PDB-5lp8: Crystal structure of an asymmetric dimer of the ubiquitin ligase HUWE1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lp8

タイトル

Crystal structure of an asymmetric dimer of the ubiquitin ligase HUWE1

要素

E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1

キーワード

LIGASE / ubiquitin ligase / E3 enzyme / HECT

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / protein branched polyubiquitination / positive regulation of type 2 mitophagy / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Golgi organization / protein monoubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sander, B. / Lorenz, S.G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: A conformational switch regulates the ubiquitin ligase HUWE1.
著者: Sander, B. / Xu, W. / Eilers, M. / Popov, N. / Lorenz, S.

履歴

登録	2016年8月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Data collection
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lp8.cif.gz	502.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lp8.ent.gz	425.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lp8_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lp8_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	5lp8_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	5lp8_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/5lp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/5lp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h1dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hxa-d 1dch-d 5nag-d 1syo-d 5na5-d 5n7t-d 5nab-d 5mzk-d 4dru-d 5nae-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

B: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1

A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.464, 177.464, 106.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / ARF-binding protein 1 / ARF-BP1 / HECT / UBA and WWE domain-containing protein 1 / Homologous to ...ARF-binding protein 1 / ARF-BP1 / HECT / UBA and WWE domain-containing protein 1 / Homologous to E6AP carboxyl terminus homologous protein 9 / HectH9 / Large structure of UREB1 / LASU1 / Mcl-1 ubiquitin ligase E3 / Mule / Upstream regulatory element-binding protein 1 / URE-binding protein 1 分子量: 52951.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3951-4374 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUWE1, KIAA0312, KIAA1578, UREB1, HSPC272 / プラスミド: pBADM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7Z6Z7, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / ARF-binding protein 1 / ARF-BP1 / HECT / UBA and WWE domain-containing protein 1 / Homologous to ...

分子量: 52951.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3951-4374 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUWE1, KIAA0312, KIAA1578, UREB1, HSPC272 / プラスミド: pBADM11 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7Z6Z7, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Hepes pH 7, PEG20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→46.15 Å / Num. obs: 52053 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 2.89 % / R_merge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4483 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3h1d

3h1d

解像度: 2.7→46.15 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.88

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	2549	4.9 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.195	52026	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6983	0	0	32	7015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7129
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.743	9615
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.252	2657
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	1024
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1250

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7001-2.7521	0.3257	125	0.3137	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7521-2.8082	0.3163	162	0.286	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8082-2.8693	0.2973	148	0.2541	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8693-2.936	0.298	148	0.2425	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.936-3.0094	0.2465	144	0.2327	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0094-3.0908	0.2643	129	0.2519	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0908-3.1817	0.2953	138	0.2515	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1817-3.2844	0.3151	125	0.2462	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2844-3.4017	0.2807	149	0.2226	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4017-3.5379	0.2377	126	0.2109	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5379-3.6988	0.2423	169	0.2032	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6988-3.8937	0.2463	125	0.2063	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8937-4.1375	0.2064	132	0.1815	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1375-4.4568	0.1821	147	0.1526	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4568-4.9048	0.1759	127	0.1464	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9048-5.6135	0.2136	139	0.1582	2724	X-RAY DIFFRACTION	97
5.6135-7.0683	0.1809	156	0.1793	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0683-46.153	0.1811	160	0.159	2811	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0046	-0.0054	0.0103	0.0075	-0.0116	0.0104	0.0541	0.0218	0.0014	-0.0549	-0.0553	0.0632	0.0094	-0.0505	-0.0001	0.4595	-0.0556	-0.0959	0.3019	-0.0325	0.4344	-25.4005	101.8261	15.9637
2	0.1592	0.1885	-0.0307	0.1859	-0.0097	0.014	-0.6074	0.0765	0.4066	-0.5888	0.2528	0.2503	-0.3883	-0.1532	-0.1231	0.9191	-0.2826	-0.6302	0.0553	-0.1402	0.5652	-29.72	131.8721	6.2738
3	0.0036	-0.0018	-0.0059	0.0003	0.0011	0.0268	-0.0152	0.0745	0.1267	0.0142	-0.0009	-0.0462	-0.1843	-0.0266	-0	1.0482	-0.4134	0.0308	0.8138	-0.0808	0.5353	-21.3095	115.68	-21.5098
4	0.1118	0.0152	0.0665	0.0406	0.0422	0.0773	-0.211	0.1107	0.0968	-0.1033	-0.0257	0.2384	-0.3156	-0.0919	-0.1688	0.6887	-0.2984	-0.2798	0.2003	-0.1659	0.3522	-37.1946	109.6542	-1.4874
5	0.0102	0.0034	0.0018	0.003	-0.011	0.0091	0.0005	0.0525	-0.0818	-0.0544	-0.1129	-0.0037	-0.0237	0.0205	-0	0.4128	-0.0646	0.064	0.3669	-0.045	0.3611	-19.8547	96.2354	15.282
6	0.0301	-0.0109	-0.018	0.02	0.0196	0.0108	-0.0683	-0.0579	-0.0098	-0.1235	-0.0687	-0.0746	-0.0244	0.1241	0	0.2599	-0.0476	0.0661	0.4893	0.0365	0.3952	-7.3424	82.2874	34.2311
7	0.2313	0.1381	0.0442	0.1976	-0.0253	0.2515	-0.0898	-0.1444	-0.045	0.0154	-0.0288	-0.0349	0.0969	-0.0572	-0.0864	0.1656	-0.0664	0.0576	0.4097	0.039	0.2484	-26.6806	78.1926	43.6239
8	0.3057	0.1114	0.2581	0.0979	0.007	0.5018	-0.1788	0.0632	0.0617	-0.057	0.0552	0.1049	-0.0469	-0.1538	-0.0654	0.2527	-0.1292	0.016	0.4148	-0.0011	0.282	-40.1896	73.4343	26.3208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'B' AND (RESID 3950 THROUGH 3993 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'B' AND (RESID 3994 THROUGH 4150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'B' AND (RESID 4151 THROUGH 4216 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 4217 THROUGH 4374 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 3936 THROUGH 3993 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 3994 THROUGH 4025 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 4026 THROUGH 4275 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 4276 THROUGH 4372 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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