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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wzg | ||||||
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Title | Structure of human ATG101 | ||||||
![]() | Autophagy-related protein 101 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / autophagy / ULK1 complex / HORMA domain / ATG13 binding | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / phagophore assembly site / Macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of autophagy / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding ...regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / phagophore assembly site / Macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of autophagy / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michel, M. / Weiergraeber, O.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: The mammalian autophagy initiator complex contains 2 HORMA domain proteins. Authors: Michel, M. / Schwarten, M. / Decker, C. / Nagel-Steger, L. / Willbold, D. / Weiergraber, O.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 97.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 72.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 424.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 424.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 25036.664 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-BME / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 / Details: PEG3350, MES, NACL, BME / PH range: 5.6-7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Cryostream | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon (1 1 1) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→42.62 Å / Num. all: 13299 / Num. obs: 13298 / % possible obs: 73.9 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 40.67 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 16.62 / Num. measured all: 56530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 189.52 Å2 / Biso mean: 59.2244 Å2 / Biso min: 25.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→42.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 12.7649 Å / Origin y: 37.1205 Å / Origin z: 15.0227 Å
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Refinement TLS group | Selection details: chain A |