[日本語] English
- PDB-1qrq: STRUCTURE OF A VOLTAGE-DEPENDENT K+ CHANNEL BETA SUBUNIT -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qrq
タイトルSTRUCTURE OF A VOLTAGE-DEPENDENT K+ CHANNEL BETA SUBUNIT
要素PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
キーワードMETAL TRANSPORT / TIM BARREL / ALDO-KETO REDUCTASE / POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT / VOLTAGE-DEPENDENT POTASSIUM CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / : / regulation of protein localization to cell surface / : / axon initial segment / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる ...pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / : / regulation of protein localization to cell surface / : / axon initial segment / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / myoblast differentiation / regulation of potassium ion transmembrane transport / Neutrophil degranulation / neuromuscular process / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / postsynaptic density membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / neuron projection / postsynaptic density / axon / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gulbis, J.M. / Mann, S. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / : 1999
タイトル: Structure of a voltage-dependent K+ channel beta subunit.
著者: Gulbis, J.M. / Mann, S. / MacKinnon, R.
履歴
登録1999年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
B: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
C: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
D: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,3978
ポリマ-145,4164
非ポリマー2,9824
2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12470 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area45850 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
B: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
C: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
D: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
B: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
C: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
D: PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,79516
ポリマ-290,8318
非ポリマー5,9638
1448
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area29700 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area86930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.746, 114.346, 93.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)


分子量: 36353.914 Da / 分子数: 4 / 断片: BETA SUBUNIT CORE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P62483
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
127 mg/mlprotein1drop
24.5 mMn-octyl-beta-D-glucopyranoside1drop
3100 mMHEPES1reservoirpH7.5
426 %(w/v)mPEG20001reservoir
5400 mMammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 40961 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 75.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 40 Å / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.4 % / Num. measured all: 814316 / Biso Wilson estimate: 75.2 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: MINIMISATION AND SIMULATED ANNEALING PROCEDURES USING A MAXIMUM-LIKELIHOOD TARGET
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2050 -THIN CONCENTRIC SHELLS
Rwork0.236 ---
obs0.236 40911 97.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10004 0 192 152 10348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る