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- PDB-1zsx: Crystal Structure Of Human Potassium Channel Kv Beta-subunit (KCNAB2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zsx
タイトルCrystal Structure Of Human Potassium Channel Kv Beta-subunit (KCNAB2)
要素Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Potassium Channel / Kv Beta-subunit / human / aldo-keto reductase / Structural Genomics / SGC / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / regulation of protein localization to cell surface / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / juxtaparanode region of axon / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / tertiary granule membrane / potassium channel regulator activity ...pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / regulation of protein localization to cell surface / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / juxtaparanode region of axon / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / tertiary granule membrane / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel activity / specific granule membrane / voltage-gated potassium channel complex / cytoplasmic side of plasma membrane / cytoskeleton / transmembrane transporter binding / Neutrophil degranulation / synapse / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wennerstrand, P. / Johannsson, I. / Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Williams, L. / Sundstrom, M. / Guo, K. / von Delft, F. ...Wennerstrand, P. / Johannsson, I. / Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Williams, L. / Sundstrom, M. / Guo, K. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Of Human Potassium Channel Kv Beta-subunit (KCNAB2)
著者: Wennerstrand, P. / Johannsson, I. / Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Williams, L. / Sundstrom, M. / Guo, K. / von Delft, F. / Oppermann, U.
履歴
登録2005年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7876
ポリマ－38,9021
非ポリマー8855
水3,837213
1
A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,14724
ポリマ－155,6064
非ポリマー3,54120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area15230 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area45100 Å2
手法PISA
2
A: Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,29448
ポリマ－311,2138
非ポリマー7,08240
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area32940 Å2
ΔGint-334 kcal/mol
Surface area86730 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)113.231, 113.231, 142.505
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-855-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit / K+ / channel beta-2 subunit / Kv-beta-2 / HKvbeta2 / AKR6A5


分子量: 38901.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Origene / プラスミド: p11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q13303
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG300, sodium/potassium phosphate, sodium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.3 Å / Num. obs: 36582 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QRQ.pdb

1qrq


解像度: 1.9→44.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 4.821 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1724 1831 5 %RANDOM
Rwork0.14478 ---
all0.14623 34746 --
obs0.14623 34746 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3---3.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2485 0 52 213 2750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9793582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85635607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3545336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.32923.585106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.19915452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6781518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.22524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21349
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21529
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2770.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.00621743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.892671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.49832602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.24441136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9826973
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 127 -
Rwork0.209 2506 -
obs--97.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.0447 Å / Origin y: -30.3171 Å / Origin z: 19.233 Å
111213212223313233
T-0.0453 Å20.0026 Å20.002 Å2--0.0707 Å20.0139 Å2---0.0737 Å2
L0.6926 °2-0.1098 °20.0705 °2-1.2308 °2-0.3494 °2--0.7111 °2
S0.0049 Å °0.0074 Å °-0.1551 Å °-0.0919 Å °-0.0177 Å °-0.1064 Å °0.1142 Å °0.0046 Å °0.0127 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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