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- PDB-5lnv: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Pdx1-I320 complex from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lnv
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana Pdx1-I320 complex from multiple crystals
要素Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
キーワードLYASE / beta/alpha barrel / pyridoxal phosphate synthase / glutamine amidotransferase / vitamin B6 biosythesis
機能・相同性
機能・相同性情報


response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / hyperosmotic salinity response / pyridoxal phosphate biosynthetic process / response to UV-B / amino acid metabolic process / endomembrane system ...response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / hyperosmotic salinity response / pyridoxal phosphate biosynthetic process / response to UV-B / amino acid metabolic process / endomembrane system / response to salt stress / response to oxidative stress / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(4~{S})-4-azanyl-5-oxidanyl-pent-1-en-3-one / PHOSPHATE ION / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. ...Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. / Ealick, S.E. / Begley, T.P. / Tews, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Diamond Light SourceFunding for PhD of M. Rodrigues 英国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
著者: Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. / Ealick, S.E. / Begley, T.P. / Tews, I.
履歴
登録2016年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年2月22日Group: Database references
改定 1.32018年9月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation_author / diffrn ...citation_author / diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,08616
ポリマ－136,8614
非ポリマー1,22512
水10,323573
1
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,25848
ポリマ－410,58412
非ポリマー3,67436
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.576, 178.576, 117.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))
21(chain B and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))
31(chain C and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))
41(chain D and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))A98
121(chain A and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))A166
131(chain A and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))A500
211(chain B and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))B98
221(chain B and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))B166
231(chain B and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))B500
311(chain C and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))C98
321(chain C and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))C166
331(chain C and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))C500
411(chain D and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))D98
421(chain D and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))D166
431(chain D and (resseq 98 or resseq 166 or resseq 500))D500

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要素

#1: タンパク質
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3 / PLP synthase subunit PDX1.3


分子量: 34215.297 Da / 分子数: 4 / 断片: PLP synthase subunit Pdx1.3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PDX13, GIP2, PDX1L3, RSR4, At5g01410, T10O8.120 / プラスミド: pET-21a-d(+) / 詳細 (発現宿主): NdeI/XhoI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8L940, pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-KIK / (4~{S})-4-azanyl-5-oxidanyl-pent-1-en-3-one


分子量: 115.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 % / Mosaicity: 0.12 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M Tris pH7,1-8.5, 0.4 M sodium acetate pH5.5, 4.8-11.85%(w/v) PEG4000

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.976253
シンクロトロンESRF ID23-130.976253
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2013年12月15日
DECTRIS PILATUS3 6M3PIXEL2013年12月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9762531
30.9762531
反射解像度: 2.24→46.75 Å / Num. obs: 66626 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 26.38 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.246 / Net I/σ(I): 30.5 / Num. measured all: 284330 / Scaling rejects: 1710
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.24-2.294.21.3610.426199.2
10.51-46.754.50.0810.991196.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.24→46.748 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 23.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 3294 5.06 %
Rwork0.1774 --
obs0.1795 65127 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.99 Å2 / Biso mean: 30.059 Å2 / Biso min: 10.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→46.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8289 0 68 573 8930
Biso mean--36.75 31.43 -
残基数----1106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35511435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8115168
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A25X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
12B25X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
13C25X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
14D25X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.24-2.2720.34421370.30682479261694
2.272-2.3060.34731170.27912502261993
2.306-2.3420.29391300.26212520265095
2.342-2.38040.28691480.2472500264895
2.3804-2.42140.30521470.24262496264395
2.4214-2.46550.28921440.22322541268596
2.4655-2.51290.25741480.222530267896
2.5129-2.56420.24911440.20772559270396
2.5642-2.61990.31791270.21132558268596
2.6199-2.68080.24411080.19782599270797
2.6808-2.74790.23431460.18372565271197
2.7479-2.82220.27281290.18452566269597
2.8222-2.90520.25121490.19052559270898
2.9052-2.9990.22531320.19522606273898
2.999-3.10610.23141410.1742596273798
3.1061-3.23050.23511190.18042666278599
3.2305-3.37740.21071640.1642578274299
3.3774-3.55550.23351360.17082672280899
3.5555-3.77810.17211280.15632602273099
3.7781-4.06970.20931450.14582646279199
4.0697-4.47890.17061220.1362635275799
4.4789-5.12630.15181420.13422631277399
5.1263-6.4560.16391450.16372635278099
6.456-46.75810.16241460.14282592273898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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