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万見
- PDB-5lhq: The EGR-cmk active site inhibited catalytic domain of murine urok... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lhq
タイトルThe EGR-cmk active site inhibited catalytic domain of murine urokinase-type plasminogen activator in complex with the allosteric inhibitory nanobody Nb7
要素
  • Camelid-Derived Antibody Fragment Nb7
  • Urokinase-type plasminogen activator
キーワードHydrolase/Antibody / Trypsin-like serine proteases / Nanobody / Inhibitor / Hydrolase-Antibody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dissolution of Fibrin Clot / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex ...Dissolution of Fibrin Clot / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / Neutrophil degranulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. ...Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLU-GLY-ARG-CHLOROMETHYL KETONE / Chem-0GJ / Urokinase-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kromann-Hansen, T. / Lange, E.L. / Sorensen, H.P. / Ghassabeh, G.H. / Huang, M. / Jensen, J.K. / Muyldermans, S. / Declerck, P.J. / Andreasen, P.A.
資金援助 デンマーク, 中国, 4件
組織認可番号国
Danish National Research Foundation26-331-6 デンマーク
Natural Science Foundation of China31161130356, 31170707, 31370737 中国
Lundbeck FoundationR83-A7826 デンマーク
Carlsberg FoundationCF15-0814 デンマーク
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Discovery of a novel conformational equilibrium in urokinase-type plasminogen activator.
著者: Kromann-Hansen, T. / Louise Lange, E. / Peter Srensen, H. / Hassanzadeh-Ghassabeh, G. / Huang, M. / Jensen, J.K. / Muyldermans, S. / Declerck, P.J. / Komives, E.A. / Andreasen, P.A.
履歴
登録2016年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
B: Camelid-Derived Antibody Fragment Nb7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,43516
ポリマ－43,8582
非ポリマー1,57714
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.250, 94.250, 122.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / uPA


分子量: 27554.158 Da / 分子数: 1 / 変異: C122A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plau / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06869, u-plasminogen activator
#2: 抗体 Camelid-Derived Antibody Fragment Nb7


分子量: 16303.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 137分子

#3: 化合物 ChemComp-0GJ / L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 395.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28ClN6O5 / 参照: GLU-GLY-ARG-CHLOROMETHYL KETONE
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.79 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 100 mM HEPES, 1.6 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40.82 Å / Num. obs: 19919 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 21.91
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.966

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LHR and 4JVP

5lhr

4jvp


解像度: 2.6→40.811 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 996 5 %
Rwork0.1775 --
obs0.1795 19919 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2933 0 88 123 3144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5174175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8541100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6002-2.73730.3311400.27512659X-RAY DIFFRACTION100
2.7373-2.90870.30641390.25842645X-RAY DIFFRACTION100
2.9087-3.13320.32461420.232691X-RAY DIFFRACTION100
3.1332-3.44840.22481410.1922671X-RAY DIFFRACTION100
3.4484-3.9470.20591410.15962697X-RAY DIFFRACTION100
3.947-4.97140.15361450.13192736X-RAY DIFFRACTION100
4.9714-40.81650.20381480.17422824X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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