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万見
- PDB-5lke: Bovine beta-lactoglobulin complex with myristic acid, ambient pressure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lke
タイトルBovine beta-lactoglobulin complex with myristic acid, ambient pressure
要素Beta-lactoglobulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BETA-LACTOGLOBULIN / LIPOCALIN
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kurpiewska, K. / Lewinski, K. / Garbacz, K.
引用ジャーナル: Food Chem / 年: 2019
タイトル: Towards understanding the effect of high pressure on food protein allergenicity: beta-lactoglobulin structural studies.
著者: Kurpiewska, K. / Biela, A. / Loch, J.I. / Lipowska, J. / Siuda, M. / Lewinski, K.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_remark / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_PDB_remark.text
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5302
ポリマ－18,3011
非ポリマー2281
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.179, 54.179, 112.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin / Beta-LG


分子量: 18301.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.34 M CITRIC SODIUM, 0.1 Tris-HCL, PH 7.5,

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 0.7107 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→13.95 Å / Num. obs: 4969 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 28.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.283 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.9528.41.3950.887198.9
8.85-13.9518.40.0680.997176.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å13.95 Å
Translation2.8 Å13.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
CrysalisProデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UEV

3uev


解像度: 2.8→13.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 18.213 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.496
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3126 508 10.2 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.1927 4458 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.61 Å2 / Biso mean: 42.559 Å2 / Biso min: 15.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→13.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1272 0 16 18 1306
Biso mean--47.22 35.56 -
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6642.0041781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79633057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1075163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.35726.60453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.80715249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.784153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5844.076649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5864.074648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0386.099810
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 28 -
Rwork0.248 329 -
all-357 -
obs--98.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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