PDB-5le8: Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_D12_15_D12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5le8

タイトル

Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_D12_15_D12

要素

DD_D12_15_D12

キーワード

DE NOVO PROTEIN / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / rigid domain fusions

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Batyuk, A. / Wu, Y. / Mittl, P.R. / Plueckthun, A.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Rigidly connected multispecific artificial binders with adjustable geometries.
著者: Wu, Y. / Batyuk, A. / Honegger, A. / Brandl, F. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5le8.cif.gz	368.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5le8.ent.gz	308.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5le8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5le8_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5le8_full_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示
XML形式データ	5le8_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	5le8_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5le8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5le8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5le2C 5le3C 5le4C 5le6C 5le7C 5le9C 5leaC 5lebC 5lecC 5ledC 5leeC 5lelC 5lemC 5lw2C 1svxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o2h-d 4lb8-d 1q1t-d 2g7c-1 3h3d-2 3tpo-d 3h3d-1 2yjy-2 4u58-d 4mz5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DD_D12_15_D12

B: DD_D12_15_D12

ヘテロ分子

73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DD_D12_15_D12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DD_D12_15_D12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.760, 73.540, 77.980
Angle α, β, γ (deg.)	96.03, 103.43, 89.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	DD_D12_15_D12 分子量: 35606.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 3350 20% w/v, Sodium citrate 0.2 M, Bis-Tris propane 0.1 M, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→43.39 Å / Num. obs: 109030 / % possible obs: 95.44 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 8.62
反射シェル	解像度: 1.78→1.844 Å / R_merge(I) obs: 2.774

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(dev_2405:)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SVX chain A

1svx

解像度: 1.78→43.39 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2052	5382	5 %
R_work	0.1805	-	-
obs	0.1818	107655	95.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→43.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4821	0	103	532	5456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.721	6875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.449	2978
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	781
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7801-1.8003	0.4794	128	0.451	2481	X-RAY DIFFRACTION	69
1.8003-1.8215	0.3855	165	0.4199	3143	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8215-1.8437	0.4114	178	0.3944	3362	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8437-1.867	0.4385	178	0.3868	3367	X-RAY DIFFRACTION	95
1.867-1.8916	0.3885	178	0.39	3395	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8916-1.9175	0.3875	179	0.3768	3401	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9175-1.9449	0.3914	184	0.3724	3486	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9449-1.9739	0.336	179	0.3529	3390	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9739-2.0048	0.3197	180	0.3473	3417	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0048-2.0376	0.4082	181	0.374	3446	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0376-2.0728	0.3541	178	0.3274	3390	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0728-2.1105	0.3067	185	0.3142	3504	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1105-2.1511	0.2887	178	0.2822	3384	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1511-2.195	0.2671	182	0.2627	3460	X-RAY DIFFRACTION	96
2.195-2.2427	0.2945	180	0.2373	3428	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2427-2.2949	0.2659	184	0.211	3495	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2949-2.3523	0.2335	181	0.1952	3431	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3523-2.4158	0.2277	184	0.181	3484	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4158-2.4869	0.2136	183	0.1814	3496	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4869-2.5672	0.2136	182	0.171	3469	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5672-2.6589	0.2136	183	0.1676	3469	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6589-2.7654	0.1855	186	0.1684	3532	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7654-2.8912	0.2187	185	0.174	3526	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8912-3.0436	0.2105	185	0.1766	3507	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0436-3.2342	0.1881	182	0.1776	3461	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2342-3.4839	0.1809	183	0.1607	3481	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4839-3.8343	0.1723	184	0.1419	3496	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8343-4.3886	0.1574	183	0.1205	3481	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3886-5.5274	0.1338	182	0.1245	3441	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5274-43.4029	0.1631	182	0.1503	3450	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7161	-0.0475	1.4386	1.3146	0.7633	4.2257	0.0367	0.1973	-0.0145	-0.1463	-0.1378	0.0131	0.0876	-0.3985	0.1039	0.3057	-0.0067	0.0281	0.2886	0.0213	0.2192	-12.5818	-7.7522	-13.4092
2	0.3225	0.3297	0.1389	5.5461	0.5164	0.1762	0.0115	0.0583	-0.0923	-0.3031	-0.0123	-0.066	0.0074	-0.0149	0.0087	0.2702	-0.0168	0.0016	0.3065	-0.0106	0.3357	9.3102	28.2117	-3.573
3	3.2222	-0.3262	-0.9865	1.6161	0.9422	3.9672	-0.0926	-0.3741	-0.007	0.1417	-0.0964	0.0439	0.0012	-0.3994	0.1879	0.282	-0.0144	-0.0205	0.3397	0.016	0.2446	15.31	42.5071	22.4815
4	4.8289	-4.9461	3.506	5.0535	-3.5941	2.5473	0.2099	0.3154	0.3455	-0.4774	-0.2668	-1.0563	0.2414	0.2396	0.092	0.3149	0.0293	0.0363	0.3143	0.0053	0.4601	39.056	30.5098	11.6459
5	1.4908	0.2794	-0.0569	5.7627	0.8196	1.4754	0.0055	-0.148	0.1414	0.3246	-0.0565	0.0996	-0.0018	-0.1194	0.0535	0.2921	0.0151	0.0012	0.356	-0.0078	0.3491	35.9145	0.681	13.2619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 158 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 159 through 330 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 13 through 158 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 159 through 185 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 186 through 330 )

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