PDB-5lp0: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZEBRA FISH ENTH DOMAIN FROM EPSIN1 IN 1....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lp0

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZEBRA FISH ENTH DOMAIN FROM EPSIN1 IN 1.41 ANGSTROM RESOLUTION

要素

Epsin 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / ALPHA-HELIX / INTRACELLULAR MEMBRANE TRAFFICKING / ENDOCYTOSIS MEMBRANE ASSEMBLY / UBIQUITIN-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin vesicle coat / clathrin binding / phospholipid binding / endocytosis / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Levin-Kravets, O. / Prag, G.

資金援助

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2016
タイトル: A bacterial genetic selection system for ubiquitylation cascade discovery.
著者: Levin-Kravets, O. / Tanner, N. / Shohat, N. / Attali, I. / Keren-Kaplan, T. / Shusterman, A. / Artzi, S. / Varvak, A. / Reshef, Y. / Shi, X. / Zucker, O. / Baram, T. / Katina, C. / Pilzer, I. ...

履歴

登録	2016年8月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.3	2017年12月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lp0.cif.gz	157.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lp0.ent.gz	124.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lp0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lp0_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lp0_full_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示
XML形式データ	5lp0_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	5lp0_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/5lp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/5lp0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lozC 1h0aS 1edu S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zjt-2 2kkp-d 2xpo-1 3lnq-d 3cgz-2 3ts9-d 3m08-d 2h8e-d 3dj1-1 1v7l-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Epsin 1

B: Epsin 1

C: Epsin 1

D: Epsin 1

ヘテロ分子

67.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Epsin 1

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Epsin 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Epsin 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Epsin 1

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.364, 51.724, 64.639
Angle α, β, γ (deg.)	89.33, 76.37, 79.74
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Epsin 1 分子量: 16767.115 Da / 分子数: 4 / 断片: ENTH DOMAIN RESIDUES 18-157 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: epn1 / プラスミド: PGST P.2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: F1Q523, UniProt: F1Q5Z9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 19% (W/V) PEG 3350, 0.1M POTASSIUM PHOSPHATE MONOBASIC MONOHYDRATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 292K PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97881 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月20日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97881 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→62.788 Å / Num. obs: 95136 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.41→1.46 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.32 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
HKL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H0A

1h0a

解像度: 1.41→40.49 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	4738	4.98 %
R_work	0.154	-	-
obs	0.157	95053	93.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→40.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4476	0	10	823	5309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.134	6563
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.374	1966
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	714
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	844

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4091-1.4251	0.2907	154	0.1868	2796	X-RAY DIFFRACTION	87
1.4251-1.4419	0.2687	143	0.1712	2931	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4419-1.4595	0.2559	159	0.1587	2943	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4595-1.4779	0.2546	140	0.1539	2966	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4779-1.4974	0.2202	141	0.1527	2955	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4974-1.5179	0.262	180	0.1565	2990	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5179-1.5396	0.2433	133	0.1573	2954	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5396-1.5626	0.2218	122	0.1467	2967	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5626-1.587	0.2305	154	0.1346	2866	X-RAY DIFFRACTION	90
1.587-1.613	0.2066	165	0.1359	2929	X-RAY DIFFRACTION	91
1.613-1.6408	0.2387	159	0.1374	2988	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6408-1.6707	0.211	146	0.1351	3083	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6707-1.7028	0.2306	165	0.137	2990	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7028-1.7375	0.197	159	0.1345	3045	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7375-1.7753	0.2076	172	0.1434	3036	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7753-1.8166	0.2038	134	0.1474	3025	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8166-1.8621	0.2282	153	0.1512	3014	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8621-1.9124	0.2242	155	0.1548	2982	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9124-1.9687	0.2023	160	0.1547	3024	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9687-2.0322	0.224	159	0.1504	3087	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0322-2.1048	0.212	144	0.1426	3052	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1048-2.1891	0.206	168	0.1429	3094	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1891-2.2887	0.1713	153	0.1357	3053	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2887-2.4094	0.1912	186	0.144	3014	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4094-2.5603	0.1861	174	0.1462	3091	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5603-2.758	0.1857	183	0.1513	3092	X-RAY DIFFRACTION	97
2.758-3.0354	0.201	169	0.1604	3131	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0354-3.4745	0.1971	170	0.1611	3054	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4745-4.3766	0.1743	182	0.151	3085	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3766-40.5118	0.2011	156	0.1983	3078	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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