PDB-5luh: AadA E87Q in complex with ATP, calcium and streptomycin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5luh

タイトル

AadA E87Q in complex with ATP, calcium and streptomycin

要素

Streptomycin 3''-adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE ADENYL TRANSFERASE / ANT(3'')9 / ANTIBIOTIC RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

streptomycin 3''-adenylyltransferase / aminoglycoside 3''-adenylyltransferase activity / adenylyltransferase activity / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Stern, A.L. / Van der Verren, S.E. / Selmer, M.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural mechanism of AadA, a dual-specificity aminoglycoside adenylyltransferase fromSalmonella enterica.
著者: Stern, A.L. / Van der Verren, S.E. / Kanchugal P, S. / Nasvall, J. / Gutierrez-de-Teran, H. / Selmer, M.

履歴

登録	2016年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5luh.cif.gz	248.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5luh.ent.gz	198.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5luh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/5luh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/5luh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g4aSC 5lpaC 6fzbC 4cs6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5g4a-1 3cuh-d 5g4a-2 3aay-2 6jdz-1 4pmy-1 1h4k-d 6je2-1 6je1-2 5lpa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Streptomycin 3''-adenylyltransferase

B: Streptomycin 3''-adenylyltransferase

ヘテロ分子

63.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Streptomycin 3''-adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Streptomycin 3''-adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.472, 82.472, 79.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Streptomycin 3''-adenylyltransferase 分子量: 30527.053 Da / 分子数: 2 / 変異: E87Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: aadA, STM1264 / プラスミド: pEXP5-CT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8ZPX9, streptomycin 3''-adenylyltransferase

#1: タンパク質

Streptomycin 3''-adenylyltransferase

分子量: 30527.053 Da / 分子数: 2 / 変異: E87Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: aadA, STM1264 / プラスミド: pEXP5-CT / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8ZPX9, streptomycin 3''-adenylyltransferase

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非ポリマー , 7種, 531分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-SRY / STREPTOMYCIN / STREPTOMYCIN A / ストレプトマイシン分子量: 581.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₉N₇O₁₂ / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月17日
放射	モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→36.58 Å / Num. obs: 122414 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.63 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 5.22
反射シェル	解像度: 1.73→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / CC_1/2: 0.273 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5g4a

5g4a

解像度: 1.73→36.573 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.87 / 位相誤差: 25.36

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2257	6130	5.07 %	Random selection
R_work	0.1885	-	-	-
obs	0.1904	121007	96.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→36.573 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4195	0	166	518	4879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4642
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	6382
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.348	2839
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	741
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	828

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.7497	0.3659	211	0.3268	3904	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7497-1.7703	0.3296	221	0.3116	3886	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7703-1.7918	0.342	212	0.3135	4075	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7918-1.8145	0.3479	210	0.3107	3949	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8145-1.8384	0.3542	203	0.2971	3928	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8384-1.8636	0.3306	236	0.3012	3907	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8636-1.8902	0.3508	198	0.3252	3754	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8902-1.9184	0.3977	213	0.3269	3769	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9184-1.9484	0.3347	193	0.3191	3601	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9484-1.9803	0.2908	204	0.286	3799	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9803-2.0145	0.3023	187	0.2672	3704	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0145-2.0511	0.2835	195	0.2661	3825	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0511-2.0906	0.2836	201	0.2537	3674	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0906-2.1332	0.2866	205	0.2301	3900	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1332-2.1796	0.304	209	0.2154	3937	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1796-2.2303	0.2533	209	0.2137	3964	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2303-2.2861	0.2318	206	0.2005	3787	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2861-2.3479	0.2056	204	0.1738	3850	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3479-2.4169	0.2196	203	0.1721	3902	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4169-2.4949	0.2002	207	0.1703	3962	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4949-2.5841	0.1949	196	0.1605	3710	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5841-2.6875	0.1873	195	0.1688	3761	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6875-2.8098	0.2141	204	0.1668	3926	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8098-2.9579	0.2141	208	0.1669	3925	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9579-3.1431	0.2054	206	0.1695	3851	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1431-3.3856	0.1969	199	0.1631	3818	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3856-3.726	0.2197	194	0.1582	3547	X-RAY DIFFRACTION	89
3.726-4.2645	0.1572	196	0.1451	3654	X-RAY DIFFRACTION	92
4.2645-5.3701	0.1757	203	0.1269	3746	X-RAY DIFFRACTION	94
5.3701-36.581	0.1707	202	0.151	3862	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5094	-0.2522	0.1085	1.0109	-0.2095	0.4041	0.0329	-0.0462	-0.0023	0.1845	-0.1183	-0.1389	0.0528	0.0809	-0.0138	0.1707	-0.0188	-0.019	0.1478	0.0433	0.1734	23.8789	-11.7438	23.5233
2	0.4349	0.3533	0.2253	1.4275	-0.2614	0.6701	-0.0276	0.0166	-0.0332	-0.0312	-0.0979	-0.2887	-0.0425	0.1271	0	0.1833	-0.0188	0.0059	0.1624	0.0449	0.2125	26.8372	-7.1848	16.0637
3	0.6661	0.2965	0.4057	0.3456	-0.2865	0.3633	0.0155	0.1059	-0.1058	0.0047	-0.0951	-0.1559	0.0521	0.1477	-0.0047	0.1612	-0.0148	0.0085	0.1681	0.023	0.171	14.3667	3.6083	5.2564
4	1.1412	0.2642	0.5131	0.9889	-1.4349	1.6791	0.0387	-0.0414	0.0244	-0.034	0.0075	0.1292	0.0641	-0.0993	0.0017	0.1348	-0.0092	-0.009	0.1439	0.0083	0.139	4.5739	1.1991	4.9372
5	1.048	-0.6557	0.0727	0.8529	0.173	0.7512	-0.0292	0.231	-0.1917	-0.0388	-0.0663	0.1179	0.0451	-0.001	-0.0407	0.115	0.0029	0.0364	0.1657	-0.0477	0.1727	39.1758	-2.7564	-26.4202
6	0.4747	-0.4383	0.0266	0.4266	0.4722	0.6327	-0.0733	0.0014	-0.3215	0.0766	-0.0435	0.0758	0.1064	-0.0778	-0.0009	0.1646	0.0124	0.0523	0.1787	-0.0082	0.2477	35.053	-5.5139	-18.4988
7	0.0876	0.1528	0.0176	0.1875	0.0619	0.177	-0.1363	-0.303	-0.2247	0.1797	-0.0262	0.2362	0.0945	-0.1649	-0.0084	0.221	0.0455	0.0612	0.2617	0.028	0.2033	41.4333	-7.7408	-10.1752
8	0.2588	-0.3259	0.1353	0.1948	0.0393	0.264	-0.1891	0.0353	-0.1593	0.1244	-0.0984	-0.0725	0.0273	-0.1474	-0.0045	0.1608	-0.0032	0.039	0.2253	-0.0224	0.239	29.2471	0.8044	-16.383
9	0.1319	0.122	0.0922	0.1112	0.023	0.1219	0.0327	0.4598	0.1125	-0.1051	-0.0757	0.0871	-0.0857	-0.2919	0.0001	0.2045	0.024	-0.0198	0.3645	-0.0721	0.1923	28.9275	3.1919	-31.4024
10	0.7002	0.1097	-0.307	0.5318	0.6534	0.4567	-0.0102	0.0473	-0.1324	0.1546	-0.1002	-0.0136	0.1858	-0.0035	-0.0052	0.1661	-0.0174	0.017	0.1842	-0.0033	0.1573	30.9111	13.1603	-8.2045
11	1.0596	-0.0059	-1	0.2667	0.5139	1.1383	-0.0358	0.0082	0.1719	-0.0891	0.1839	-0.1889	-0.1413	0.2637	0.0118	0.1461	-0.0132	-0.0005	0.1826	-0.0341	0.1568	42.1939	21.2484	-9.8831
12	0.7244	-0.008	-0.5927	0.7704	0.3579	0.5518	0.074	0.097	0.1737	-0.0486	-0.1217	0.0469	0.251	-0.0121	-0.0001	0.1967	0.0158	-0.0078	0.1951	-0.0288	0.1496	31.6853	19.2469	-5.5001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 158 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 159 through 199 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 200 through 268 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 59 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 60 through 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 107 through 119 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 120 through 140 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 141 through 158 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 159 through 199 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 200 through 238 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 239 through 269 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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