PDB-5le6: Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_D12_09_D12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5le6

タイトル

Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_D12_09_D12

要素

DD_D12_09_D12

キーワード

DE NOVO PROTEIN / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / rigid domain fusions

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Batyuk, A. / Wu, Y. / Mittl, P.R. / Plueckthun, A.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Rigidly connected multispecific artificial binders with adjustable geometries.
著者: Wu, Y. / Batyuk, A. / Honegger, A. / Brandl, F. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5le6.cif.gz	973.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5le6.ent.gz	828.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5le6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5le6_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5le6_full_validation.pdf.gz	491.8 KB	表示
XML形式データ	5le6_validation.xml.gz	76.9 KB	表示
CIF形式データ	5le6_validation.cif.gz	114.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5le6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5le6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5le2C 5le3C 5le4C 5le7C 5le8C 5le9C 5leaC 5lebC 5lecC 5ledC 5leeC 5lelC 5lemC 5lw2C 1svxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jk9-1 5jk9-5 5jk9-2 3qky-d 5jk9-6 3lne-d 2axw-d 5b5k-d 4uj8-4 4fvj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DD_D12_09_D12

B: DD_D12_09_D12

C: DD_D12_09_D12

D: DD_D12_09_D12

E: DD_D12_09_D12

F: DD_D12_09_D12

ヘテロ分子

210 kDa, 6 ポリマー
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1

A: DD_D12_09_D12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DD_D12_09_D12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DD_D12_09_D12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: DD_D12_09_D12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: DD_D12_09_D12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
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6

F: DD_D12_09_D12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	145.120, 145.120, 376.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	DD_D12_09_D12 分子量: 34852.227 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350 17% w/v, Na2SO4 0.2 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.26 Å / Num. obs: 215348 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 38.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.217 / Net I/σ(I): 19.99
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / R_merge(I) obs: 4.336

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(dev_2429)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SVX chain A

1svx

解像度: 1.8→48.26 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	10764	5 %
R_work	0.1922	-	-
obs	0.1939	215232	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13320	0	75	1758	15153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13677
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.727	18632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.413	7974
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2190
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2421

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.3861	354	0.3558	6730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8205-1.8419	0.3491	355	0.3455	6726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8644	0.3632	354	0.3246	6717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8644-1.888	0.3386	354	0.3067	6744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.888-1.9128	0.3335	353	0.3099	6687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	0.3478	354	0.3026	6739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.3147	354	0.2751	6730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.9961	0.2946	353	0.2581	6715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9961-2.0272	0.2895	356	0.248	6745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0605	0.2839	354	0.232	6730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.096	0.2734	354	0.2265	6730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.1341	0.2582	358	0.2216	6797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1752	0.2334	353	0.2033	6700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1752-2.2196	0.2253	357	0.195	6773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2196-2.2678	0.2289	357	0.1943	6795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3206	0.2302	355	0.1926	6744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.3786	0.2368	358	0.187	6801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3786-2.4429	0.2415	356	0.1835	6764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.5148	0.22	359	0.184	6804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5148-2.596	0.225	357	0.1754	6795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.6888	0.2279	360	0.1742	6825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6888-2.7964	0.2137	359	0.1769	6823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7964-2.9237	0.2253	359	0.1844	6821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9237-3.0778	0.2371	361	0.1926	6856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0778-3.2706	0.2138	361	0.1916	6854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2706-3.523	0.2124	363	0.1794	6906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.523-3.8774	0.1974	365	0.1654	6931	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8774-4.4381	0.187	367	0.1574	6983	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4381-5.5903	0.1824	372	0.161	7076	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5903-48.2771	0.2122	392	0.1911	7427	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7669	0.4089	-0.1415	0.8887	-0.0465	0.8739	-0.1569	0.1028	-0.003	-0.1914	0.0199	-0.1824	0.1073	0.0397	-0	0.2543	-0.0106	0.0397	0.2847	0.0602	0.2171	50.5551	68.2222	-15.5696
2	0.1432	0.3989	-0.049	1.1149	-0.4288	0.1283	-0.0504	0.13	-0.0169	-0.1267	0.0613	-0.1587	-0.0386	-0.0992	-0	0.3315	-0.0016	0.0421	0.2759	0.0328	0.2725	44.6467	44.2355	-5.163
3	0.7487	-0.2981	-0.3055	0.7525	0.231	0.8912	0.0007	0.0392	-0.2003	0.0158	-0.0769	0.1574	0.0181	-0.1457	0	0.2528	0.0098	0.0192	0.2655	-0.0012	0.2506	26.9202	24.1063	6.223
4	1.2367	-0.3277	0.5991	0.3249	0.3268	0.6599	-0.0697	0.1725	0.1876	-0.0447	-0.0602	-0.1098	-0.0275	0.0284	-0.0001	0.2846	-0.0124	0.0099	0.2708	0.0564	0.2105	59.5773	15.2982	-12.711
5	0.756	-0.0307	0.0029	0.7513	-0.5815	0.9315	-0.0423	-0.0068	-0.0244	-0.0794	-0.0117	-0.2728	0.1259	0.0034	0	0.2694	0.0042	-0.0008	0.221	0.0264	0.4008	101.0837	15.5526	4.4569
6	0.6553	0.0502	0.6238	0.7077	-0.0215	0.8868	-0.0186	-0.0446	0.2413	0.2202	-0.1333	0.125	0.0276	-0.0555	-0	0.3233	-0.0063	0.0266	0.2763	-0.0455	0.3216	27.6469	81.5754	15.2558
7	0.8361	0.9486	0.3138	0.7955	0.1429	0.332	0.0705	-0.0655	0.1784	0.0016	-0.0819	0.1759	0.008	-0.0462	-0	0.2669	-0.0199	0.0317	0.2839	-0.036	0.3444	9.8093	64.4227	5.1053
8	0.8181	-0.1044	-0.368	0.4358	0.344	0.5031	-0.0582	-0.0654	-0.1304	0.0054	0.0131	0.0681	0.1207	0.0099	0	0.2526	0.0099	0.0324	0.241	0.0189	0.276	1.3236	41.9932	-5.1535
9	0.0402	-0.0646	0.0151	0.092	0.0227	0.1704	0.0511	-0.015	-0.248	-0.1627	-0.1637	0.2045	0.6806	0.0219	-0.0007	0.4858	-0.0446	0.1196	0.2683	-0.0184	0.5583	0.0707	24.7787	-11.0464
10	0.9163	-0.2029	-0.2346	0.7881	-0.3934	0.9274	-0.0734	-0.1432	-0.2394	-0.0286	-0.005	-0.1615	0.185	0.0238	-0.0001	0.3444	0.0441	-0.0328	0.2945	0.093	0.3966	102.589	-5.0487	20.0888
11	1.3795	-0.1431	0.589	0.0735	-0.1324	0.4048	0.0275	-0.0776	0.0367	-0.0046	-0.0549	-0.0178	0.0841	-0.0074	0	0.2791	0.0174	-0.0022	0.2416	-0.0018	0.2164	61.7364	11.5134	12.0286
12	1.1334	-0.3514	-0.3342	0.7209	-0.1983	0.7943	-0.1888	-0.0995	-0.3628	-0.1977	0.0477	-0.0142	0.2474	0.1254	-0.0014	0.4075	0.0463	0.1091	0.2777	0.0216	0.3132	18.8934	28.2733	-19.6149
13	0.0023	0.0263	-0.017	0.837	-0.5405	0.3555	-0.2512	-0.1894	-0.0148	-0.335	-0.119	-0.3946	-0.121	0.1249	-0.0582	0.3593	0.0121	0.0483	0.3073	-0.0337	0.2342	21.2032	46.947	-23.5783
14	0.5021	0.4913	0.1377	1.1048	0.3441	0.1512	-0.0783	0.0753	0.1625	-0.0117	0.0318	0.0622	0.0148	0.0508	-0	0.2756	0.0092	-0.0174	0.252	0.0541	0.301	25.3672	74.3646	-12.0693
15	0.6226	0.2053	0.1883	0.8098	0.1713	0.2715	0.0192	-0.0489	-0.0845	0.1604	-0.0872	0.3748	-0.0017	-0.1741	-0	0.2928	0.0183	0.0841	0.396	0.0022	0.3263	8.7211	34.3092	19.503
16	0.9515	0.9725	-0.4856	1.3709	-0.5486	0.2271	-0.0282	0.0066	0.0389	0.1357	-0.0249	-0.12	-0.022	0.0327	0	0.2712	-0.0012	-0.0381	0.2606	0.0393	0.1996	43.5652	61.5603	12.7951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 125 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 126 through 204 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 205 through 324 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 14 through 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 180 through 324 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 14 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 126 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 205 through 303 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 304 through 324 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 14 through 158 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 159 through 324 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 14 through 125 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 126 through 158 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 159 through 324 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 14 through 125 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 126 through 324 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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