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万見
- PDB-5lts: Crystal structure of Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lts
タイトルCrystal structure of Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus endonuclease Mutant D118A
要素RNA-directed RNA polymerase L
キーワードTRANSFERASE / Endonuclease / LCMV Arenavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus RNA polymerase / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Saez-Ayala, M. / Yekwa, E.L. / Canard, B. / Alvarez, K. / Ferron, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR11-BSV8-0019 フランス
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: Crystal structures ofLymphocytic choriomeningitis virusendonuclease domain complexed with diketo-acid ligands.
著者: Saez-Ayala, M. / Yekwa, E.L. / Carcelli, M. / Canard, B. / Alvarez, K. / Ferron, F.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
B: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5075
ポリマ－47,3562
非ポリマー1513
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.825, 159.221, 52.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L


分子量: 23678.162 Da / 分子数: 2 / 変異: D118A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス)
遺伝子: L, KUE_IGS310002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A059U382, UniProt: P14240*PLUS, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0,1M pH 6, Isopropanol 3,5%, MnCl2 1mM

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→53.57 Å / Num. all: 73597 / Num. obs: 31183 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 73.38 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06018 / Net I/σ(I): 14.17
反射 シェル解像度: 2.51→2.6 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JSB

3jsb


解像度: 2.51→79.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.33 / SU Rfree Blow DPI: 0.213 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.213
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1004 4.76 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 21098 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0963 Å20 Å20 Å2
2--1.4403 Å20 Å2
3----2.5366 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→79.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3063 0 9 113 3185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.164208HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1139SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes93HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes439HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3120HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion406SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3623SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.63 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 136 4.9 %
Rwork0.216 2637 -
all0.217 2773 -
obs--99.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.54720.7948-1.64681.4232-0.76751.1505-0.07640.7811-0.2139-0.27290.07610.08620.0128-0.20590.0003-0.03050.0311-0.02470.0108-0.0592-0.161714.55739.8742.9283
21.59630.97350.27162.39831.12460.90050.0301-0.3418-0.42980.45240.004-0.01590.27010.0578-0.0341-0.03670.07390.0363-0.09560.079-0.049538.728316.63067.0486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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