PDB-5lca: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 3-oxo-2-(3-(trifluor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lca

タイトル

VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 3-oxo-2-(3-(trifluoromethyl)phenyl)isoindoline-4-carboxylic acid (compound 17)

要素

Metallo-beta-lactamase VIM-2

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: NMR-filtered virtual screening leads to non-metal chelating metallo-beta-lactamase inhibitors.
著者: Li, G.B. / Abboud, M.I. / Brem, J. / Someya, H. / Lohans, C.T. / Yang, S.Y. / Spencer, J. / Wareham, D.W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2016年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lca.cif.gz	103.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lca.ent.gz	77.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lca_validation.pdf.gz	752.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lca_full_validation.pdf.gz	753.3 KB	表示
XML形式データ	5lca_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	5lca_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lcfC 5lchC 5le1C 5lm6C 4c1dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lcf-d 5n58-2 6jn6-2 6lhe-2 6dd0-2 6v1p-1 4c1d-2 6lj4-d 4lhw-1 3c6h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.487, 65.313, 70.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Beta-lactamase / Beta-lactamase VIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 ...Beta-lactamase / Beta-lactamase VIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase vim-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein 分子量: 28352.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 プラスミド: OPINF / 詳細 (発現宿主): OPINF VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-B06 / 3-oxidanylidene-2-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-1~{H}-isoindole-4-carboxylic acid 分子量: 321.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₀F₃NO₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.4 % / 解説: rhombohedra plates
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.25 M Magnesium formate, 22.0% (v/v) Polyethylene glycol 3350, 5 mM 3-oxo-2-(3-(trifluoromethyl)phenyl)isoindoline-4-carboxylic acid, 16 mg/mL protein

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.542 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月13日 / 詳細: OSMIC HF

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.542 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 14437 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 15.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 1.07 / Net I/av σ(I): 32.62 / Net I/σ(I): 31.7 / Num. measured all: 100610

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.93-2	7	0.093	2.4	1	97.4
2-2.08	7	0.081		1	97.6
2.08-2.17	7.1	0.073		1	97.1
2.17-2.29	7.1	0.068		1	97.4
2.29-2.43	7.1	0.061		1	98.3
2.43-2.62	7	0.056		1	98.8
2.62-2.88	7	0.046		1	98.8
2.88-3.3	7	0.041		1	99.4
3.3-4.16	6.9	0.034		1	99.2
4.16-50	6.5	0.03		1	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.86 Å	23.99 Å
Translation	5.86 Å	23.99 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4c1d

4c1d

解像度: 1.93→23.99 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1697	1438	9.98 %
R_work	0.1302	-	-
obs	0.1342	14407	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.6 Å² / B_iso mean: 17.3166 Å² / B_iso min: 7.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→23.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1654	0	55	149	1858
B_iso mean	-	-	31.22	28.31	-
残基数	-	-	-	-	222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.647	2381
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.762	998

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.93-1.9989	0.1572	137	0.1192	1246	1383	97
1.9989-2.0789	0.1638	136	0.1128	1268	1404	98
2.0789-2.1735	0.1594	143	0.1161	1253	1396	97
2.1735-2.288	0.1509	141	0.1214	1266	1407	97
2.288-2.4312	0.1548	148	0.1235	1271	1419	98
2.4312-2.6187	0.1856	140	0.1256	1307	1447	99
2.6187-2.8818	0.1671	141	0.1291	1297	1438	99
2.8818-3.2979	0.1573	146	0.1253	1315	1461	99
3.2979-4.1515	0.1573	149	0.1244	1344	1493	99
4.1515-23.9917	0.2062	157	0.1612	1402	1559	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.54	0.9406	-0.5286	5.7636	-0.8035	3.6119	0.0596	-0.3068	0.0344	0.6868	-0.0016	0.0382	-0.2506	-0.0753	-0.0927	0.1041	-0.0083	0.0106	0.1452	-0.0059	0.0353	-7.0201	18.5302	-2.3421
2	2.4471	-0.5436	-0.3641	3.7788	0.1605	1.8514	0.0726	0.0282	0.1096	-0.0458	-0.0374	-0.0293	-0.1225	0.0152	-0.0108	0.0666	-0.0147	0.0026	0.0538	-0.0089	0.0405	-2.9042	18.2775	-9.0457
3	0.71	-0.328	0.4203	1.4563	-1.2992	3.0403	0.0056	-0.0586	0.0022	0.0602	-0.0012	-0.0273	0.0038	0.0356	-0.0097	0.0553	-0.0145	0.0057	0.0848	-0.0115	0.0909	2.487	17.9217	-8.6523
4	3.2785	0.4345	0.0692	4.5437	-0.298	2.9533	0.0694	0.1112	0.0107	-0.0534	-0.1575	-0.203	-0.06	0.1151	0.0702	0.0429	-0.0043	0.0235	0.0958	0.0029	0.1005	7.919	18.2362	-19.9939
5	2.0364	0.5735	-0.2319	1.3684	-0.4296	0.83	-0.0145	0.18	-0.2509	-0.0319	0.018	-0.0145	0.1259	-0.0342	-0.011	0.1004	-0.0055	0.0067	0.0903	-0.0267	0.0855	-2.7176	9.7714	-20.669
6	3.9777	-0.2491	-1.3183	0.7667	-0.2742	3.7288	-0.0657	0.2841	0.4666	-0.0511	-0.094	0.0208	-0.2964	-0.1146	-0.0001	0.1255	-0.0114	-0.0233	0.1436	0.0163	0.1579	-15.378	23.0058	-21.743
7	2.0303	0.9561	-0.6767	3.2909	-4.6705	7.8246	-0.0145	0.5072	-0.1901	-0.5153	0.0885	0.37	0.5165	-0.4147	-0.1269	0.1404	-0.0002	-0.0263	0.2419	-0.0511	0.1391	-14.917	10.3561	-27.5574
8	3.5556	0.4565	0.39	4.8514	1.959	4.9286	-0.0271	-0.0139	-0.2498	0.3862	-0.0033	0.282	0.3194	-0.173	0.039	0.0591	-0.005	0.0118	0.1056	0.0012	0.0857	-14.4946	11.1105	-12.7048
9	4.5035	-0.993	0.6427	7.3846	-4.8522	3.4048	0.0309	0.3029	-0.0122	-0.2833	0.0525	0.1511	0.1002	-0.2581	-0.1402	0.0993	-0.0036	-0.0024	0.1394	-0.01	0.1081	-21.261	16.6408	-22.6871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 39 through 52 )	A	39 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 88 )	A	53 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 122 )	A	89 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 123 through 146 )	A	123 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 147 through 199 )	A	147 - 199
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 200 through 215 )	A	200 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 216 through 229 )	A	216 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 230 through 245 )	A	230 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 246 through 260 )	A	246 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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