PDB-5lif: Thermolysin in complex with inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lif

タイトル

Thermolysin in complex with inhibitor

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Elucidating the Origin of Long Residence Time Binding for Inhibitors of the Metalloprotease Thermolysin.
著者: Cramer, J. / Krimmer, S.G. / Fridh, V. / Wulsdorf, T. / Karlsson, R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lif.cif.gz	207.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lif.ent.gz	166.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lif_validation.pdf.gz	945.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lif_full_validation.pdf.gz	945.8 KB	表示
XML形式データ	5lif_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	5lif_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5lif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5lif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lwdC 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3do1-d 3do2-d 6d5t-d 5jt9-d 5wr2-d 1kto-d 5taj-d 6yi6-d 5n34-d 6sbk-d 5onr-d 5fxn-d 1ks7-d 2whz-d 5mnr-d 1kei-d 7akn-d 5wr5-d 4mxj-d 6sc0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.801, 91.801, 130.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-786- HOH
2	1	E-831- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 418分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-6XO / (2~{S})-3-cyclohexyl-2-[[(2~{S})-4-methyl-2-[[oxidanyl(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphoryl]amino]pentanoyl]amino]propanoic acid 分子量: 511.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₈N₃O₇P
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→50 Å / Num. obs: 77996 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 27.34
反射シェル	解像度: 1.31→1.39 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5.24 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.31→19.663 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 10.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1358	3900	5 %
R_work	0.1125	-	-
obs	0.1136	77996	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→19.663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2419	0	64	407	2890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	3562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.12	900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	377
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	469

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3086-1.3246	0.3012	131	0.2963	2493	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3246-1.3413	0.2626	136	0.2316	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3413-1.359	0.217	138	0.199	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.359-1.3776	0.1892	136	0.1514	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3776-1.3973	0.136	139	0.1277	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3973-1.4181	0.1267	136	0.1074	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4181-1.4403	0.1488	137	0.1002	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4403-1.4639	0.1221	138	0.0997	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4639-1.4891	0.1511	139	0.0953	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4891-1.5162	0.1353	136	0.0998	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5162-1.5453	0.1258	139	0.1002	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5453-1.5769	0.1329	137	0.1055	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5769-1.6111	0.167	139	0.106	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6111-1.6486	0.1346	138	0.0931	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6486-1.6898	0.1157	138	0.0862	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6898-1.7355	0.1304	139	0.0889	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7355-1.7865	0.1138	139	0.0895	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7865-1.8441	0.1231	139	0.0914	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8441-1.91	0.1198	138	0.0942	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.9864	0.1169	141	0.0976	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9864-2.0767	0.1429	139	0.1072	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0767-2.1861	0.1319	141	0.0981	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1861-2.3228	0.1196	140	0.1006	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3228-2.5018	0.1362	142	0.1057	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5018-2.753	0.1158	142	0.1039	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.753-3.15	0.1309	143	0.11	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.9633	0.1442	145	0.1246	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9633-19.6647	0.1316	155	0.138	2927	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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