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- PDB-5lp0: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZEBRA FISH ENTH DOMAIN FROM EPSIN1 IN 1.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lp0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ZEBRA FISH ENTH DOMAIN FROM EPSIN1 IN 1.41 ANGSTROM RESOLUTION
要素Epsin 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / ALPHA-HELIX / INTRACELLULAR MEMBRANE TRAFFICKING / ENDOCYTOSIS MEMBRANE ASSEMBLY / UBIQUITIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / Epsin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Levin-Kravets, O. / Prag, G.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation464/11 イスラエル
Israel Science Foundation1695/08 イスラエル
引用
ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2016
タイトル: A bacterial genetic selection system for ubiquitylation cascade discovery.
著者: Levin-Kravets, O. / Tanner, N. / Shohat, N. / Attali, I. / Keren-Kaplan, T. / Shusterman, A. / Artzi, S. / Varvak, A. / Reshef, Y. / Shi, X. / Zucker, O. / Baram, T. / Katina, C. / Pilzer, I. ...著者: Levin-Kravets, O. / Tanner, N. / Shohat, N. / Attali, I. / Keren-Kaplan, T. / Shusterman, A. / Artzi, S. / Varvak, A. / Reshef, Y. / Shi, X. / Zucker, O. / Baram, T. / Katina, C. / Pilzer, I. / Ben-Aroya, S. / Prag, G.
#1: ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2000
タイトル: Epsin 1 Undergoes Nucleocytosolic Shuttling And Its Eps15 Interactor Nh(2)-Terminal Homology (Enth) Domain, Structurally Similar To Armadillo And Heat Repeats, Interacts With The ...タイトル: Epsin 1 Undergoes Nucleocytosolic Shuttling And Its Eps15 Interactor Nh(2)-Terminal Homology (Enth) Domain, Structurally Similar To Armadillo And Heat Repeats, Interacts With The Transcription Factor Promyelocytic Leukemia Zn(2)+ Finger Protein (Plzf).
著者: Hyman, J. / Chen, H. / Di Fiore, P.P. / De Camilli, P. / Brunger, A.T.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Curvature Of Clathrin-Coated Pits Driven By Epsin.
著者: Ford, M.G. / Mills, I.G. / Peter, B.J. / Vallis, Y. / Praefcke, G.J. / Evans, P.R. / Mcmahon, H.T.
履歴
登録2016年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年12月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epsin 1
B: Epsin 1
C: Epsin 1
D: Epsin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2586
ポリマ－67,0684
非ポリマー1902
水14,826823
1
A: Epsin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7671
ポリマ－16,7671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epsin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8622
ポリマ－16,7671
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Epsin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8622
ポリマ－16,7671
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Epsin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7671
ポリマ－16,7671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.364, 51.724, 64.639
Angle α, β, γ (deg.)89.33, 76.37, 79.74
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Epsin 1


分子量: 16767.115 Da / 分子数: 4 / 断片: ENTH DOMAIN RESIDUES 18-157 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: epn1 / プラスミド: PGST P.2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: F1Q523, UniProt: F1Q5Z9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 19% (W/V) PEG 3350, 0.1M POTASSIUM PHOSPHATE MONOBASIC MONOHYDRATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 292K
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97881 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月20日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97881 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→62.788 Å / Num. obs: 95136 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 15.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.41→1.46 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H0A

1h0a


解像度: 1.41→40.49 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 4738 4.98 %
Rwork0.154 --
obs0.157 95053 93.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→40.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 10 823 5309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1346563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3741966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006844
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4091-1.42510.29071540.18682796X-RAY DIFFRACTION87
1.4251-1.44190.26871430.17122931X-RAY DIFFRACTION91
1.4419-1.45950.25591590.15872943X-RAY DIFFRACTION92
1.4595-1.47790.25461400.15392966X-RAY DIFFRACTION92
1.4779-1.49740.22021410.15272955X-RAY DIFFRACTION93
1.4974-1.51790.2621800.15652990X-RAY DIFFRACTION91
1.5179-1.53960.24331330.15732954X-RAY DIFFRACTION93
1.5396-1.56260.22181220.14672967X-RAY DIFFRACTION91
1.5626-1.5870.23051540.13462866X-RAY DIFFRACTION90
1.587-1.6130.20661650.13592929X-RAY DIFFRACTION91
1.613-1.64080.23871590.13742988X-RAY DIFFRACTION93
1.6408-1.67070.2111460.13513083X-RAY DIFFRACTION95
1.6707-1.70280.23061650.1372990X-RAY DIFFRACTION94
1.7028-1.73750.1971590.13453045X-RAY DIFFRACTION94
1.7375-1.77530.20761720.14343036X-RAY DIFFRACTION95
1.7753-1.81660.20381340.14743025X-RAY DIFFRACTION95
1.8166-1.86210.22821530.15123014X-RAY DIFFRACTION93
1.8621-1.91240.22421550.15482982X-RAY DIFFRACTION92
1.9124-1.96870.20231600.15473024X-RAY DIFFRACTION96
1.9687-2.03220.2241590.15043087X-RAY DIFFRACTION95
2.0322-2.10480.2121440.14263052X-RAY DIFFRACTION95
2.1048-2.18910.2061680.14293094X-RAY DIFFRACTION96
2.1891-2.28870.17131530.13573053X-RAY DIFFRACTION96
2.2887-2.40940.19121860.1443014X-RAY DIFFRACTION94
2.4094-2.56030.18611740.14623091X-RAY DIFFRACTION97
2.5603-2.7580.18571830.15133092X-RAY DIFFRACTION97
2.758-3.03540.2011690.16043131X-RAY DIFFRACTION97
3.0354-3.47450.19711700.16113054X-RAY DIFFRACTION96
3.4745-4.37660.17431820.1513085X-RAY DIFFRACTION97
4.3766-40.51180.20111560.19833078X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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