PDB-5lnt: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Pdx1K166R-preI320 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lnt

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana Pdx1K166R-preI320 complex

要素

Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

キーワード

LYASE / beta/alpha barrel / pyridoxal phosphate synthase / glutamine amidotransferase / vitamin B6 biosythesis

機能・相同性

機能・相同性情報

amine-lyase activity / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / amino acid metabolic process / chloroplast / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. ...

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
著者: Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. / Ealick, S.E. / Begley, T.P. / Tews, I.

履歴

登録	2016年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月22日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lnt.cif.gz	215.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lnt.ent.gz	177 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lnt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lnt_validation.pdf.gz	469.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lnt_full_validation.pdf.gz	474.6 KB	表示
XML形式データ	5lnt_validation.xml.gz	41.7 KB	表示
CIF形式データ	5lnt_validation.cif.gz	59.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lnrC 5lnsC 5lnuC 5lnvC 5lnwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lnu-1 5k2z-1 4jdy-1 5lns-1 5lnv-1 2zbt-1 5lnw-1 6hxg-1 5k2z-2 5k3v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
410 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.900, 177.900, 115.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1 / PLP synthase subunit PDX1.1 / HEVER-like protein 分子量: 33887.918 Da / 分子数: 4 / 断片: PLP SYNTHASE SUBUNIT PDX1.1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PDX11, PDX1L1, At2g38230, F16M14.16 / プラスミド: pET-21a-d(+) / 詳細 (発現宿主): NdeI/XhoI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O80448, pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-KPR / [(~{E},4~{S})-4-azanyl-3-oxidanylidene-pent-1-enyl] dihydrogen phosphate 分子量: 195.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀NO₅P
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 15%(w/v) PEG8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.933 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月4日

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→25 Å / Num. obs: 58683 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 1 / Net I/av σ(I): 12.936 / Net I/σ(I): 25.1 / Num. measured all: 331737

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.32-2.35	5.6	0.336	1	100
2.35-2.39	5.6	0.309	1	100
2.39-2.42	5.6	0.294	1	100
2.42-2.46	5.6	0.267	1	100
2.46-2.5	5.6	0.261	1	100
2.5-2.54	5.6	0.243	1	100
2.54-2.59	5.6	0.221	1	100
2.59-2.64	5.7	0.197	1	100
2.64-2.69	5.6	0.179	1	100
2.69-2.75	5.7	0.163	1	100
2.75-2.81	5.7	0.155	1	100
2.81-2.88	5.7	0.147	1	100
2.88-2.96	5.7	0.135	1	100
2.96-3.05	5.7	0.12	1	100
3.05-3.15	5.7	0.108	1	100
3.15-3.26	5.7	0.101	1	100
3.26-3.39	5.7	0.091	1	100
3.39-3.54	5.7	0.087	1	99.9
3.54-3.73	5.7	0.082	1	99.9
3.73-3.96	5.7	0.082	1	99.6
3.96-4.27	5.7	0.085	1	99.7
4.27-4.69	5.6	0.084	1	99.5
4.69-5.37	5.7	0.072	1	99.7
5.37-6.74	5.7	0.062	1	99.9
6.74-25	5.7	0.055	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.32→24.736 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1959	2927	4.99 %
R_work	0.1477	-	-
obs	0.1501	58635	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.19 Å² / B_iso mean: 36.3407 Å² / B_iso min: 13.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.32→24.736 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8043	0	20	412	8475
B_iso mean	-	-	36.97	36.39	-
残基数	-	-	-	-	1088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8155
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	11036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.562	4965

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.32-2.358	0.2844	138	0.1956	2656	2794	100
2.358-2.3987	0.2482	146	0.1876	2668	2814	100
2.3987-2.4422	0.2823	149	0.1699	2653	2802	100
2.4422-2.4892	0.2491	145	0.1711	2642	2787	100
2.4892-2.5399	0.2541	130	0.1716	2667	2797	100
2.5399-2.5951	0.2131	156	0.1601	2621	2777	100
2.5951-2.6554	0.2604	140	0.1602	2659	2799	100
2.6554-2.7217	0.2341	144	0.1537	2651	2795	100
2.7217-2.7952	0.2444	134	0.1616	2671	2805	100
2.7952-2.8774	0.2502	136	0.1678	2625	2761	100
2.8774-2.9701	0.2196	139	0.1696	2698	2837	100
2.9701-3.076	0.2369	125	0.1682	2638	2763	100
3.076-3.199	0.2539	139	0.1738	2664	2803	100
3.199-3.3442	0.2171	126	0.1658	2656	2782	100
3.3442-3.5201	0.1804	131	0.1545	2652	2783	100
3.5201-3.7399	0.214	152	0.1484	2647	2799	100
3.7399-4.0275	0.1684	136	0.1303	2652	2788	100
4.0275-4.4308	0.1379	158	0.1155	2635	2793	100
4.4308-5.0671	0.1257	124	0.113	2652	2776	100
5.0671-6.366	0.1802	150	0.1407	2658	2808	100
6.366-24.737	0.1368	129	0.1276	2643	2772	99

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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