PDB-5lvd: Thermolysin in complex with inhibitor (JC67)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lvd

タイトル

Thermolysin in complex with inhibitor (JC67)

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: How Nothing Boosts Affinity: Hydrophobic Ligand Binding to the Virtually Vacated S1' Pocket of Thermolysin.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lvd.cif.gz	208.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lvd.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lvd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lvd_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lvd_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	5lvd_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	5lvd_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/5lvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/5lvd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m5fC 5m69C 5m9wC 5ma7C 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kro-d 2tli-d 5fsj-d 3fgd-d 4mzn-d 6yms-d 2g4z-d 6d5q-d 3dnz-d 3msf-d 6sck-d 3p7w-d 5fsp-d 3qh1-d 5n2z-d 6d5n-d 7tln-d 3n21-d 6sc0-d 5tak-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.846, 92.846, 130.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-779- HOH
2	1	E-806- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 233-548 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 396分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-79F / (2~{S})-4-methyl-2-[[(2~{S})-3-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphoryl]amino]propanoyl]amino]pentanoic acid 分子量: 445.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₈N₃O₈P
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月14日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 91830 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.86 % / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 35.16
反射シェル	解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 24.72 % / R_merge(I) obs: 0.495 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.25→38.243 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 8.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1248	4591	5 %
R_work	0.105	-	-
obs	0.106	91823	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→38.243 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2414	0	55	386	2855

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12	3669
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.154	923
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	388
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	492

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2493-1.2635	0.1476	145	0.1156	2758	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2635-1.2783	0.155	151	0.1073	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2783-1.2939	0.1339	152	0.1021	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2939-1.3103	0.129	150	0.1018	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3103-1.3275	0.1494	151	0.0974	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3275-1.3457	0.143	151	0.0958	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3457-1.3649	0.1167	151	0.0919	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3649-1.3853	0.105	152	0.0931	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3853-1.407	0.1343	150	0.0898	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.407-1.43	0.1249	152	0.0905	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.4547	0.1099	151	0.0855	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4547-1.4812	0.117	151	0.0806	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4812-1.5096	0.104	152	0.0827	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5096-1.5405	0.1142	152	0.0808	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5405-1.574	0.106	152	0.0801	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.574-1.6106	0.1175	152	0.084	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6106-1.6508	0.1019	152	0.0824	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6508-1.6955	0.1217	152	0.0884	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6955-1.7454	0.1168	153	0.0903	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7454-1.8017	0.1114	153	0.0911	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8017-1.8661	0.1108	153	0.0957	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8661-1.9408	0.121	153	0.0974	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9408-2.0291	0.1222	154	0.1005	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0291-2.1361	0.0984	154	0.1008	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1361-2.2699	0.1153	155	0.1019	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2699-2.4452	0.1265	155	0.1043	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4452-2.6912	0.1238	155	0.1089	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6912-3.0804	0.1228	158	0.1176	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0804-3.8804	0.1497	160	0.1239	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8804-38.261	0.1406	169	0.1346	3218	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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