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- PDB-5ltw: Complex of human 14-3-3 sigma CLU1 mutant with phosphorylated hea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ltw
タイトルComplex of human 14-3-3 sigma CLU1 mutant with phosphorylated heat shock protein B6
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Heat shock protein beta-6
キーワードPROTEIN BINDING / protein-protein complex / intrinsically disordered protein region(s)
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...structural constituent of eye lens / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of innate immune response / protein folding chaperone / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of angiogenesis / unfolded protein binding / protein localization / regulation of protein localization / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / nuclear speck / cadherin binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site ...Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Heat shock protein beta-6 / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Beelen, S. / Kulikova, A.A. / Weeks, S.D. / Antson, A.A. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.
資金援助 ロシア, 英国, ベルギー, 4件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research14-04-00146 ロシア
Wellcome Trust098230 英国
FWOG069708N, G093615N, WO03315N ベルギー
Russian Foundation for Basic Research16-04-00016 ロシア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Interaction of a Human Small Heat Shock Protein with the 14-3-3 Universal Signaling Regulator.
著者: Sluchanko, N.N. / Beelen, S. / Kulikova, A.A. / Weeks, S.D. / Antson, A.A. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: Heat shock protein beta-6
D: Heat shock protein beta-6
E: 14-3-3 protein sigma
F: 14-3-3 protein sigma
G: Heat shock protein beta-6
H: Heat shock protein beta-6
I: 14-3-3 protein sigma
J: 14-3-3 protein sigma
K: Heat shock protein beta-6
L: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,92721
ポリマ－255,01812
非ポリマー9099
水00
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: Heat shock protein beta-6
D: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3097
ポリマ－85,0064
非ポリマー3033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area32910 Å2
手法PISA
2
E: 14-3-3 protein sigma
F: 14-3-3 protein sigma
G: Heat shock protein beta-6
H: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3097
ポリマ－85,0064
非ポリマー3033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area33310 Å2
手法PISA
3
I: 14-3-3 protein sigma
J: 14-3-3 protein sigma
K: Heat shock protein beta-6
L: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3097
ポリマ－85,0064
非ポリマー3033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area33870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.060, 341.290, 144.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin / CLU1


分子量: 26257.537 Da / 分子数: 6 / 変異: K162A, K163A, E164A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質
Heat shock protein beta-6 / HspB6 / Heat shock 20 kDa-like protein p20


分子量: 16245.406 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP Residues 1-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14558
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.2 M LiCl, 17% PEG 6000 and 2 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→45.2 Å / Num. obs: 18727 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 199.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.314 / Net I/σ(I): 5.76
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
4.5-4.622.0871.080.337199.9
4.62-4.742.0021.20.389199.9
4.74-4.881.791.280.393199.9
4.88-5.031.61.480.429199.8
5.03-5.21.5491.50.4841100
5.2-5.381.7721.360.391100
5.38-5.581.4841.630.544199.9
5.58-5.811.2981.880.568199.8
5.81-6.071.0452.460.6491100
6.07-6.360.723.390.817199.9
6.36-6.710.62240.851100
6.71-7.120.4595.260.927199.8
7.12-7.610.3456.850.966199.9
7.61-8.220.18911.330.987199.6
8.22-90.12615.330.994199.5
9-10.060.08819.590.997199.7
10.06-11.620.07721.520.997199
11.62-14.230.07222.870.997199
14.23-20.130.06523.690.998199
20.130.06622.170.998185

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IQJ

3iqj


解像度: 4.5→45.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.731 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.73 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 1.035
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 934 4.99 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.237 18722 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 86.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--56.8815 Å20 Å20 Å2
2---15.6391 Å20 Å2
3---72.5205 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.91 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15773 0 111 0 15884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00816183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0921886HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5699SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes436HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2326HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16183HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd11SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.28
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2048SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18336SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 148 4.95 %
Rwork0.243 2839 -
all0.244 2987 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.12241.65550.67012.2638-0.04222.79380.1164-0.5203-0.04640.5442-0.1655-0.1555-0.1952-0.41550.04910.1744-0.0025-0.05460.0184-0.0235-0.257936.949333.760457.2268
22.9987-2.91041.13517.86130.11524.8406-0.0369-0.53070.2235-0.16960.41840.1955-0.5442-0.0184-0.38150.0028-0.1520.0397-0.21310.152-0.236621.236232.183920.5067
32.203-0.11671.24014.13920.05742.8143-0.2937-0.25150.5442-0.07930.04570.2934-0.5015-0.00340.2480.26480.1520.0651-0.05070.1520.30414.035876.6211-1.7347
43.60540.99822.77214.8601-2.20456.4970.21890.54420.5442-0.4944-0.3253-0.207-0.4649-0.32840.10640.3040.152-0.1520.0598-0.00490.30444.983567.36220.9718
52.0953-0.32440.03411.29050.9364.07510.13110.2566-0.1401-0.3802-0.1223-0.2203-0.16770.039-0.0088-0.3040.02170.152-0.3040.152-0.30438.14117.2365-29.6241
68.31540.41571.14870.67770.42381.7896-0.3364-0.01490.54420.46560.12850.0958-0.23310.48320.2079-0.0502-0.0392-0.02560.18210.0203-0.11949.48528.9551-55.2914
70.01172.9104-2.91047.8542-2.910400.0790.136-0.54420.07290.3862-0.16070.01840.022-0.4652-0.2556-0.1317-0.1520.10680.152-0.3049.557918.8637-9.6706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ E|* F|* H|13 - H|24 G|13 - G|24 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ G|68 - G|149 H|68 - H|149 G|1 - G|12 D|1 - D|12 G|25 - G|40 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|* B|* C|13 - C|24 D|13 - D|24 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ C|68 - C|149 D|68 - D|149 C|1 - C|12 H|1 - H|12 C|25 - C|40 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ I|* J|* L|13 - L|24 K|13 - K|24 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ K|68 - K|149 L|68 - L|149 K|1 - K|12 K|25 - K|40 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ L|1 - L|12 }

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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