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- PDB-5ltj: Crystal structure of the Prp43-ADP-BeF3 complex (in orthorhombic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ltj
タイトルCrystal structure of the Prp43-ADP-BeF3 complex (in orthorhombic space group)
要素Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43
キーワードHYDROLASE / Spliceosome / RNA HELICASE / DEAH-BOX PROTEIN / DHX15
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA processing / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DHX15, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. ...DHX15, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Tauchert, M.J. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB860 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the mechanism of the DEAH-box RNA helicase Prp43.
著者: Tauchert, M.J. / Fourmann, J.B. / Luhrmann, R. / Ficner, R.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,34217
ポリマ－81,6411
非ポリマー1,70116
水12,394688
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area31510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.826, 105.637, 119.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43


分子量: 81641.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH 2 ADDITIONAL N-TERMINAL AMINO ACIDS (MA) AND A C-TERMINAL STREP-TAG (WSHPQFEK).
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0005780 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0RY84

-
非ポリマー , 8種, 704分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 35 % (v/v) MPD, 1.67 % (w/v) PEG 4000 and 100 mM Na HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→79.02 Å / Num. obs: 107277 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.71 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.88
反射 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / 冗長度: 4.66 % / Rmerge(I) obs: 1.235 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / CC1/2: 0.619 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LTA

5lta


解像度: 1.78→67.986 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 1957 1.82 %
Rwork0.1766 --
obs0.177 107254 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→67.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5638 0 105 688 6431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.878082
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7272276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7801-1.82460.40881380.35477266X-RAY DIFFRACTION98
1.8246-1.87390.32181400.31857447X-RAY DIFFRACTION100
1.8739-1.92910.32141390.28857479X-RAY DIFFRACTION100
1.9291-1.99130.28731400.25697483X-RAY DIFFRACTION100
1.9913-2.06250.2421340.2337444X-RAY DIFFRACTION100
2.0625-2.14510.22591390.20937477X-RAY DIFFRACTION100
2.1451-2.24270.27471400.19397492X-RAY DIFFRACTION100
2.2427-2.3610.1811400.18767475X-RAY DIFFRACTION100
2.361-2.50890.21821400.18337496X-RAY DIFFRACTION100
2.5089-2.70260.2091390.17687581X-RAY DIFFRACTION100
2.7026-2.97460.20281400.17317542X-RAY DIFFRACTION100
2.9746-3.4050.18681380.16277599X-RAY DIFFRACTION100
3.405-4.28990.16851430.13467620X-RAY DIFFRACTION100
4.2899-68.03530.14861470.1487896X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04450.22350.31322.12260.95561.6183-0.0267-0.025-0.04990.10920.1607-0.20310.09910.3749-0.09230.11950.038100.2481-0.05070.125311.7562208.168423.3128
21.51950.88811.43891.22351.21492.6145-0.0417-0.11130.1487-0.0466-0.14760.2944-0.0837-0.39790.11280.11330.0478-0.01910.2211-0.06940.1899-13.811218.917428.2648
30.8763-0.05860.7180.432-0.43693.8206-0.04530.1999-0.0373-0.14270.0314-0.0663-0.13180.4973-0.01160.1999-0.0234-0.00510.2472-0.06450.207217.0908223.963249.2582
42.1560.0099-0.16681.29190.32372.2451-0.0508-0.052-0.4369-0.00960.01840.17810.189-0.34380.0160.1316-0.0462-0.00580.1170.01320.1798-7.1896221.531262.701
52.6538-0.26740.60291.74130.3242.55690-0.26840.16940.05060.0721-0.1332-0.27220.1168-0.04980.1818-0.0097-0.00030.1665-0.03350.15756.4476235.095869.9814
63.7013-0.4880.52835.4915-2.14147.6417-0.2024-0.8278-0.39731.42250.297-0.25960.38830.6422-0.1340.51870.0457-0.12110.4524-0.20330.336619.2599235.641185.1153
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 60:275
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 276:460
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 461:527
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 528:640
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 641:741
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 742:762

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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