246	60.2565	44.6268
12	0.744	-1.4653	-0.4351	2.8164	2.1663	2.0842	-0.2221	-0.1329	-0.0737	0.6348	0.0278	0.6742	0.4048	-0.2244	0.2639	0.4213	-0.0135	0.0978	0.5217	-0.0647	0.493	15.5183	41.762	34.0399
13	1.9873	0.1041	-0.1558	4.3556	1.9653	6.2474	-0.1176	-0.3981	-0.2078	0.8149	0.1357	-0.2643	0.8102	0.9855	-0.0568	0.4219	0.0233	-0.099	0.4392	-0.0294	0.4539	25.739	37.6712	30.9043
14	1.4431	-0.7234	-0.0149	3.377	0.0833	1.7282	-0.034	0.2231	0.1441	-0.3352	0.0611	-0.0752	-0.146	0.1503	-0.0149	0.3657	-0.0783	0.03	0.4768	-0.0259	0.3972	20.14	32.8606	-12.0457
15	1.1397	-0.7232	0.1621	1.694	0.8861	1.7248	-0.0674	-0.067	-0.0194	0.1111	-0.0246	0.2266	0.084	-0.2842	0.1019	0.3139	-0.0802	0.0427	0.3619	-0.0402	0.4194	7.8818	25.6871	3.1113
16	3.7552	-0.5871	0.0302	2.6569	-0.4903	2.3175	-0.1376	1.048	0.0696	-1.0432	0.3342	0.0613	0.1577	-0.1135	-0.1443	0.9199	-0.2963	0.0017	1.1559	-0.0201	0.5541	17.3944	9.2543	-44.3759
17	1.9697	0.1838	-0.1737	2.5769	0.4399	2.6595	-0.2498	0.7932	-0.3633	-0.7104	0.3496	-0.1735	0.4748	0.0506	-0.1187	0.8313	-0.1408	0.0563	0.8076	-0.2117	0.5544	20.5254	-2.5447	-33.8679
18	2.0382	0.6702	-0.3664	3.1691	-0.1276	3.2154	-0.2247	0.5566	-0.4078	-0.2457	0.356	0.1946	0.4458	-0.3097	-0.1409	0.5474	-0.1432	0.0121	0.5918	-0.1221	0.4834	9.1311	-4.3047	-21.4908
19	3.6486	-0.4017	-1.5727	1.939	-0.2882	2.4481	-0.2469	0.1314	-0.6563	0.0942	0.2682	-0.4308	0.9591	0.6829	-0.1331	1.0153	0.0254	0.0443	0.7756	-0.2943	0.9136	30.7048	-16.5402	-24.1495
20	2.5876	-1.541	0.0566	4.185	0.7612	0.6673	0.0701	-0.2794	0.0478	1.4286	0.0724	-0.7977	-0.0094	0.5361	-0.1685	1.1952	-0.1628	-0.0367	0.8662	-0.1976	0.7254	27.7058	92.2208	82.1112
21	0.4972	-0.1386	-0.3467	1.511	1.59	2.5145	-0.1259	-0.0033	-0.0243	0.2916	0.7492	-0.6061	0.5344	1.0483	-0.4586	0.4978	0.0768	0.0399	0.8259	-0.271	0.7996	43.1758	27.6952	4.1708
22	2.4877	0.7173	-2.0245	3.4848	-0.1368	2.945	-0.406	0.7099	-0.8709	-0.445	0.2264	-0.1614	1.7559	-0.4435	0.1581	1.3349	-0.1925	0.2029	0.8754	-0.208	0.8009	6.2445	54.2374	69.8089
23	2.6194	-0.0524	-0.2209	2.0655	-0.5608	2.4852	0.0297	-1.037	-0.5298	0.3388	-0.3272	-0.6304	0.7096	1.4506	0.2612	1.1513	0.2423	-0.0645	1.4568	0.2134	0.9702	14.9015	57.5501	105.478
24	4.4355	0.6175	-3.4862	1.3002	-0.2555	5.05	-0.6164	-0.1038	-0.9657	0.2021	0.2842	0.0126	1.3765	-0.0668	0.2564	1.0592	0.0322	0.1305	0.5343	0.0452	0.7298	-2.1361	54.6689	92.8096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 437 through 439)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 88)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 127)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 128 through 197)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 198 through 223)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 224 through 295)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 296 through 373)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 374 through 401)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 402 through 438)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1 through 197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 198 through 440)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 2 through 88)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 89 through 295)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 296 through 401)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 402 through 441)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 6 through 46)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 47 through 143)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 1 through 66)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 67 through 198)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 199 through 381)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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