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万見
- PDB-5lmf: Structure of C-terminal domain from S. cerevisiae Pat1 decapping ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lmf
タイトルStructure of C-terminal domain from S. cerevisiae Pat1 decapping activator bound to Dcp2 HLM3 peptide (region 484-500)
要素
  • DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1
  • mRNA decapping protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Protein peptide complex / ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA decapping complex / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / Lsm1-7-Pat1 complex / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / cytoplasmic side of membrane ...RNA decapping complex / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / Lsm1-7-Pat1 complex / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / cytoplasmic side of membrane / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / formation of translation preinitiation complex / P-body assembly / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / stress granule assembly / negative regulation of translational initiation / P-body / mRNA processing / kinetochore / cytoplasmic stress granule / manganese ion binding / cytosolic small ribosomal subunit / hydrolase activity / cell cycle / cell division / mRNA binding / chromatin binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
mRNA decay factor PAT1 domain / Pat1-like / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. ...mRNA decay factor PAT1 domain / Pat1-like / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA decapping protein 2 / Deadenylation-dependent mRNA-decapping factor PAT1 / m7GpppN-mRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Charenton, C. / Gaudon-Plesse, C. / Fourati, Z. / Taverniti, V. / Back, R. / Kolesnikova, O. / Seraphin, B. / Graille, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: A unique surface on Pat1 C-terminal domain directly interacts with Dcp2 decapping enzyme and Xrn1 5'-3' mRNA exonuclease in yeast.
著者: Charenton, C. / Gaudon-Plesse, C. / Fourati, Z. / Taverniti, V. / Back, R. / Kolesnikova, O. / Seraphin, B. / Graille, M.
履歴
登録2016年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42018年9月26日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / struct / Item: _struct.title
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1
B: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1
C: mRNA decapping protein 2
D: mRNA decapping protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,89916
ポリマ－88,2454
非ポリマー65412
水2,576143
1
A: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1
D: mRNA decapping protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3697
ポリマ－44,1232
非ポリマー2465
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
2
B: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1
C: mRNA decapping protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5309
ポリマ－44,1232
非ポリマー4087
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.360, 122.920, 126.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

MG

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1 / Decapping activator and translational repressor PAT1 / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / ...Decapping activator and translational repressor PAT1 / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / mRNA turnover protein 1


分子量: 42282.438 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 437-795 / 変異: Q706A/L713A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PAT1, MRT1, YCR077C, YCR77C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25644
#2: タンパク質・ペプチド mRNA decapping protein 2 / Dcp2 decapping factor


分子量: 1840.106 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 483-499 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: B3LNX5, UniProt: P53550*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 155分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2 ; 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 41458 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / CC1/2: 0.459 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OGP

4ogp


解像度: 2.15→31.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.196
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2062 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.213 41247 97.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 152.71 Å2 / Biso mean: 60.67 Å2 / Biso min: 32.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.3984 Å20 Å20 Å2
2--5.4051 Å20 Å2
3----18.8035 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→31.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5409 0 39 143 5591
Biso mean--61.61 50.57 -
残基数----664
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2037SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes163HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes744HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5518HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion758SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6602SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5518HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7419HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.54
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 149 5 %
Rwork0.29 2833 -
all-2982 -
obs--97.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8134-0.45160.29061.0921-0.32090.49420.0156-0.0831-0.0486-0.01090.01140.1277-0.0279-0.0835-0.0271-0.1628-0.0011-0.007-0.15510.02860.086512.816723.044636.4588
20.705-0.46210.20941.8971-0.12880.57860.0678-0.0013-0.0602-0.1732-0.11570.28260.09520.03890.0479-0.1904-0.0032-0.0334-0.2083-0.01160.07826.61957.778832.5149
30.4356-1.19160.3241.70570.28561.3442-0.0059-0.0086-0.00020.081-0.0324-0.01630.05880.05020.03820.0350.0717-0.0484-0.16190.01380.107838.4124-8.11753.9925
42.417-0.6627-0.95180.34460.69570.31460.0290.04870.0057-0.0583-0.0130.0393-0.06630.0893-0.016-0.07770.0617-0.0878-0.054-0.03020.11661.160239.262914.7615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A472 - 796
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B473 - 796
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C484 - 500
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D484 - 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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