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- PDB-5ljh: Crystal structure of human apo CRBP1/K40L mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ljh
タイトルCrystal structure of human apo CRBP1/K40L mutant
要素Retinol-binding protein 1
キーワードretinol-binding protein / Retinol / Vitamin A / RBP
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol binding / retinoic acid biosynthetic process / vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / lipid homeostasis / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport ...all-trans-retinol binding / retinoic acid biosynthetic process / vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / lipid homeostasis / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / lipid droplet / fatty acid binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retinol-binding protein 1 / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinol-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Zanotti, G. / Vallese, F. / Berni, R. / Menozzi, I.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural and molecular determinants affecting the interaction of retinol with human CRBP1.
著者: Menozzi, I. / Vallese, F. / Polverini, E. / Folli, C. / Berni, R. / Zanotti, G.
履歴
登録2016年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8782
ポリマ－15,8551
非ポリマー231
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.531, 47.603, 77.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Retinol-binding protein 1 / Cellular retinol-binding protein / CRBP / Cellular retinol-binding protein I / CRBP-I


分子量: 15855.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP1, CRBP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09455
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 0.2 M ammonium chloride, 0.1 M sodium acetate, 0.2 mM zinc chloride, pH 5,0, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→47.6 Å / Num. obs: 20143 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.52→1.61 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LJB

5ljb


解像度: 1.52→40.63 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 18.96
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 1862 4.99 %Random selection
Rwork0.169 ---
obs0.171 20095 98.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→40.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1102 0 1 142 1245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4211520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.161428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5235-1.56470.27051220.25972385X-RAY DIFFRACTION86
1.5647-1.61080.2641450.23042729X-RAY DIFFRACTION99
1.6108-1.66280.2391480.22032775X-RAY DIFFRACTION99
1.6628-1.72220.22551530.19972771X-RAY DIFFRACTION100
1.7222-1.79120.24691460.18932731X-RAY DIFFRACTION100
1.7912-1.87270.19731410.18662763X-RAY DIFFRACTION100
1.8727-1.97140.21561470.17782760X-RAY DIFFRACTION100
1.9714-2.09490.18141460.16712770X-RAY DIFFRACTION100
2.0949-2.25670.19841430.16312772X-RAY DIFFRACTION99
2.2567-2.48370.17351460.17132747X-RAY DIFFRACTION99
2.4837-2.8430.21121390.17152762X-RAY DIFFRACTION99
2.843-3.58160.22541400.15812731X-RAY DIFFRACTION99
3.5816-40.640.1561460.15192759X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.8622 Å / Origin y: 0.1681 Å / Origin z: -7.1266 Å
111213212223313233
T0.1562 Å20.0015 Å20.0023 Å2-0.1539 Å2-0.0125 Å2--0.1422 Å2
L0.9053 °20.0951 °20.3098 °2-1.3764 °20.6553 °2--0.9863 °2
S0.1092 Å °0.0591 Å °-0.0368 Å °0.1801 Å °-0.0235 Å °-0.0784 Å °0.1432 Å °0.0275 Å °0.0004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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