PDB-5lw2: Crystal structure of DARPin 5m3_D12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lw2

タイトル

Crystal structure of DARPin 5m3_D12

要素

DARPin_5m3_D12

キーワード

DE NOVO PROTEIN / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / rigid domain fusions

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Batyuk, A. / Wu, Y. / Plueckthun, A.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Rigidly connected multispecific artificial binders with adjustable geometries.
著者: Wu, Y. / Batyuk, A. / Honegger, A. / Brandl, F. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年9月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lw2.cif.gz	99.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lw2.ent.gz	77.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lw2_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lw2_full_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示
XML形式データ	5lw2_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	5lw2_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5le2C 5le3C 5le4C 5le6C 5le7C 5le8C 5le9C 5leaC 5lebC 5lecC 5ledC 5leeC 5lelC 5lemC 1svxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j8y-d 2xee-3 5kng-2 5kng-1 4ydw-2 4j7w-2 4ydw-1 2xee-1 4hll-d 6fpb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DARPin_5m3_D12

ヘテロ分子

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.130, 28.000, 52.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	DARPin_5m3_D12 分子量: 18135.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 1000 10% PEG 8000 10% Ca-acetate 0.2 M Tris(HOAc) 0.1 M pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.527 Å / Num. obs: 14009 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1054 / Net I/σ(I): 8.85
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.654 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC_1/2: 0.529 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SVX chain A

1svx

解像度: 1.75→46.527 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.38

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2608	699	5.01 %
R_work	0.2205	-	-
obs	0.2225	13948	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.527 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1163	0	8	93	1264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1186
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.452	1611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.598	699
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	190
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7501-1.8852	0.4389	138	0.3874	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8852-2.0749	0.3984	137	0.2949	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0749-2.3751	0.2948	140	0.2523	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.9923	0.2609	139	0.218	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9923-46.5435	0.2097	145	0.1822	2740	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6254	-1.2655	-1.7646	3.0224	1.0528	6.6713	-0.1562	0.4342	-0.1528	-0.2748	0.0305	0.3617	0.0024	-0.711	0.1045	0.2417	-0.0624	-0.0088	0.2602	-0.0116	0.25	-36.9832	-4.6405	15.4087
2	4.2852	-1.6663	-2.6449	4.1049	0.5525	4.6339	-0.1943	0.3838	-0.0518	0.0789	0.0623	0.1829	0.2867	0.1545	0.0888	0.2344	-0.051	-0.0217	0.2118	-0.0085	0.1879	-26.4009	-8.567	14.8221
3	5.2895	2.7817	-2.7979	4.008	-2.5228	1.907	0.01	-0.183	0.6862	0.3801	0.0417	-0.3601	-1.1282	1.2987	0.3645	0.3393	-0.1728	-0.0162	0.3562	-0.0406	0.3097	-18.5983	-3.865	19.4343
4	2.561	-0.7444	-0.4479	0.963	-0.7423	4.9421	0.004	0.7275	-0.0347	0.039	-0.2067	-0.0399	0.4361	1.2168	0.0961	0.2781	0.0178	-0.0042	0.5521	-0.0058	0.2547	-16.8243	-11.9816	8.3929
5	3.3947	0.1391	0.8074	1.2153	0.5761	5.5291	0.0952	0.31	0.1296	0.1127	-0.1139	-0.0865	0.4708	1.8072	0.0477	0.2544	0.074	-0.0267	0.8116	0.0438	0.3041	-10.305	-12.8734	9.211
6	7.1972	-1.6152	3.9041	9.5664	5.39	6.431	0.5634	0.1687	0.7277	-1.2045	0.2864	-0.4457	-1.5606	1.4007	-0.4588	0.7039	0.1527	0.2315	1.2352	0.0382	0.5725	-4.679	-9.499	2.4678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 101 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 125 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 126 through 148 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 149 through 167 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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