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- PDB-5lpi: Structure of the zinc finger array of Cep104 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lpi
タイトルStructure of the zinc finger array of Cep104
要素Centrosomal protein of 104 kDa
キーワードCELL CYCLE / Zinc finger array / Cep104 / Basal body / Centriole Cilia
機能・相同性
機能・相同性情報


centriole / spindle pole / cilium / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Centrosomal protein CEP104, N-terminal domain / Centrosomal protein CEP104, ZnF / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / TOG domain / TOG / Galactose-binding-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosomal protein of 104 kDa
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者van Breugel, M. / Yu, M. / al Jassar, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/3 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Ciliopathy-Associated Cep104 Protein Interacts with Tubulin and Nek1 Kinase.
著者: Al-Jassar, C. / Andreeva, A. / Barnabas, D.D. / McLaughlin, S.H. / Johnson, C.M. / Yu, M. / van Breugel, M.
履歴
登録2016年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Centrosomal protein of 104 kDa
C: Centrosomal protein of 104 kDa
A: Centrosomal protein of 104 kDa
B: Centrosomal protein of 104 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,23820
ポリマ－62,1914
非ポリマー1,04716
水6,972387
1
D: Centrosomal protein of 104 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8095
ポリマ－15,5481
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Centrosomal protein of 104 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8095
ポリマ－15,5481
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Centrosomal protein of 104 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8095
ポリマ－15,5481
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Centrosomal protein of 104 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8095
ポリマ－15,5481
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.149, 80.320, 118.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Centrosomal protein of 104 kDa / Cep104


分子量: 15547.859 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 746-875 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP104, KIAA0562 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O60308
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 % PEG 4K 20% Glycerol 30 mM CaCl2 30 mM MgCl2 0.1M MES/imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.31 Å / Num. obs: 66109 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.444 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.246 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 24.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 6109 4.84 %
Rwork0.1919 --
obs0.1936 66016 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4271 0 16 387 4674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8095919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5032687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82040.42471940.38384052X-RAY DIFFRACTION100
1.8204-1.84190.40112070.36133945X-RAY DIFFRACTION100
1.8419-1.86430.35791790.34634070X-RAY DIFFRACTION100
1.8643-1.88790.33242060.31483997X-RAY DIFFRACTION100
1.8879-1.91280.33082050.30394033X-RAY DIFFRACTION100
1.9128-1.93890.33161610.29774039X-RAY DIFFRACTION100
1.9389-1.96660.35341750.29274027X-RAY DIFFRACTION100
1.9666-1.9960.30092230.26383954X-RAY DIFFRACTION100
1.996-2.02720.30162010.25933990X-RAY DIFFRACTION100
2.0272-2.06040.26741740.25864149X-RAY DIFFRACTION100
2.0604-2.09590.26662090.24923912X-RAY DIFFRACTION100
2.0959-2.1340.23021900.2394042X-RAY DIFFRACTION100
2.134-2.17510.25812040.22394017X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.21940.26732230.21913958X-RAY DIFFRACTION100
2.2194-2.26770.24392240.2144020X-RAY DIFFRACTION100
2.2677-2.32040.2532010.20484010X-RAY DIFFRACTION100
2.3204-2.37840.21182070.20044005X-RAY DIFFRACTION100
2.3784-2.44270.2411990.19593990X-RAY DIFFRACTION100
2.4427-2.51450.232180.20024004X-RAY DIFFRACTION100
2.5145-2.59560.24432570.19423978X-RAY DIFFRACTION100
2.5956-2.68830.24752500.19593924X-RAY DIFFRACTION100
2.6883-2.79590.20942140.18573981X-RAY DIFFRACTION100
2.7959-2.9230.24072070.19134001X-RAY DIFFRACTION100
2.923-3.0770.25071660.19444052X-RAY DIFFRACTION100
3.077-3.26950.2772060.20194006X-RAY DIFFRACTION100
3.2695-3.52160.22072380.1743973X-RAY DIFFRACTION100
3.5216-3.87530.18382060.16384006X-RAY DIFFRACTION100
3.8753-4.43440.18961820.14454009X-RAY DIFFRACTION100
4.4344-5.58050.16991620.14844058X-RAY DIFFRACTION100
5.5805-29.24940.19272210.15783955X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.7878 Å / Origin y: 82.1028 Å / Origin z: 51.7349 Å
111213212223313233
T0.1893 Å20.019 Å20.0095 Å2-0.1576 Å2-0.0127 Å2--0.1492 Å2
L1.0786 °2-0.2493 °2-0.1742 °2-1.0104 °20.213 °2--0.5208 °2
S-0.0083 Å °0.0387 Å °-0.0155 Å °0.0524 Å °0.0077 Å °-0.0023 Å °-0.0172 Å °-0.0073 Å °-0.0007 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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