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- PDB-5lpg: Structure of NUDT15 in complex with 6-thio-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lpg
タイトルStructure of NUDT15 in complex with 6-thio-GMP
要素Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
キーワードHYDROLASE / MTH2 / DNA repair enzyme / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection ...nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / Azathioprine ADME / xenobiotic catabolic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / response to reactive oxygen species / mitotic cell cycle / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-71V / Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Masuyer, G. / Carter, M. / Rehling, D. / Stenmark, P. / Helleday, T. / Jemth, A.-S. / Valerie, N.C.K. / Homan, E. / Herr, P. / Bevc, L. ...Masuyer, G. / Carter, M. / Rehling, D. / Stenmark, P. / Helleday, T. / Jemth, A.-S. / Valerie, N.C.K. / Homan, E. / Herr, P. / Bevc, L. / Page, B.D.G. / Hagenkort, A.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
スウェーデン
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2016
タイトル: NUDT15 Hydrolyzes 6-Thio-DeoxyGTP to Mediate the Anticancer Efficacy of 6-Thioguanine.
著者: Valerie, N.C. / Hagenkort, A. / Page, B.D. / Masuyer, G. / Rehling, D. / Carter, M. / Bevc, L. / Herr, P. / Homan, E. / Sheppard, N.G. / Stenmark, P. / Jemth, A.S. / Helleday, T.
履歴
登録2016年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
B: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7718
ポリマ－37,2702
非ポリマー5016
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.502, 49.050, 135.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15 / 8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / ...8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15


分子量: 18635.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, 8-oxo-dGTP diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-71V / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-sulfanyl-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / 6-Thio-GMP / 6-チオグアノシン5′-りん酸


分子量: 379.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7PS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG3350, 0.1M Tris pH 8.5, and 0.24M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49 Å / Num. obs: 34988 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / CC1/2: 0.492 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 5BON

5bon


解像度: 1.7→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 8.326 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25063 1751 5 %RANDOM
Rwork0.21617 ---
obs0.21795 33174 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2489 0 29 156 2674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192612
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.9483556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9033.0035494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8065314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90624.567127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5715417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4891510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5612.7471256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5612.7471255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0024.1071570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0014.1081571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0623.1721356
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0623.1721356
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9464.5971986
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.55923.6013091
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.52523.2993013
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 111 -
Rwork-2437 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54420.54140.47520.62430.6180.7581-0.05290.0642-0.1067-0.13560.1226-0.0794-0.24840.101-0.06970.1186-0.020.01940.04690.0040.0521-9.3946-9.035318.8891
20.71810.61711.3820.77251.30892.78090.1777-0.2307-0.02660.013-0.1451-0.12910.1726-0.4915-0.03260.0885-0.01720.02360.1202-0.02060.0611-27.2104-28.726713.9091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 1101
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 1104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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