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- PDB-5ls7: Complex of wild type E. coli alpha aspartate decarboxylase with i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ls7
タイトルComplex of wild type E. coli alpha aspartate decarboxylase with its processing factor PanZ
要素
  • (Aspartate 1-decarboxylase) x 2
  • PanD maturation factor
キーワードLYASE / protein derived cofactor / coenzyme A biosynthesis / protein complex / metabolic pathway regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / acetyl-CoA binding / pantothenate biosynthetic process / zymogen activation / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / protein autoprocessing / protein processing / cytosol
類似検索 - 分子機能
PanD regulatory factor PanZ / PanZ, acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain, PanZ / Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. ...PanD regulatory factor PanZ / PanZ, acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain, PanZ / Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl radical / ACETYL COENZYME *A / CARBON DIOXIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Aspartate 1-decarboxylase / PanD regulatory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Monteiro, D.C.F. / Webb, M.E. / Pearson, A.R.
資金援助 英国, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust096684/Z/11/Z 英国
Wellcome Trust105615/Z/14/Z 英国
German Research FoundationExcellence Cluster: Hamburg Centre for Ultrafast Imaging ドイツ
Wellcome Trust094232/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Mechanism of Regulation of Pantothenate Biosynthesis by the PanD-PanZAcCoA Complex Reveals an Additional Mode of Action for the Antimetabolite N-Pentyl Pantothenamide (N5-Pan).
著者: Arnott, Z.L.P. / Nozaki, S. / Monteiro, D.C.F. / Morgan, H.E. / Pearson, A.R. / Niki, H. / Webb, M.E.
履歴
登録2016年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate 1-decarboxylase
B: PanD maturation factor
D: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,04715
ポリマ－31,5543
非ポリマー1,49412
水5,260292
1
A: Aspartate 1-decarboxylase
B: PanD maturation factor
D: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase
B: PanD maturation factor
D: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase
B: PanD maturation factor
D: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase
B: PanD maturation factor
D: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,18960
ポリマ－126,21512
非ポリマー5,97448
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.863, 85.863, 80.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質・ペプチド Aspartate 1-decarboxylase / Aspartate alpha-decarboxylase


分子量: 4770.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 1-17 are the purification tag. / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: panD, b0131, JW0127 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase

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タンパク質 , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質 PanD maturation factor


分子量: 15738.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The C-terminus is not visible in the electron density
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: panM, panZ, yhhK, b3459, JW3424 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37613
#3: タンパク質 Aspartate 1-decarboxylase / Aspartate alpha-decarboxylase


分子量: 11044.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal residue is a pyruvoyl moiety formed after post-translation backbone cleavage after protein folding. Cysteine 78 is oxidised.
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: panD, b0131, JW0127 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase

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非ポリマー , 8種, 304分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#9: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#10: 化合物 ChemComp-74C / methyl radical / メチリジンラジカル


分子量: 15.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細CO2 derives from the sidechains of GLU B 70 and D 113 which have decomposed due to radiation damage. ...CO2 derives from the sidechains of GLU B 70 and D 113 which have decomposed due to radiation damage. 74C methyl radical derives from MET D114 as a result of radiation damage

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 % / 解説: Bipyrimidal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM KSCN, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 20% v/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→29.28 Å / Num. obs: 99822 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.16→1.18 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CRY

4cry


解像度: 1.16→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 0.992 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13688 4966 5 %RANDOM
Rwork0.11341 ---
obs0.11458 94485 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.859 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 0 89 292 2374
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0192259
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8511.9823071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2134983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9235288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7722.617107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03815394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1791527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3632.4281064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3521059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1091334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.111335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7291195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6921190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8781717
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.472538
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.4692539
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.89332015
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.0735182
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.71252055
LS精密化 シェル解像度: 1.161→1.191 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 391 -
Rwork0.196 6688 -
obs--95.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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