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- PDB-5lj7: Structure of Aggregatibacter actinomycetemcomitans MacB bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lj7
タイトルStructure of Aggregatibacter actinomycetemcomitans MacB bound to ATP (P21)
要素Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane Protein / ABC Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / transmembrane transporter activity / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...: / Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
類似検索 - 構成要素
生物種Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Crow, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N000994/1 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure and mechanotransmission mechanism of the MacB ABC transporter superfamily.
著者: Crow, A. / Greene, N.P. / Kaplan, E. / Koronakis, V.
履歴
登録2016年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
B: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,2926
ポリマ－144,2292
非ポリマー1,0634
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area52360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.328, 82.610, 125.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量: 72114.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
遺伝子: macB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: Q2EHL8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.93 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 400, Sodium Citrate, Magnesium Chloride, ATPyS, Dodecylmaltopyranoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→86.13 Å / Num. obs: 70100 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル最高解像度: 3.25 Å / Rsym value: 1.317

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2196: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LIL

5lil


解像度: 3.25→86.126 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 36.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 3407 4.86 %
Rwork0.2462 --
obs0.2488 70100 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→86.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9058 0 64 4 9126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039211
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57712419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7295620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.29640.36571450.34412834X-RAY DIFFRACTION100
3.2964-3.34560.44241550.32572701X-RAY DIFFRACTION99
3.3456-3.39790.35241440.3292834X-RAY DIFFRACTION99
3.3979-3.45360.35581180.29612806X-RAY DIFFRACTION99
3.4536-3.51320.4197900.28452828X-RAY DIFFRACTION99
3.5132-3.57710.32121350.27222826X-RAY DIFFRACTION99
3.5771-3.64590.2741240.25762732X-RAY DIFFRACTION100
3.6459-3.72030.29961440.25952759X-RAY DIFFRACTION99
3.7203-3.80120.29141810.24622821X-RAY DIFFRACTION99
3.8012-3.88960.35591810.24122724X-RAY DIFFRACTION100
3.8896-3.98690.25451380.23832811X-RAY DIFFRACTION99
3.9869-4.09470.33611550.23812730X-RAY DIFFRACTION99
4.0947-4.21520.291370.23522741X-RAY DIFFRACTION99
4.2152-4.35120.29341100.21982913X-RAY DIFFRACTION99
4.3512-4.50670.31721010.21072761X-RAY DIFFRACTION99
4.5067-4.68720.25641620.21012686X-RAY DIFFRACTION95
4.6872-4.90050.2871420.20552718X-RAY DIFFRACTION99
4.9005-5.15880.26281660.21632812X-RAY DIFFRACTION99
5.1588-5.4820.27851100.22972798X-RAY DIFFRACTION99
5.482-5.90510.27341380.24512803X-RAY DIFFRACTION100
5.9051-6.49920.30221390.2622806X-RAY DIFFRACTION100
6.4992-7.43920.29151560.2452781X-RAY DIFFRACTION100
7.4392-9.37080.22271760.21132769X-RAY DIFFRACTION100
9.3708-86.15660.32831600.27522699X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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