PDB-5lmw: Llama nanobody PorM_02

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lmw

タイトル

Llama nanobody PorM_02

要素

Nanobody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / NANOBODY / PORPHYROMONAS GINGIVALIS / TYPE 9 SECRETION SYSTEM

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Roche, J. / Gaubert, A. / Leone, P. / Roussel, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Camelid nanobodies used as crystallization chaperones for different constructs of PorM, a component of the type IX secretion system from Porphyromonas gingivalis.
著者: Duhoo, Y. / Roche, J. / Trinh, T.T.N. / Desmyter, A. / Gaubert, A. / Kellenberger, C. / Cambillau, C. / Roussel, A. / Leone, P.

履歴

登録	2016年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lmw.cif.gz	66.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lmw.ent.gz	48.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lmw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lmw_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lmw_full_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示
XML形式データ	5lmw_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	5lmw_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lmw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fwoC 5lmjC 5lz0C 4y7mS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6z1z-1 6z1z-2 3m3g-d 5xj3-11 5xj3-10 3jzq-2 5xqy-2 1ux7-d 3dvf-d 5fui-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nanobody

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.680, 65.680, 88.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: 抗体	Nanobody 分子量: 14518.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN6 / Cell (発現宿主): WK6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Tri-sodium Citrate PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.44 Å / Num. obs: 31805 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC_1/2: 0.627 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y7M

4y7m

解像度: 1.5→19.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.066 / SU R_free Blow DPI: 0.062 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.056

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	1592	5.02 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.188	31733	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.0936 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.0936 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.1872 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→19.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	934	0	6	213	1153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	978	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	1321	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		344	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		22	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		149	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		978	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.43
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.51
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		119	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1199	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.55 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	143	5.02 %
R_work	0.218	2708	-
all	0.218	2851	-
obs	-	-	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.5416 Å / Origin y: -19.3186 Å / Origin z: 9.4822 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0727 Å²	0.0062 Å²	-0.0093 Å²	-	-0.0048 Å²	0.0108 Å²	-	-	-0.0001 Å²
L	2.0951 °²	0.6078 °²	0.4695 °²	-	1.1975 °²	0.0095 °²	-	-	0.7778 °²
S	-0.0221 Å °	0.1178 Å °	-0.0094 Å °	-0.0573 Å °	0.0287 Å °	-0.0116 Å °	0.0339 Å °	-0.0196 Å °	-0.0065 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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