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- PDB-5ljy: Structure of hantavirus envelope glycoprotein Gc in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ljy
タイトルStructure of hantavirus envelope glycoprotein Gc in complex with scFv A5
要素
  • Envelopment polyprotein
  • scFvA5
キーワードVIRAL PROTEIN / Hantavirus / Glycoprotein / Viral fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response ...suppression by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal ...: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Guardado-Calvo, P. / Stettner, E. / Jeffers, S.A. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Mechanistic Insight into Bunyavirus-Induced Membrane Fusion from Structure-Function Analyses of the Hantavirus Envelope Glycoprotein Gc.
著者: Guardado-Calvo, P. / Bignon, E.A. / Stettner, E. / Jeffers, S.A. / Perez-Vargas, J. / Pehau-Arnaudet, G. / Tortorici, M.A. / Jestin, J.L. / England, P. / Tischler, N.D. / Rey, F.A.
履歴
登録2016年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
H: scFvA5
L: scFvA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9785
ポリマ－112,5953
非ポリマー3822
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area29000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.623, 148.795, 37.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / Glycoprotein precursor / M polyprotein / glycoprotein Gc


分子量: 54339.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hantaan virus (strain 76-118) (ウイルス)
遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08668
#2: 抗体 scFvA5


分子量: 29127.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: CoH18N6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 60 mM Na-HEPES 7.5, 40 mM hexamine cobalt chloride salt, 13.45% (w/v) PEG 4K, 7.4% (v/v) 2-propanol, and 1% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→29.76 Å / Num. obs: 13990 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 50.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.922 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.886 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1471精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→29.268 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 993 7.13 %
Rwork0.2125 --
obs0.2165 13932 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4571 0 21 2 4594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1036362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0481680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.15820.34761580.31451810X-RAY DIFFRACTION99
3.1582-3.35580.39041420.26451757X-RAY DIFFRACTION100
3.3558-3.61440.33251460.24171820X-RAY DIFFRACTION100
3.6144-3.97740.27091360.22591831X-RAY DIFFRACTION100
3.9774-4.55110.24371280.1851851X-RAY DIFFRACTION100
4.5511-5.72680.21041140.17451898X-RAY DIFFRACTION100
5.7268-29.26970.25191690.20971972X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93652.80571.78164.66523.04932.40620.0324-0.27040.39240.2038-0.39010.28110.0584-0.11690.00070.57980.01160.02760.56920.03750.625155.883189.895755.9406
24.15065.08732.22948.12033.64111.9773-0.0016-0.0437-0.2530.0025-0.0079-0.6731-0.00730.0426-0.00070.57660.03240.04690.59870.11190.674865.701897.216258.9804
34.8595-1.0292-1.12771.66572.15722.7529-0.2072-0.1269-0.03720.80470.1332-0.73430.03230.02020.00010.67640.0082-0.12710.6861-0.13560.567217.880747.590841.0683
45.9903-0.3131-0.74314.78811.55091.49760.0388-0.06990.0353-0.43280.3255-0.9393-0.74270.50330.00040.9336-0.25420.03070.7533-0.13420.841275.8399142.399577.7044
57.59770.806-1.76764.52172.27361.8932-0.1382-0.3281-0.69210.04080.1123-0.70660.0204-0.2560.0030.7065-0.0563-0.10840.57250.1340.474960.2932126.536681.7671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 180 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 181 through 313 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 314 through 414 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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