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- PDB-5lcj: In-Gel Activity-Based Protein Profiling of a Clickable Covalent E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lcj
タイトルIn-Gel Activity-Based Protein Profiling of a Clickable Covalent Erk 1/2 Inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Erk1/2 covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / cytosine metabolic process ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / positive regulation of macrophage proliferation / Regulation of the apoptosome activity / outer ear morphogenesis / regulation of cellular pH / regulation of Golgi inheritance / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / Activation of the AP-1 family of transcription factors / face development / ERK/MAPK targets / progesterone receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / pseudopodium / Recycling pathway of L1 / MAPK1 (ERK2) activation / negative regulation of cell differentiation / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of telomere capping / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / MAP kinase activity / regulation of ossification / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / stress-activated MAPK cascade / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / cellular response to cadmium ion / NPAS4 regulates expression of target genes / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation / myelination / NCAM signaling for neurite out-growth / phosphotyrosine residue binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / ESR-mediated signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Regulation of PTEN gene transcription / Signal transduction by L1 / caveola / long-term synaptic potentiation / Negative regulation of FGFR3 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / peptidyl-threonine phosphorylation / B cell receptor signaling pathway / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / response to nicotine / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / Oncogene Induced Senescence / mitotic spindle / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6TS / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者O'Reilly, M. / Wright, D.
引用ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2016
タイトル: In-gel activity-based protein profiling of a clickable covalent ERK1/2 inhibitor.
著者: Lebraud, H. / Wright, D.J. / East, C.E. / Holding, F.P. / O'Reilly, M. / Heightman, T.D.
履歴
登録2016年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3324
ポリマ－42,5521
非ポリマー7803
水9,638535
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.729, 70.807, 60.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 42551.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYS 171 modified to CME by reaction. One letter code should is the same for both
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-6TS / [(1~{R},4~{Z})-cyclooct-4-en-1-yl] ~{N}-[4-[4-[[5-chloranyl-4-[[2-(propanoylamino)phenyl]amino]pyrimidin-2-yl]amino]pyridin-2-yl]but-3-ynyl]carbamate


分子量: 588.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H34ClN7O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 297 K / 手法: batch mode / pH: 7.2
詳細: .2M (NH4)2SO4 32% MPEG 2000 .02M Mercaptoethanol .1M pH=7.2 HEPES/NaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→30.05 Å / Num. obs: 102572 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 27.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.82 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 75.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.78→26.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Rfactor Rfree error: 0.02 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
詳細: Cycles of Buster interspersed with rebuilds using Coot
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1678 5.23 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.165 32060 86.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7924 Å20 Å22.5459 Å2
2---1.5516 Å20 Å2
3----1.2408 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.78→26.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2817 0 62 535 3414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0133030HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084141HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1075SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes84HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes442HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it3024HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.41
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion382SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4058SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 135 5.33 %
Rwork0.238 2398 -
all0.239 2533 -
obs--75.5 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.1651 Å / Origin y: 3.3504 Å / Origin z: 38.0031 Å
111213212223313233
T-0.048 Å20.0076 Å20.0118 Å2--0.0574 Å2-0.031 Å2---0.0507 Å2
L0.9028 °2-0.2748 °20.2847 °2-0.595 °2-0.193 °2--1.0003 °2
S-0.0589 Å °-0.1357 Å °0.0942 Å °0.1053 Å °0.0611 Å °-0.0184 Å °-0.0729 Å °-0.0522 Å °-0.0022 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|11 - A|357 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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