PDB-5lpi: Structure of the zinc finger array of Cep104

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lpi

タイトル

Structure of the zinc finger array of Cep104

要素

Centrosomal protein of 104 kDa

キーワード

CELL CYCLE / Zinc finger array / Cep104 / Basal body / Centriole Cilia

機能・相同性

機能・相同性情報

centriole / spindle pole / cilium / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

van Breugel, M. / Yu, M. / al Jassar, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Ciliopathy-Associated Cep104 Protein Interacts with Tubulin and Nek1 Kinase.
著者: Al-Jassar, C. / Andreeva, A. / Barnabas, D.D. / McLaughlin, S.H. / Johnson, C.M. / Yu, M. / van Breugel, M.

履歴

登録	2016年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lpi.cif.gz	245.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lpi.ent.gz	198.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lpi_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lpi_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	5lpi_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	5lpi_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/5lpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/5lpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lphC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nc8-d 5z28-d 5tdy-1 5ott-d 4wzg-d 5of1-2 3odj-d 2ko0-d 3ab7-3 6lad-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Centrosomal protein of 104 kDa

C: Centrosomal protein of 104 kDa

A: Centrosomal protein of 104 kDa

B: Centrosomal protein of 104 kDa

ヘテロ分子

63.2 kDa, 4 ポリマー
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1

D: Centrosomal protein of 104 kDa

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Centrosomal protein of 104 kDa

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Centrosomal protein of 104 kDa

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
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4

B: Centrosomal protein of 104 kDa

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.149, 80.320, 118.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Centrosomal protein of 104 kDa / Cep104 分子量: 15547.859 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 746-875 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP104, KIAA0562 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O60308
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 % PEG 4K 20% Glycerol 30 mM CaCl2 30 mM MgCl2 0.1M MES/imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30.31 Å / Num. obs: 66109 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC_1/2: 0.444 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2481: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.246 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 24.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	6109	4.84 %
R_work	0.1919	-	-
obs	0.1936	66016	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.246 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4271	0	16	387	4674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4401
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.809	5919
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.503	2687
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	603
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8204	0.4247	194	0.3838	4052	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8204-1.8419	0.4011	207	0.3613	3945	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8643	0.3579	179	0.3463	4070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.8879	0.3324	206	0.3148	3997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	0.3308	205	0.3039	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.9389	0.3316	161	0.2977	4039	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9389-1.9666	0.3534	175	0.2927	4027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9666-1.996	0.3009	223	0.2638	3954	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0272	0.3016	201	0.2593	3990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0604	0.2674	174	0.2586	4149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0604-2.0959	0.2666	209	0.2492	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0959-2.134	0.2302	190	0.239	4042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.134-2.1751	0.2581	204	0.2239	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2194	0.2673	223	0.2191	3958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2194-2.2677	0.2439	224	0.214	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2677-2.3204	0.253	201	0.2048	4010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3204-2.3784	0.2118	207	0.2004	4005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3784-2.4427	0.241	199	0.1959	3990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4427-2.5145	0.23	218	0.2002	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5145-2.5956	0.2443	257	0.1942	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5956-2.6883	0.2475	250	0.1959	3924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6883-2.7959	0.2094	214	0.1857	3981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7959-2.923	0.2407	207	0.1913	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.923-3.077	0.2507	166	0.1944	4052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.077-3.2695	0.277	206	0.2019	4006	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2695-3.5216	0.2207	238	0.174	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5216-3.8753	0.1838	206	0.1638	4006	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8753-4.4344	0.1896	182	0.1445	4009	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4344-5.5805	0.1699	162	0.1484	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5805-29.2494	0.1927	221	0.1578	3955	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.7878 Å / Origin y: 82.1028 Å / Origin z: 51.7349 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1893 Å²	0.019 Å²	0.0095 Å²	-	0.1576 Å²	-0.0127 Å²	-	-	0.1492 Å²
L	1.0786 °²	-0.2493 °²	-0.1742 °²	-	1.0104 °²	0.213 °²	-	-	0.5208 °²
S	-0.0083 Å °	0.0387 Å °	-0.0155 Å °	0.0524 Å °	0.0077 Å °	-0.0023 Å °	-0.0172 Å °	-0.0073 Å °	-0.0007 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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