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- PDB-5li9: Structure of a nucleotide-bound form of PKCiota core kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5li9
タイトルStructure of a nucleotide-bound form of PKCiota core kinase domain
要素Protein kinase C iota type
キーワードTRANSFERASE / aPKC / Polarity / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi vesicle budding / PAR polarity complex / Tight junction interactions / establishment of apical/basal cell polarity / protein kinase C / eye photoreceptor cell development / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / negative regulation of glial cell apoptotic process / Schmidt-Lanterman incisure / membrane organization ...Golgi vesicle budding / PAR polarity complex / Tight junction interactions / establishment of apical/basal cell polarity / protein kinase C / eye photoreceptor cell development / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / negative regulation of glial cell apoptotic process / Schmidt-Lanterman incisure / membrane organization / cellular response to chemical stress / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cell-cell junction organization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / tight junction / protein targeting to membrane / intercellular bridge / positive regulation of Notch signaling pathway / cell leading edge / brush border / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / bicellular tight junction / vesicle-mediated transport / positive regulation of glial cell proliferation / cytoskeleton organization / p75NTR recruits signalling complexes / response to interleukin-1 / secretion / actin filament organization / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein localization to plasma membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / phospholipid binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of neuron projection development / cellular response to insulin stimulus / microtubule cytoskeleton / KEAP1-NFE2L2 pathway / cell migration / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / protein kinase activity / intracellular signal transduction / endosome / protein phosphorylation / apical plasma membrane / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain ...Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ACETATE ION / FORMIC ACID / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein kinase C iota type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Ivanova, M.E. / Purkiss, A.G. / McDonald, N.Q.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2016
タイトル: aPKC Inhibition by Par3 CR3 Flanking Regions Controls Substrate Access and Underpins Apical-Junctional Polarization.
著者: Soriano, E.V. / Ivanova, M.E. / Fletcher, G. / Riou, P. / Knowles, P.P. / Barnouin, K. / Purkiss, A. / Kostelecky, B. / Saiu, P. / Linch, M. / Elbediwy, A. / Kjr, S. / O'Reilly, N. / ...著者: Soriano, E.V. / Ivanova, M.E. / Fletcher, G. / Riou, P. / Knowles, P.P. / Barnouin, K. / Purkiss, A. / Kostelecky, B. / Saiu, P. / Linch, M. / Elbediwy, A. / Kjr, S. / O'Reilly, N. / Snijders, A.P. / Parker, P.J. / Thompson, B.J. / McDonald, N.Q.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C iota type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,93216
ポリマ－40,4811
非ポリマー1,45115
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.806, 65.143, 87.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein kinase C iota type / Atypical protein kinase C-lambda/iota / aPKC-lambda/iota / nPKC-iota


分子量: 40480.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKCI, DXS1179E / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41743, protein kinase C

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非ポリマー , 7種, 259分子

#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 25% Morpheus precipitant mix 4, 10% Morpheus Carboxylic acids, Morpheus Buffer system 1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→52.233 Å / Num. obs: 33998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.92 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.798 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.62 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A8W

3a8w


解像度: 1.79→52.233 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.42
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 1717 5.08 %Random Selection
Rwork0.1877 ---
obs0.19 33825 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→52.233 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2642 0 91 244 2977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7653865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3561698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048409
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.84270.39441280.35762620X-RAY DIFFRACTION99
1.8427-1.90220.37151290.31852618X-RAY DIFFRACTION98
1.9022-1.97020.32621450.28222623X-RAY DIFFRACTION99
1.9702-2.0490.2511560.23242633X-RAY DIFFRACTION100
2.049-2.14230.261300.22542654X-RAY DIFFRACTION100
2.1423-2.25530.26241120.19752680X-RAY DIFFRACTION100
2.2553-2.39660.22171350.1882665X-RAY DIFFRACTION100
2.3966-2.58160.25111670.19812660X-RAY DIFFRACTION100
2.5816-2.84140.26751580.18772678X-RAY DIFFRACTION100
2.8414-3.25250.21961340.17092710X-RAY DIFFRACTION100
3.2525-4.09750.19731680.13842713X-RAY DIFFRACTION100
4.0975-52.25540.17221550.15372854X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9757-0.25970.48361.3006-0.60442.005-0.0220.03370.050.003-0.0798-0.11550.0430.1340.0770.0779-0.00580.00140.12420.00550.12253.67793.2698-7.0829
22.0187-0.12030.48162.3142-0.35181.83140.027-0.1445-0.06890.1329-0.03290.10190.0041-0.0560.0180.10830.0006-0.00340.1109-0.00790.0902-16.7438-0.8005-17.1966
31.9982-0.04830.04672.4185-0.5412.1449-0.04520.0873-0.0696-0.01850.04180.1433-0.004-0.1540.00740.12490.0273-0.04270.1517-0.04110.155-25.1880.4509-27.7582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 238 through 330)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 343 through 467 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 468 through 513 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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