PDB-5lxs: Tubulin-KS-1-199-32 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lxs

タイトル

Tubulin-KS-1-199-32 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE / DISCODERMOLIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Steinmetz, M.O.

資金援助

スイス,

スペイン,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	310030B_138659 and 31003A_166608	スイス
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BIO2013-42984-R and S2010/BMD-2457 BIPEDD2	スペイン
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA077263	米国
Breast Cancer Research Foundation		米国

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Microtubule Stabilization by Discodermolide.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Redondo-Horcajo, M. / Smith, A.B. / Yang, C.H. / McDaid, H.M. / Paterson, I. / Horwitz, S.B. / Fernando Diaz, J. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2016年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lxs.cif.gz	941.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lxs.ent.gz	769.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lxs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lxs_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lxs_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	5lxs_validation.xml.gz	87.7 KB	表示
CIF形式データ	5lxs_validation.cif.gz	121.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lxs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtC 4i4tS 4i50 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mf4-d 7daf-d 6y4n-d 5xkf-d 5xaf-d 5xkg-d 6nng-d 6lsm-d 6bs2-d 4zol-d 6kpp-d 7jfr-d 6s9e-d 5yl2-d 5yz3-d 5h74-d 6k9v-d 5ylj-d 5m8g-d 6qtn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.580, 157.800, 179.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 928分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-7AO / [(3~{Z},5~{S},6~{S},7~{S},8~{R},9~{S},11~{Z},13~{S},14~{S},15~{S},16~{Z},18~{S})-19-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-3,5-dimethyl-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-oxan-2-yl]-5,7,9,11,13,15-hexamethyl-8,14,18-tris(oxidanyl)nonadeca-1,3,11,16-tetraen-6-yl] ~{N}-[3-[(3-azidophenyl)carbonylamino]propyl]carbamate 分子量: 796.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₆₅N₅O₉
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0-3% PEG, 1-6% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole PH範囲: 6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→72.226 Å / Num. obs: 150705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.229 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 4.116 / CC_1/2: 0.309 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2875: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.2→72.226 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	7568	5.02 %
R_work	0.1865	-	-
obs	0.1885	150703	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→72.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17429	0	286	911	18626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	18370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.615	24986
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.582	11078
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2721
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3239

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3829	237	0.3582	4764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.225-2.2511	0.3658	243	0.3324	4708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2511-2.2786	0.3531	253	0.3222	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2786-2.3074	0.3459	255	0.3145	4703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3074-2.3378	0.3442	248	0.2972	4726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3378-2.3698	0.331	229	0.297	4744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3698-2.4037	0.3189	274	0.2795	4694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4037-2.4396	0.331	260	0.2781	4745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4396-2.4777	0.3198	240	0.2723	4690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4777-2.5183	0.3118	241	0.2608	4752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5183-2.5617	0.2795	267	0.2379	4769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5617-2.6083	0.2938	234	0.2335	4707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6083-2.6585	0.2809	244	0.2307	4754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6585-2.7128	0.284	228	0.2276	4761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7128-2.7717	0.285	266	0.2183	4737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7717-2.8362	0.2818	259	0.2144	4749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8362-2.9072	0.25	245	0.2062	4762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9072-2.9858	0.2573	247	0.205	4756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9858-3.0736	0.2419	229	0.196	4772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0736-3.1728	0.2347	282	0.1894	4745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1728-3.2862	0.2383	246	0.1835	4753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2862-3.4178	0.2374	246	0.1723	4774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4178-3.5733	0.183	286	0.1667	4777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5733-3.7617	0.1894	264	0.1535	4769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7617-3.9974	0.1833	214	0.1419	4835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9974-4.306	0.1678	258	0.1324	4819	X-RAY DIFFRACTION	100
4.306-4.7393	0.1463	280	0.1182	4824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7393-5.4248	0.1735	279	0.1357	4826	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4248-6.8339	0.2144	243	0.1666	4901	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8339-72.2652	0.2047	271	0.1632	5083	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2298	-0.2281	-0.3797	3.3589	0.9191	2.0316	0.1104	0.0234	0.2128	-0.2108	0.0791	-0.167	-0.5492	0.1688	-0.1645	0.4131	-0.0378	0.0705	0.3218	-0.1004	0.3125	32.1495	88.118	51.5355
2	1.7354	-0.1682	-0.3751	2.701	0.534	2.695	0.1515	-0.031	0.1832	0.2561	-0.0681	0.1529	-0.2698	-0.0551	-0.0587	0.3476	0.0079	0.0452	0.2687	-0.0853	0.2888	20.1327	82.0704	65.3269
3	0.8073	0.0878	0.0359	3.5712	1.1901	3.0563	0.0377	-0.1471	0.1937	0.7378	-0.0148	0.2572	-0.2609	-0.0809	-0.0488	0.3771	-0.0366	0.1289	0.3516	-0.0944	0.3579	19.0886	83.4658	73.0513
4	2.5266	-0.2825	-0.2217	4.7459	3.7036	5.1106	0.0559	-0.1376	-0.0988	0.5035	0.1328	-0.2132	0.5099	0.4529	-0.1294	0.306	0.0779	-0.0247	0.2491	-0.0717	0.3571	32.7149	61.8777	60.8988
5	5.199	-1.65	-0.8775	6.6853	0.9912	3.6604	0.1575	0.421	0.6799	-0.4691	-0.1489	0.2351	-0.8586	-0.3395	0.0427	0.399	0.0663	-0.0111	0.3232	0.0095	0.3499	15.9311	69.8355	18.9202
6	2.4422	-0.6817	-1.1974	7.7969	-1.0222	3.9747	0.1501	0.3151	0.0769	-0.5545	-0.0748	-0.3453	-0.2847	0.1259	-0.0762	0.2443	-0.0198	0.0444	0.371	-0.0736	0.2485	29.0881	56.1177	14.2596
7	2.8874	1.4788	0.4978	6.3678	1.5844	3.4471	-0.0359	-0.0874	0.1257	0.0501	-0.0793	0.1071	-0.1764	-0.0073	0.0975	0.2184	0.0241	0.0238	0.2931	-0.0709	0.2408	24.5478	53.0088	25.9888
8	2.9261	-0.7298	3.4076	1.2978	-0.5737	4.2983	-0.3533	-0.3986	-0.5805	-0.1249	0.0836	0.5583	0.3276	-0.8868	0.3378	0.3796	-0.0652	0.0822	0.576	-0.2546	0.5446	5.2641	50.9551	28.258
9	2.9045	-1.129	-0.0166	1.5124	0.5749	2.0046	-0.0877	-0.0374	0.0389	-0.1292	-0.0503	0.2316	-0.3158	-0.4959	0.1195	0.3067	0.0544	0.0047	0.4084	-0.1332	0.3745	8.7947	61.757	35.0704
10	4.1821	-2.0955	1.9754	2.852	-1.6577	4.4448	-0.2567	-0.2797	0.0184	0.3145	-0.0041	0.2662	-0.3029	-1.1567	0.1954	0.3681	0.027	0.0069	0.6483	-0.2091	0.4428	6.4924	60.6501	44.4446
11	2.0567	-2.2461	-0.8604	3.0461	2.5425	3.8016	-0.0331	-0.0303	-0.1333	0.5337	-0.1399	0.3555	0.6175	-0.2973	0.2145	0.3484	-0.0675	0.0809	0.2987	-0.0579	0.2902	15.6191	41.9902	34.0529
12	1.4392	-0.9393	-1.1778	3.781	4.3471	9.1483	0.0134	-0.2615	-0.2014	0.818	0.1057	-0.2481	0.8946	0.5413	-0.1496	0.4203	-0.0325	-0.0661	0.3187	0.0004	0.3025	25.8719	37.8903	30.8291
13	1.3208	-0.4025	0.0166	2.9679	0.3284	1.596	-0.0004	0.1292	0.1288	-0.2117	0.0876	0.0131	-0.249	0.1427	-0.0698	0.2471	-0.0727	0.0275	0.2909	-0.0425	0.2498	20.1804	32.8435	-12.0279
14	0.7955	-0.3329	0.1327	1.3654	0.8914	1.5922	-0.0084	-0.0282	0.0689	0.1207	-0.0689	0.1338	-0.007	-0.2015	0.0701	0.2211	-0.0437	0.0389	0.2632	-0.0423	0.2687	7.6948	25.9665	3.1723
15	4.1653	-2.0219	-0.4711	5.7294	1.5135	3.6083	-0.0508	0.7497	0.1201	-0.7371	0.177	0.1308	-0.1742	-0.0406	-0.1084	0.3608	-0.1466	-0.0133	0.5896	0.003	0.2307	17.0089	9.516	-44.4601
16	1.2945	0.0543	-0.2368	1.5941	0.1432	2.0009	-0.0843	0.3672	-0.1472	-0.2397	0.1713	-0.0761	0.1835	0.0647	-0.0762	0.3009	-0.0367	-0.0035	0.4242	-0.1174	0.2673	19.3399	-2.5067	-33.8836
17	1.7747	-0.1911	-0.3973	1.9397	0.5676	2.574	-0.1424	0.2726	-0.1546	0.0889	0.1319	0.1006	0.2286	-0.1451	0.0514	0.2801	-0.0598	-0.0115	0.3071	-0.062	0.2593	8.9419	-4.1009	-21.4204
18	3.2579	-1.2423	-2.8573	2.9382	0.9077	4.4296	-0.3814	-0.1046	-0.6958	0.1391	0.1246	-0.1858	0.9007	0.6447	0.038	0.4096	0.1065	-0.0396	0.4832	-0.2262	0.5424	30.267	-16.5232	-24.5318
19	3.7269	-3.8771	-0.5246	5.1869	1.2705	0.5529	-0.2113	-0.3309	0.371	1.0911	0.4445	-0.5709	0.1984	0.4835	-0.1947	0.911	-0.1161	-0.0271	0.5931	-0.2223	0.5687	27.641	93.3245	81.2946
20	0.0612	-0.1656	-0.1967	2.4665	2.5718	3.0269	0.0408	0.085	-0.0622	0.1649	0.4695	-0.558	0.2816	0.5789	-0.6149	0.3194	0.0222	0.0192	0.6044	-0.2425	0.5446	42.9951	27.6872	3.7401
21	1.4627	2.0239	0.245	3.7742	0.6453	0.3564	-0.645	0.6648	-0.7053	-0.4864	0.0874	-0.3464	1.4909	-0.291	-0.0684	1.0954	-0.2399	0.1894	0.5254	-0.2124	0.4943	6.7396	54.578	69.5301
22	2.1001	0.5642	0.3436	3.0976	-0.3378	1.8989	0.0987	-0.8637	-0.461	0.5528	-0.4942	-0.9551	0.4406	1.4826	0.3032	0.6447	0.1659	-0.0813	1.0805	0.2228	0.6593	15.4614	58.325	105.3295
23	1.9699	0.6981	-1.741	1.2285	-0.0583	1.908	-0.383	0.0777	-0.5276	0.0372	0.1818	-0.019	0.8812	-0.0683	0.0185	0.6921	0.0063	0.0806	0.2845	0.0212	0.4605	-1.0144	54.217	93.2563

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 437)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 127)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 223)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 295)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 296 through 373)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 374 through 401)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 438)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 197)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 198 through 440)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 88)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 89 through 295)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 296 through 401)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 402 through 441)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 6 through 46)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 47 through 143)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 66)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 67 through 198)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 199 through 381)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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